Deze inventaris maakte oorspronkelijk als afdeling 14 deel uit van: J.J.J. Beek, J. Folkerts, H. de Raad (eindred.), Inventaris van de archieven van de instellingen van het gevangeniswezen in de provincie Groningen (1666) 1670-1961 (1978); Publikaties van het Rijksarchief in Groningen 4 (Groningen, 1988). Het betrof hier de toegang op een fonds. Daarin waren de bestanddelen voorzien van een nummering met een decimale punt. Om praktische redenen is deze toegang nu gesplitst in toegangen op de afzonderlijke archieven. Voor aanhangsel en algemene inleiding behorende bij deze archieven: zie toegangsnr. 83.

Sinds 15 maart 1884 beschikte Groningen over een nieuwe cellulaire Strafgevangenis aan de Hereweg, die onder normale omstandigheden plaats bood aan circa 210 gedetineerden. De gevangenis was bestemd voor de opname van mannelijke onveroordeelde en tot celstraf veroordeelde gedetineerden (het eerste ter ontlasting van het Huis van Arrest en Bewaring in de Zoutstraat) *  . In 1886 werd het gesticht bestemd tot "gewone" Strafgevangenis, voorlopig tevens (hulp)Huis van Bewaring *  .

Tot 1894 werden in de Strafgevangenis ook personen opgenomen met straffen van meer dan vijf jaar, dit vanwege onvoldoende capaciteit in de bijzondere Strafgevangenis te Leeuwarden. Na ingebruikstelling van het nieuwe Huis van Bewaring aan de Hereweg verloor de Strafgevangenis met ingang van 1905 haar functie van (hulp)Huis van Bewaring. Het beheer over de gevangenis werd gevoerd door een directeur, die rechtstreeks door de Minister van Justitie werd benoemd. Enkele slepende conflicten tussen de directeur van het Huis van Bewaring en het College van Regenten leidden ertoe, dat de directie van de twee gevangenisinstellingen per 1 januari 1924 in één persoon werd verenigd *  .

De administraties van de gestichten bleven echter gescheiden. Van 1 januari 1933 tot 3 juni 1935 was de directeur van de Groninger gevangenissen tevens directeur van de Rijkswerkinrichting voor souteneurs, welke in deze periode in het Huis van Bewaring was gevestigd. In verband met de opheffing van de Arrondissementsrechtbank Winschoten, waardoor de Arrondissmentsrechtbank Groningen en daarmee ook het Huis van Bewaring te Groningen zwaarder werden belast, werd in 1934 een deel van de gevangenis ter beschikking gesteld voor preventief gehechten. In de loop van de tweede wereldoorlog moesten er rigoreuze maatregelen worden genomen in verband met de overbezetting van het gesticht.

In 1942 werd een groot aantal zwaar gestraften op transport gesteld naar het kamp Erica bij Ommen en naar Duitsland, terwijl de hele noordvleugel voor drievoudige bezetting per cel werd ingericht. In 1942 zaten er op zeker moment 389 personen in de gevangenis, tegen maximaal 210 in vredestijd. In 1943 werden de cellen in de oostvleugel ook alle door twee personen bewoond. Begin september van dat jaar werden 50 gevangenen te werk gesteld bij het vliegveld Havelte. De laatste Joodse gevangenen moesten in 1943 op last van de Duitsers worden overgebracht naar de Strafgevangenis in Arnhem. Als gevolg daarvan werd de Joodse godsdienstleraar Härtz ontslagen *  .

Na een persoonlijke lobby van directeur Van der Meulen om de gestichten te Groningen samen te voegen, werden de instellingen per 1 januari 1943 inderdaad verenigd onder de naam "gevangenissen te Groningen". In hoofdzaak was dit een naamswijziging met gevolgen op het personele en financiële vlak; administratief veranderde er weinig. Na de bevrijding van het zuiden in 1944 stroomden de plaatsaanvragen voor celruimte binnen uit alle delen van het nog bezette gebied en met name uit Noord- en Zuid-Holland. De toch al overbelaste Strafgevangenis dreigde te bezwijken onder het gebrek aan plaatsruimte. Met het uitbreken van de spoorwegstaking van september 1944 stokte echter ook de druk op de gevangenis.

