De archiefbescheiden van zowel de Synode als het het Kerkbestuur zijn over het geheel genomen in goede staat en vrijwel volledig overgeleverd. Onvollledig zijn de ingekomen stukken uit de periode 1906-1923. De synodale archivalia werden eerst beheerd door de gedeputeerden der Synode, later door de secretarissen der Kerkbesturen. Vanaf het begin werd het archief waarschijnlijk bewaard in de (boven)consistoriekamer van de Martinikerk in de stad Groningen. Op de Synode van 1612 werd het voorstel van de gedeputeerden of zij 'ein kisteken mochte maken lathen, daerinne alle acten, resolutien und instrumenten (...) gelecht und vörwaret vörbliven...' goedgekeurd *  . Een inventaris van 28 maart 1714, opgemaakt door de gedeputeerde Abraham Trommius, vermeldt dat in de plaats van genoemde kist in 1668 een kast in gebruik was genomen. De zorg voor het archief blijkt ook uit diverse resoluties uit de jaren 1668 en 1669, waarbij onder ander werd bepaald dat de stukken om het jaar door gecommitteerden uit de classes moesten worden gecontroleerd.

Vanaf 1816 komt het toezicht op alle kerkelijke archieven aan de Algemene Synodale Commissie, het dagelijks bestuur van de Algemene Synode. Elk Provinciaal Kerkbestuur kreeg wel de verantwoording voor het eigen archief. Op de eerste vergadering van het Provinciaal Kerkbestuur van Groningen werden de zitting hebbende secretaris en ouderling gecommitteerd tot het overnemen van de synodale archivalia. Dit betrof de inhoud van de 'synodale kast' in het spreekkamertje van de consistoriekamer in de Martinikerk, de inhoud van het eikenhouten ('deputaten'-) pulpitum en de stukken van het weduwen-en wezenfonds *  . De secretaris werd verder belast met het beheer van alle 'archieven en boeken' en diende hiervan lijsten of registers bij te houden *  .

In 1898 werd een vertrek in de Martinikerk ingericht als gezamenlijke bewaarplaats voor de archieven van de hervormde gemeente van Groningen, het classicaal bestuur van Groningen en van het Provinciaal Kerkbestuur. De archieven bleven hier 'in de oude archiefkast, thans staande in het schip der kerk' liggen tot 1966. De archivalia werden in dat jaar overgebracht naar de Nieuwe Kerk wegens restauratiewerkzaamheden aan de Martinikerk. In maart 1969 werden ze tenslotte aan het Rijksarchief in Groningen in bewaring gegeven. In de jaren 1985-1987 volgden nog enkele aanvullingen, afkomstig uit het voormalig archiefdepot van de Nederlandse Hervormde Kerk te 's- Gravenhage.

Over de oude orde van het archief van de Synode bestaat, gezien de beknoptheid van de oudere inventarissen en de gedeeltelijke inventarisatie van het archief door B. Lonsain in 1930, veel onduidelijkheid. Met name is onzeker of er een serie ingekomen stukken heeft bestaan; van een poging tot reconstructie is daarom afgezien. Deze stukken zijn nu rubrieksgewijs geordend. Kern van het archief vormen de synodale acta, welke in verschillende series aanwezig zijn. Een belangrijke toegang op de besluiten en correspondentie zijn de repertoria en agenda's.

De notulen, correspondentie en de serie dossiers betreffende tuchtzaken vormen een belangrijk onderdeel van het archief van het Provinciaal Kerkbestuur. Stukken betreffende tuchtzaken die tussen de serie ingekomen stukken werden aangetroffen zijn-vanaf het jaar 1889- overgebracht naar de 'tuchtzaken-dossiers'. Voor de periode 1816-1889 was dit niet mogelijk, omdat de ingekomen stukken uit die jaren zijn ingebonden. Van 1816 tot 1951 werd voor de correspondentie gebruik gemaakt van het agendastelsel. Een uitzondering hierop vormt de periode 1926-1943, waarin door de toenmalige secretaris van het Kerkbestuur voor bepaalde onderwerpen aparte 'dossiers' met ingekomen stukken werden bijgehouden.

Tussen de archivalia van het Provinciaal Kerkbestuur werden enkele stukken aangetroffen, behorende tot het archief van de Groninger Predikanten Vereniging. In 1986 kwam hierop nog een aanvulling vanuit het voormalig archiefdepot der Hervormde Kerk. Deze archiefstukken zijn in een afzonderlijke plaatsingslijst beschreven.

Het archief is openbaar, behoudens de stukken jonger dan 50 jaar, die slechts raadpleegbaar zijn met schriftelijke toestemming van de bewaringgever.