Deze inventaris is een vervolg op de in 1907 verschenen inventaris van de 'oude archieven' van de Godshuizen te Middelburg over de periode 1343-1812, samengesteld door de archivaris van de Godshuizen, Cornelis de Waard. Vanwege de vele aanwinsten in de loop der jaren is als bijlage een supplement op de inventaris van de oude archieven opgenomen. Nog voordat De Waard zijn bovengenoemde toegang had voltooid, werd hem in mei 1903 door het bestuur gevraagd een globale beschrijving te maken van de 'nieuwe archieven', dat wil zeggen daterend na 1812. De Waard maakt in hetzelfde jaar een handgeschreven voorlopige inventaris van de archieven over de periode 1812-1903. In deze inventaris vermeldde hij dat de archieven van de subdirecties van de gestichten 2 en 3 reeds geheel waren beschreven, maar daarentegen niet het archief van het hoofdbestuur.

De Waard ontwierp voor zijn voorlopige inventaris een schema met de volgende hoofdindeling:
A. Opgeheven armeninrichtingen
B. Godshuizen
I. Centrale besturen
a. archief Commissie der hospices
b. archief college van regenten over de Godshuizen
II. Subdirectiën
a. archief subdirectie Gasthuis (Gesticht no. 1)
b. archief subdirectie Zieken- en Simpelhuis (Gesticht no. 2)
c. archief subdirectie Weeshuis (Gesticht no. 3)
C. Stukken behorend tot het archief van de Commissie van de Bienfaisance

Deze hoofdindeling is door mij gehandhaafd zij het dat de rubrieken A. en C. konden vervallen, daar de archieven van deze instellingen in 1926 werden overgedragen aan het gemeentearchief van Middelburg en daar verloren gingen bij het bombardement van 17 mei 1940. Na de indeling van de afdelingen, gebaseerd op besturen die archief hebben gevormd, volgen stukken die handelen over alle gestichten ('Gestichten in het algemeen') en ten tweede de stukken over de gestichten afzonderlijk. Vanwege de grote hoeveelheid stukken is De Waards 'Bestuur van het huis en der in het huis verpleegden' gesplitst in twee rubrieken: 'Zorg voor verpleegden (en wezen)' en 'Huishouding'. Dit bood de mogelijkheid de vele naamregisters en lijsten van verpleegden overzichtelijk bij elkaar te plaatsen.

De eigendommen zijn niet alleen beschreven onder de rubriek 'Gestichten algemeen', maar ook onder de afzonderlijke gestichten, waartoe ze volgens opgave in de stukken behoren. Ondanks de vereniging der eigendommen, na de instelling van de Commis-sion des Hospices in 1811, werden ze in begrotingen, rekeningen, leggers steeds vermeld per gesticht. Ook bij openbare verpachtingen sprak men bijvoorbeeld over landerijen 'eigendom van het Gasthuis'.

Een bijzonder probleem vormde het onderscheid tussen archieven gevormd door de binnenvaders van de gestichten en het archief van de secretaris-penningmeester. De binnenvaders dienden op grond van hun instructies allerlei staten en inventarissen op te maken, bijvoorbeeld kwartaal- en maandstaten van ontvangsten en uitgaven en inventarissen van het linnen- en beddegoed. Bovendien waren zij belast met het inschrijven van verpleegden en wezen in registers, genaamd stamboeken. De kwartaalstaten werden aan het einde van de maand aan de gecommitteerden van de gestichten aangeboden ter ondertekening. Wat bijvoorbeeld met deze staten gebeurde is niet duidelijk. Keerden zij na ondertekening terug naar het archief van de binnenvader of werden ze opgenomen in het archief van de secretaris-penningmeester? Deze laatste was eveneens belast met het inschrijven van stamboeken van verpleegden en wezen en stelde op verzoek van het bestuur ook allerlei kwartaal- en maandstaten op. Daar niet altijd eenduidig is vast te stellen wie een bepaald stuk opstelde en in wiens archief het werd bewaard, is besloten om de archieven gevormd door binnenvaders geen afzonderlijke plaats te geven, maar de stukken onder te brengen bij de desbetreffende gestichten. Een soortgelijk geval deed zich voor met brieven ingekomen bij de ontvanger. Deze zijn-ongesplitst- geplaatst onder het onderwerp in kwestie.

Naast gestichten beheerde het bestuur der Godshuizen nog een apotheek en een bakkerij. Hoewel de apotheek werd opgericht door het Burgerweeshuis is deze niet beschreven onder dit gesticht, daar het toezicht over dit huis en over de apotheek los stond van elkaar en werd uitgeoefend door twee verschillende leden van het bestuur. De bijzondere status van de apotheek bleek uit de benoeming van de apotheker door de gemeenteraad van Middelburg, terwijl de inrichting beheerd en bekostigd werd door het bestuur der Godshuizen. Aangezien de bakkerij weliswaar was gevestigd in het Gasthuis, maar aan alle gestichten brood leverde, werden de stukken in een aparte rubriek opgenomen.