Begin november 1944 werd de hele noordvleugel van de Strafgevangenis ontruimd voor de huisvesting van de Kriegswehrmachtgefängnis, die voorheen in Utrecht gevestigd was. De 117 mannen die in de noordvleugel gevangen zaten, werden naar Veenhuizen gevoerd. Door de commandant van de Kriegswehrmachtgefängnis werden ook diverse vertrekken in het administratiegebouw opgeëist. Een aantal voorzieningen, zoals de geneeskundige afdeling, zou voortaan gemeenschappelijk gebruikt worden.

Nadat Groningen op 16 april 1945 was bevrijd, werden zowel in de Strafgevangenis als in het Huis van Bewaring een groot aantal politiek verdachte personen ingesloten. Directeur J. van der Meulen werd op 29 mei 1946 ontslagen vanwege zijn NSB-lidmaatschap *  . In de periode 1945-1946 fungeerde als waarnemend directeur C.H.J. Stavenuiter, die tijdens het grootste deel van de oorlogsperiode de dagelijkse leiding in het Huis van Bewaring had gehad. In de loop van 1946 en 1947 normaliseerde de toestand in de Strafgevangenis zich langzaam doordat het grootste deel van de politieke gedetineerden elders in interneringskampen werd ondergebracht. In het gevangeniswezen kwam echter een sterke beweging naar differentiatie tussen de gestichten op gang, die ook Groningen niet onberoerd liet. Al in oktober 1948 bepaalde de Minister van Justitie dat de Groningse Strafgevangenis bestemd zou worden voor recidivisten, dat wil zeggen zij die tevoren minstens twee maal waren veroordeeld tot gevangenisstraffen van minstens zes maanden *  .

Deze categorie veroordeelden bleek echter te groot om in de Groningse Strafgevangenis onder te brengen. In maart 1949 werd daarom een nieuw criterium gesteld. Nu werd de Strafgevangenis bestemd voor "ernstige gevallen onder de criminele recidivisten, respectievelijk beroeps- en gewoontemisdadigers en degenen, die, naar mag worden aangenomen, een zeer ongunstige invloed op hun medegevangenen zullen uitoefenen" *  . In 1951 werd deze groep veroordeelden nader bepaald tot degenen die tenminste drie maal een straf van minstens zes maanden met een totale duur van minstens zes jaar hadden uitgezeten *  . In 1952 werd een deel van de gevangenis bestemd tot "noodasyl voor psychopathen", een bestemming die bij de invoering van de nieuwe Beginselenwet van 1953 werd bevestigd. Strafgevangenis en Noodasyl zouden voortaan samen worden aangeduid als "Gevangenis te Groningen" *  .

De eerste vijf criminele psychopaten werden op 27 juni 1952 opgenomen. Het was het begin van een ontwikkeling waarin de Groningse Gevangenis zich steeds meer specialiseerde in de problematiek van ter beschikking van de regering gestelden en-later-ook in psychisch gestoorde gevangenen. Het samenbrengen vanaf 1952 van twee in bepaalde opzichten zo verschillende groepen als zware criminele recidivisten en ter beschikking van de regering gestelden zorgde voor velerlei spanningen in het gesticht en een toenemende werkdruk op het personeel *  . De twee groepen kenden geen verschillend regime.

