Toen in 1592 de geconfisceerde kloostergoederen van het klooster van Sint-Agnes overgedragen werden aan het Heilige Geest- en Pesthuis ter Grote Kerk zal, zo valt aan te nemen, de rentmeester van deze kloostergoederen zijn archief eveneens overgedragen hebben aan de rentmeester van het Heilige Geest- en Pesthuis ter Grote Kerk. Of het archief, dat nu de periode 1393 - 1571 beslaat, meer omvatte dan een aantal eigendomsbewijzen waaruit het archief nu voornamelijk bestaat, valt niet meer na te gaan. Evenmin valt na te gaan wat er verloren gegaan is en wanneer. In het jaarverslag van 1895 van het Gemeentearchief deelt de toenmalige archivaris J.C. Overvoorde mee, dat het archief van het Heilige Geest- en Pesthuis ter Grote Kerk geheel is beschreven en dat het archief ook verschillende eigendomsbrieven en bescheiden van het sinte Agnietenklooster bevat.

Uit de jaarverslagen blijkt niet sinds wanneer dit archief bij het Dordtse Gemeentearchief berust. In 1974 werd door P.F.A. Vrolijk de collectie restanten van middeleeuwse archieven van kerken, kapellen en kloosters geïnventariseerd. In deze inventaris treffen wij ook aan het Register houdende een opgave van de roerende en onroerende goederen. *  en het fragment van de Rekening en verantwoording van de inkomsten en uitgaven over 1451. *  , die in 1891 aangekocht zijn uit de collectie Struijck en de aflaatbul met akte van bevestiging, die in bruikleen zijn ontvangen van de Oud-Katholieke Gemeente. * 

De verspreiding van de stukken over twee archieven en het voor een deel niet voldoen van de beschrijvingen aan de hedendaagse normen maakten het alleszins gewenst te komen tot één archief en één inventaris waarin de stukken opnieuw zijn beschreven. In een aantal gevallen ontbreken in het archief de aankomsttitels van het klooster en zijn slechts de eigendomsbewijzen van eerdere eigenaren aangetroffen. *  Nader onderzoek zal mogelijk uitwijzen hoe en wanneer de betreffende goederen aan het klooster zijn overgedragen. Bij het beschrijven is door middel van het gebruik van de termen 'getransfigeerd aan' en 'getransfigeerd met', uitgaande van het beschreven charter, duidelijk gemaakt dat het in het eerste geval gaat om een charter dat eraan voorafgaat en dat het in het tweede geval gaat om een charter dat erop volgt. Bij de geografische onderverdeling komt naast de Grote of Zuidhollandse Waard het Land van Altena voor, hoewel dit deel uitmaakte van de Grote of Zuidhollandse Waard. Voor deze onderverdeling is gekozen, omdat de beschrijvingen die onder het Land van Altena zijn opgenomen betrekking hebben op stukken, die dateren van na de Sint- Elisabethsvloed van 1421, waarbij de Grote- of Zuidhollandse Waard ten onder ging. Na de nodige herstelwerkzaamheden kon van het Land van Altena echter een nieuwe waterschap gevormd worden.