Problemen van ordening ontstonden bij de stukken betreffende wezen, die in het inventarisschema niet bij één bepaald gesticht ondergebracht konden worden. Het ging hier bijvoorbeeld om de stamboeken, waarin naast armenwezen en burgerwezen ook de wezen waren opgenomen die werden besteed of waarin alleen de verlaten kinderen geregistreerd waren. Hetzelfde probleem deed zich voor bij de stukken betreffende voogdijzaken en de administratie van de wezengoederen. Als oplossing is gekozen voor een nieuwe rubriek Algemeen toezicht op de wezen en verlaten kinderen en voogdij over de wezen.

Andere nieuwe rubrieken werden gecreëerd voor taken die buiten het beheer van de gestichten vielen zoals de liquidatie van de armenschulden en het verstrekken van voorschotten van rijkspensioenen. Na opheffing van de Commissie tot liquidatie van de armenschulden in 1828 nam het bestuur der Godshuizen de functies van de commissie over en was zodoende belast met de administratie van eventuele uitbetalingen aan rechthebbenden. De opgeheven commissie deponeerde daartoe een gedeelte van haar archief bij het bestuur der Godshuizen. In 1926 werd de meerderheid van deze gedeponeerde stukken echter overgebracht naar het gemeentearchief Middelburg en verenigd met de rest van het archief van de commissie. *  De bij inventarisatie aangetroffen stukken betreffen de periode waarin het bestuur der Godshuizen was belast met de liquidatie. Het verstrekken van voorschotten aan gepensioneerden was een bijzondere taak, die instellingen van weldadigheid van rijkswege tijdelijk kregen toebedeeld.

Bij de raadpleging van de inventaris dient men er rekening mee te houden, dat voor de periode 1812-1843 stukken over een bepaald onderwerp op drie plaatsen in de inventaris opgenomen kunnen zijn, namelijk onder Gestichten algemeen, Gestichten afzonderlijk of bij een van de subdirecties. Stukken over wezenzorg zijn behalve onder de reeds genoemde drie rubrieken ook nog opgenomen onder een aparte rubriek Algemeen toezicht op de wezen. Vanaf 1844 vervallen de subdirecties. Op de voorlopige inventaris van De Waard is een concordantie vervaardigd. * 

Voor een onderzoek in de notulen kan men het beste eerst de indices hierop raadplegen. Deze verwijzen naar een vergaderdatum en een relatiefnummer. De relatieven tot de notulen, stukken ingebracht ter vergadering, zijn geordend per jaar en voorzien van een volgnummer, elk jaar beginnend met nummer 1. In de notulen staat dit volgnummer vermeld achter het agendapunt van de vergadering. De relatieven zijn toegankelijk via agenda's, waarin verwezen wordt naar een zogenaamd 'verbaal', een vergaderdatum plus een agendapunt van deze vergadering b.v. Verb. 20 mei nr. 8: het achtste punt dat werd behandeld in de vergadering van die dag. *  De agendapunten per vergadering zijn terug te vinden in inv.nrs. 140-142. In de agenda's op de relatieven worden ook stukken vermeld die niet werden genotuleerd, b.v. dankbetuigingen. Aan de andere kant kunnen de series relatieven meer stukken bevatten dan in de agenda's staan vermeld. Dit geldt bijvoorbeeld voor zaken die niet onmiddellijk werden afgehandeld. Bij de relatieven van de vergaderdatum van afhandeling bevinden zich dan ook naast recente stukken eerdere stukken betreffende een bepaalde zaak. In augustus 1921 worden de agenda's op de relatieven gewijzigd in agenda's van de ingekomen en minuten van uitgaande stukken.

Het eindjaar van de in deze inventaris beschreven archieven is gesteld op 1948, omdat in 1949 een nieuw correspondentiesysteem werd opgezet. Alle op het Rijksarchief in Zeeland aanwezige stukken van de Godshuizen van ná 1948, zijn beschreven in een afzonderlijke plaatsingslijst.

Doordat bij het bombardement van Middelburg op 17 mei 1940 diverse archieven verloren gingen, bijvoorbeeld van de gemeente, het Kadaster, de Kamer van Koophandel, werd, in tegenstelling tot wat gebruikelijk is, besloten de bijlagen van de rekeningen integraal te bewaren. Uit het archief werden wel alle dubbelen en kladaantekeningen, alsmede enige landelijke circulaires en ingekomen jaarverslagen vernietigd, totaal circa 0,50 meter.

Ter compensatie van het ontbreken van een index op de notulen ná 1926 is een afzonderlijke, niet gepubliceerde, nadere toegang vervaardigd op de belangrijkste onderwerpen uit de notulen van 1926-1948. Documentatie aanwezig bij het archief is geplaatst in de bibliotheek van het rijksarchief. Overige documentatie is te vinden onder de rubriek Documentatie.