Hoewel op een eiland gelegen, was de stad niet geïsoleerd van de gebeurtenissen elders in Holland. Sterker, in sommige zaken liep men in Brielle voorop. Sedert 1613 bestond er openlijke onenigheid binnen de Brielse gemeente. De Remonstranten waren in de meerderheid en leken het pleit te winnen. De Contra-Remonstranten hielden eigen bijeenkomsten, sedert Kerst 1616 in het openbaar. Hierin was Brielle de eerste stad. Dit voorbeeld vond in andere steden, zoals Rotterdam, navolging. Evenals in 1566 poogde het stadsbestuur escalatie te voorkomen. De Contra-Remonstranten kregen toestemming in de Maarlandse kerk bijeen te komen, maar hun predikant Willem Crijnsz. van Naeldwyck moest de stad verlaten. Enige tijd gaf dit rust, de oplossing kwam echter pas in 1618. In dat jaar verscheen prins Maurits in Brielle. De wet werd verzet, er kwam dus een nieuw stadsbestuur en de Remonstranten moesten het veld (lees: de Catharijnekerk) ruimen. De Remonstrantse predikant Theophilus Rijckewaert werd tijdens de nationale synode van Dordrecht uit zijn ambt ontheven. Het ontslag van zijn collega Cornelis Burchvliet volgde enige tijd later tijdens de Hollandse synode van Leiden en ook de derde predikant werd spoedig ontslagen. Hiermee was de rust binnen de stad en de gemeente hersteld. Dit zou zo blijven. De samenwerking met het stadsbestuur verliep goed en van dissenters had de gemeente niets te vrezen. Hierdoor kon de kerkenraad ook tolerant zijn. De Remonstrantse gemeente hoefde daarom niet volledig te verdwijnen. Deze bleef samenkomen, sedert 1650 in een eigen stenen schuilkerk in de tuin van Maarland Zuidzijde 41 (die in 1793 voor afbraak werd verkocht). Slechts voor de Katholieken bleef een eigen kerk lange tijd verboden, maar ook hierin kwam tegen het einde van de 17e eeuw verandering. * 

Het leven van de Hervormde gemeente, zo blijkt uit Veltenaar’s proefschrift Het kerkelijk leven der gereformeerden in Den Briel tot 1816 (Amsterdam, 1915), kabbelde rustig voort. Met deze rust is het echter gedaan zo rond het midden van de 19e eeuw.