De gemeente werd aanvankelijk geleid door zes kerkeraadsleden. In 1768 kwam onder druk van ds. J.R. Eilers een taakverdeling tot stand: drie kerkeraadsleden werden ouderling en kregen tevens het beheer over de kerkekas. De drie anderen heetten voortaan diaken en beheerden de armenkas. *  De leiding van de gemeente was in handen van de predikant, die overigens tot de erkenning in 1790 enige taken diende te vervullen in Winschoterzijl. Hij ontving hiervoor 100 Car. gld. *  De rest van zijn traktement werd opgebracht door zijn eigen gemeente.

Na de Franse tijd woonden er in Nieuwe Pekela 475 luthersen, waarvan slechts een deel zich bij het gemeentewerk betrokken voelde. De (kleine) kerkeraad telde toen acht personen: drie diakenen belast met de armenzorg, drie ouderlingen die zich met de organisatie en met de handhaving van de tucht bezig hielden alsmede zich verdiepten in de leer, een kerkboekhouder en een diakenboekhouder, die de kerkekas respectievelijk de armenkas beheerden. De grote kerkeraad bestond uit de kleine kerkeraad aangevuld met oud-kerkeraadsleden. Elk jaar werden één ouderling en één diaken gekozen, die drie jaar in functie bleven. Herverkiezing was mogelijk. De verkiezing geschiedde door de lidmaten, met meerderheid van stemmen. Deze vond plaats in december. Voor beide functies werden twee personen genomineerd. * 

In 1894 werd een negende lid toegevoegd. De kerkeraad was nu als volgt samengesteld: drie diakenen, drie ouderlingen en drie kerkrentmeesters. *  De kerkeraad kwam één keer per maand bijeen. De diakenen zorgden voor de armen en de noodlijdenden in de gemeente. De oudste in dienstjaren beheerde de kas; de tweede in dienstjaren hield toezicht op het "Weezen- en Oude Liedenfonds". De jongste organiseerde de collecten. Jaarlijks in april legden zij verantwoording af aan de grote kerkeraad. De meeste kerkbestuurders waren werkzaam als landbouwer; een enkeling verdiende de kost als ambachtsman. De predikant had de dagelijkse leiding van de gemeente. Hij was voorzitter van de beide kerkeraden en verantwoordelijk voor de zielzorg. Hij hield de doop-, trouw- en lidmatenboeken bij. *  De registratie van de begrafenissen geschiedde door de kerkhofommissie, ingesteld in 1899. Toen kreeg de gemeente de beschikking over een eigen begraafplaats. *  De doop-, trouw- en lidmatenboeken werden in tweevoud bijgehouden: één exemplaar bevond zich in de kerk, het andere lag thuis bij de predikant of bij de secretaris van de kerkeraad.

De predikant werd beroepen nadat de lidmaten een keuze hadden gemaakt uit een drietal opgemaakt door de grote kerkeraad. Na de goedkeuring van de Synodale Commissie kon hij aan de slag.

De grote kerkeraad vergaderde enkele malen per jaar. Tijdens een jaarlijkse bijeenkomst werden de lidmaten op de hoogte gesteld van de staat van de gemeente. * 

Onder de Evangelisch-Lutherse gemeente "Pekela" te Nieuwe Pekela vielen de burgerlijke gemeenten Oude en Nieuwe Pekela, Bellingwolde en Wedde. *  In 1941 werden hieraan toegevoegd Vlagtwedde, Onstwedde en het gehucht Zuidwending. * 

In 1913 besloten de kerkeraden van Nieuwe Pekela, Stadskanaal en Wildervank-Veendam tot de oprichting van een "Broederschap van Kerkeraden". Later voegde Winschoten zich bij dit gezelschap. Het was een samenwerkingsverband met als doel elkaar te helpen, bijvoorbeeld indien één der gemeenten zonder predikant kwam te verkeren. In een dergelijk geval nam een predikant uit één der naburige gemeenten de taken waar. Verder gaf men gezamenlijk het maandblad "De Kerkklok" uit. Het verscheen voor het eerst op 31 oktober 1913. *