Deze situatie heeft voortgeduurd tot 1958, toen de Gevangenis te Groningen ook werd aangewezen voor psychisch gestoorde gedetineerden die in het regime van andere gestichten niet opgevangen konden worden. De beroeps- en gewoontemisdadigers werden naar Leeuwarden overgeplaatst. Deze ontwikkeling culmineerde in de beslissing van de Minister van Justitie om met ingang van 1 januari 1962 de gevangenis uitsluitend te bestemmen voor ter beschikking van de regering gestelden. De gevangenis werd daarmee aangewezen tot Rijksasiel voor Psychopaten *  . Op 5 april 1962 kreeg het gesticht de naam "Rijksasiel Dr. S. van Mesdag". Hiermee eerde men de man die van 1904 tot 1921 geneesheer bij de Groningse gevangenissen was geweest en van 1935 tot 1941 lid van het College van Regenten.

De administratie van de (Straf)gevangenis was van meet af aan verdeeld in twee bureaus: huisdienst en arbeid. Het aantal administratieve ambtenaren groeide geleidelijk van vier in 1922 tot acht in 1949. Het bureau huisdienst, later ook wel "algemeen bureau" genoemd, regelde alles dat niet betrekking had op de gevangenisarbeid. De archiefbescheiden van het bureau arbeid zijn al voor de overbrenging in grote meerderheid vernietigd conform de bestaande vernietigingslijst. In de eerste decennia ging alle correspondentie van enig belang via het College van Regenten.

In 1919 besloot het college aanvankelijk alleen de correspondentie met het Ministerie over voorwaardelijke invrijheidstelling en later alle "minder belangrijke stukken" rechtstreeks door de directeur te laten afdoen. Dit was voor de administratie in de Strafgevangenis aanleiding voor de invoering van een eenvoudig rubriekenstelsel, waarbij ingekomen en uitgaande brieven streng gescheiden bleven, en per rubriek en per jaar werden geagendeerd. Gedurende de hele periode van 1921 tot 1961 bleef alle correspondentie met het Ministerie geordend volgens dit rubriekenstelsel, dus ook toen na 1 oktober 1941 de tussenkomst van het college zelfs formeel niet meer nodig was.

Vanaf 1921 waren er zes rubrieken: personeel, gevangenen, reclassering, voeding, comptabiliteit en diversen. Van de rubriek gevangenen werd in 1949 afgesplitst "ontwikkeling en ontspanning" en in 1953 "psychopaten", van de rubriek diversen werd in 1949 afgescheiden "gebouwen". Na 1920 kwam een meer individuele benadering van de gedetineerden in zwang, die ook in de archiefvorming zijn neerslag vond. Zo werden in 1925 formulieren ingevoerd voor de persoonsbeschrijving van gedetineerden, die nu een belangrijke bron vormen voor onderzoek naar de behandeling van gevangenen in de periode 1925 tot 1930 *  . In de Strafgevangenis werden bij binnenkomst van de gedetineerden al sinds 1924 aantekeningen gemaakt in cahiers, die over de periode 1924 tot 1942 aanwezig zijn *  . In 1930 werden de formulieren voor de persoonsbeschrijvingen vervangen door persoonsdossiers, die als het ware "meereisden" met de betrokkene naar rechtbank, gevangenis en reclassering.

Er werd echter bepaald dat deze dossiers wanneer de zaak zou zijn afgelopen, bij het parket van het geboorte-arrondissement bewaard zouden moeten worden, of voor wat betreft de dossiers van buitenlanders, op het Ministerie. De persoonsdossiers zijn daarom niet meer in het gevangenisarchief aanwezig. Een kleine hoeveelheid archivalia van de Strafgevangenis werd in 1973 verworven van het Centraal Wervings- en Opleidingsinstituut van het Gevangeniswezen en de Psychopatenzorg te Den Haag. Uit de Van Mesdagkliniek kwam in 1979 een aantal delen en registers behorende tot het gevangenisarchief. Het grootste gedeelte van het archief werd in 1980 overgebracht. Het bevond zich toen in de onverwarmde "torenkamer" van de oude Strafgevangenis, waar de kalk van de muren bladderde. In 1986 en 1987 volgden nog kleine aanvullingen.