In oktober 1990 werd gestart met het selecteren van de archieven van 48 garnizoenscommando's op te vernietigen stukken. Bij de overplaatsing van de archieven naar het CAD was, op grond van het bepaalde in het voorschrift voor het vernietigen en inleveren van archiefbescheiden van de Koninklijke Landmacht (VS 2-1112), door de archiefvormer al een eerste selectie uitgevoerd.

Vernietiging vond plaats op grond van het bepaalde in:
- de lijst van voor vernietiging in aanmerking komende archiefbescheiden van het Ministerie van Defensie (1987), met name het hoofdstuk Algemeen;
- het voorschrift voor het vernietigen en inleveren van archiefbescheiden van de Koninklijke Landmacht (VS 2-1112 (vierde druk, 1989)), met name hoofdstuk 2 Correspondentie-archieven;
- de brief van de Rijksarchiefinspectie CD/RAI/91/012/RA, d.d. 28 januari 1991, betreffende vernietiging van inschrijfmiddelen (onder meer agenda's) indien deze hun functie als primaire toegang verliezen door de kleine hoeveelheid te bewaren archiefbescheiden. * 

In de loop van 1992 werd de selectie van de archieven afgerond, waarna het inventariseren ter hand werd genomen.

Als opzet is gekozen voor een bundeling van de inventarissen tot elf verzamelinventarissen, voor elke "oude" provincie één, dit in verband met de overdracht van de archieven aan de rijksarchieven in de provincies.

Dit heeft geresulteerd in verzamelinventarissen van de garnizoenscommando's in de provincies Drenthe, Friesland (alléén Leeuwarden), Gelderland, Groningen (alléén de stad Groningen), Limburg, Noord-Brabant, Noord-Holland, Overijssel, Utrecht, Zeeland en Zuid-Holland.

Elke verzamelinventaris bevat een algemene inleiding, houdende hoofdlijnen van de geschiedenis van de garnizoenen, de taken van de garnizoenscommandant en een verantwoording van het inventarisatieproject. Daarnaast bevat iedere deelinventaris nog een summiere inleiding. Voor zover was te achterhalen uit de archieven van de garnizoenscommando's zelf, documentatie bij het Centraal Archievendepot en de Sectie Militaire Geschiedenis van de Koninklijke Landmacht wordt in deze inleiding een korte historische schets van de betreffende archiefvormer, dus het garnizoenscommando, gegeven. Verder is in deze inleiding de geschiedenis van het archief en de verantwoording van de inventarisatie van het archief van het desbetreffende garnizoenscommando opgenomen.

Oorspronkelijk waren de archieven op basis van het KB van 4 september 1823, nr. 7 en het KB van 2 oktober 1950 (Stb. K 425) geordend volgens het agendastelsel. Dat wil zeggen dat de ingekomen en de minuten van uitgaande stukken werden gerangschikt volgens de nummers, waaronder zij in de agenda zijn geboekt. Daarbij werd een tweetal series gevormd, te weten: een serie algemeen/dienstgeheim en een serie confidentieel/geheim/zeer geheim. De stukken kregen per serie een doorlopend nummer met de aanduiding A (Algemeen), DG (Dienstgeheim), Conf (Confidentieel), Geh (Gehim) of ZG (Zeer Geheim) en vermelding van het jaar. De stukken werden per jaar opnieuw chronologisch genummerd.

In februari 1992 zijn, van ieder garnizoenscommando, de agenda's op basis van de brief van de Rijksarchiefinspectie CD/RAI/91/OR/RA, dd. 28 januari 1991, vernietigd.

Door het hoge percentage vernietigde stukken was het niet meer mogelijk om de oude orde te herstellen. Er is daarom gekozen voor een indeling naar organisatie en taken, waarbij geen onderscheid is gemaakt in geclassificeerde en niet-geclassificeerde stukken.

Zoals uit het voorgaande blijkt zijn de inventarissen ingedeeld naar organisatie en taken, waarbij geen onderscheid is gemaakt naar vredes- en oorlogstaken. Aangezien de taken in oorlogs- en vredestijd in elkaar overliepen, was het moeilijk om een scherpe scheiding te maken.

Wij hebben uit praktische overwegingen voor deze indeling gekozen. Op deze manier zijn de archieven beter ontsloten dan door een chronologische rangschikking. De losse stukken over hetzelfde onderwerp zijn samengevoegd. Dit vereenvoudigt het opzoeken van de stukken via de inventaris. Bij chronologische rangschikking is juist sprake van het tegenovergestelde. Stukken handelend over een bepaald onderwerp kunnen dan verspreid over de hele inventaris voorkomen.

Daarbij komt nog dat de garnizoenscommando's vooral een uitvoerend orgaan waren, met de nadruk op de uitvoering van de taken. Het lag dus voor de hand om een indeling naar organisaties en taken te maken.

Onder de rubriek Organisatie valt alles wat te maken heeft met het garnizoenscommando, zoals commandowisselingen, samenstelling van het commando en al die zaken welke betrekking hebben op de structuur van het garnizoenscommando; terwijl de rubriek Taken stukken bevat, welke te maken hebben met de uitvoering van de taken van de garnizoenscommandant in vredes- en oorlogstijd.

Na de overdracht van de archieven aan de Rijksarchieven in de provincies worden de stukken openbaar, met uitzondering van die, waarvoor beperkingen ten aanzien van de openbaarheid van kracht zijn. De inventarisnummers van deze categorie stukken worden apart vermeld in de verantwoording van de inventarisatie van de desbetreffende garnizoenscommando's.