Van het begin af aan heeft de Baptistengemeente te Stadskanaal de nadruk gelegd op de individuele geloofsbeleving en de verkondiging van het Evangelie als een verplichting van de gehele gemeente, "op grond van het algemeene priesterschap der geloovigen", zoals Feisser het al in een brochu? van vóór zijn bekering had geformuleerd *  . Met deze stelregel kwam de gemeente dan ook in lijnrechte tegenspraak te staan met de gangbare opvattingen van de "dominéeskerken" in Nederland. Tevens zou het de verklaring kunnen vormen voor het bijna geheel ontbreken van enige schriftelijke neerslag in het archief van stukken betreffende organisatie en reglementering van de gemeente.

Men beschouwde dit blijkbaar als overbodig, of, voor zover de overheid op enige mate van reglementering aandrong, als een noodzakelijk kwaad. Nog in 1869 waarschuwde Ds. Kloekers te Stadskanaal, bij gelegenheid van de te organiseren conferentie tussen de gemeenten van Franeker, Amsterdam en Stadskanaal, voor het opstellen van een verenigde Belijdenis, betogende dat "belijdenisschriften de grootste struikelblokken waren om tot waarachtige eenheid te komen" *  . Het valt derhalve niet te verwonderen, dat er onder de oudste stukken in het archief van de Baptiste Gemeente te Stadskanaal ook geen geloofsbelijdenis of daarmee verwante formulieren bewaard zijn gebleven. Ter aanvulling hiervan zij verwezen naar de in handschrift bewaard gebleven vertaling van de Hamburger geloofsbelijdenis, opgesteld door de Amsterdamse predikant Tekelenburg *  .

Hieruit blijkt, dat de Baptisten in het algemeen een democratische ordening van hun gemeenten voorstonden:
"De Heer Jezus Christus zelven is het Eenig Hoofd der Gemeente, zichtbare opperhoofden op aarde erkent zij niet (art. 10)... Een rangorde onder Oudsten en Leeraaren erkennen wij niet; maar houden het daarvoor dat de benoemingen in de H. Schrift van Opziener, Oudsten, enz. enz. geene bijzondere rangen aanduiden."

Verder werden alle belangrijke beslissingen in de bijeenkomsten van de gehele gemeente, en "zooverre het doenlijk is, door stemuitbrenging" beslist. Bij dergelijke stemmingen "hebben alle leden gelijke stem en de beslissing wordt door eene meerderheid van stemmen daargesteld." Zo ook werd over de toelating of doopbediening van nieuwe leden door de gemeente als geheel beslist *  . Het dagelijks bestuur van de gemeente, ook wel Raad genoemd, bestond uit 3 tot 5 leden, meestal onder voorzitterschap van de predikant, of, bij ontstentenis van dien, van de voorgaande ouderling. Uit de oudste bewaard gebleven Notulen van Bestuursvergaderingen (inv. no. 7-8, 1921-1928) kan men de oude situatie al niet meer geheel aflezen. Intussen was nl. op initiatief van Ds. J.W. Weenink op 26 februari 1915 naast het Bestuur een zgn. Zakencomité in het leven geroepen. Hierin hadden, behalve bestuursleden, ook twaalf door de Gemeente gekozen leden en de diakenen/diakonessen, tenslotte ook de (eerst na 1945 optredende) administrateur, zitting.

Daar het Zakencomité tot taak had "alle zaken der Gemeente te behartigen" en haar beslissingen bindend geacht werden tenzij, na afkondiging in de gemeentevergadering, binnen een week daarna schriftelijk bezwaar was ingediend *  , was de rol en betekenis van deze commissie veel belangrijker dan men op het eerste gezicht zou verwachten. Gaandeweg gingen steeds meer zaken van bestuurlijke aard door de handen van dit comité en men zou zelfs de hypothese kunnen wagen, dat de bijzonder democratisch ingestelde gemeente uit afkeer van besluitvorming in kleine kring tot deze voorkeur werd gedreven. Tezamen met de notulen van de gemeentevergaderingen (met enige hiaten bewaard gebleven: 1877-1880, 1904, 1912-1964) geven de verslagen van de bestuurs- en Zakencomitébijeenkomsten een goed beeld van de werkzaamheden en taken van de gemeente

Het gemis aan losse stukken (ingekomen en uitgaande brieven) over die periode doet zich daardoor minder gevoelen. Hoewel niet vaststaat, dat er geen stukken meer bestaan van de gemeente te Gasselternijveen en van de beginjaren van Stadskanaal (tot 1867), moet het niet uitgesloten geacht worden, dat men in deze beginfase nog zeer weinig administratief vastlegde, zodat de leden- en doopregisters (inv. no. 43-47) eigenlijk het enige belangrijke materiaal uitmaken. In dit verband zou men kunnen wijzen op een passage in de bestuursnotulen van 1921 (21 februari): "De secretaris stelt voor van de Bestuursvergaderingen notulen bij te houden, Aldus besloten.", waaruit men zou mogen afleiden dat ze voordien niet werden bijgehouden. Op de eerstvolgende bestuursvergadering konden de notulen trouwens niet worden goedgekeurd, omdat de secretaris ze "vergeten had" *  . Over het financieel beheer van de gemeente lichten de kasboeken uit het archief (inv. no. 64-68) ons sinds 1941 geregeld in. Voor de oudere jaargangen vindt men soms nog een verantwoording van de binnengekomen collecte- en andere gelden in de bestuursnotulen (inv. no. 7-9) en de notulen van de gemeentevergaderingen (inv. no. 1-3).

Een bijzondere activiteit van de Baptistengemeente te Stadskanaal lag sinds 1923 op de ondersteuning van de eigen zendelinge, Zr. Geertruida Reiling, die als eerste Nederlandse Baptistenzendelinge, gefinancieerd door de landelijke Unie en de Britse Baptist Missionary Society, naar de Belgische Congo vertrok *  . Op landelijk gebied was de gemeente Stadskanaal, wier predikant H.Z. Kloekers, zoals reeds gemeld, een belangrijke rol speelde bij het tot stand komen van de Unie, steeds actief, behoudens een tienjarige periode (1886-1896) waarin zij zich afzijdig hield *  . De weerslag hiervan wordt in het archief vooral gevormd door de correspondentie en door het statistisch materiaal dat de Unie telkenjare verzamelde voor haar zgn. "Unie-statistiek" (vgl.inv.no. 31-32). Ook binnen de provincie Groningen was het Stadskanaal, dat de stoot gaf tot de vorming van de zgn. "Veenkoloniale Bond" van Baptistengemeenten.

Voor de periode dat Stadskanaal in deze Bond (opgericht in 1912) het secretariaat vervulde is in het archief ook het notulenboek van de vergaderingen van deze gezamenlijke Groninger gemeenten bewaard gebleven. Hoewel eigenlijk een deel van het nog niet gereconstitueerde archief van de Veenkoloniale Bond van Baptistengemeenten, is dit stuk toch in de inventaris opgenomen (inv. no. 72).

In 1971 is de gemeente Stadskanaal reeds pastoraal verdeeld in 3 wijkgemeenten. Zakelijk bleef tot 1 januari 1975 de band tussen deze drie deel-gemeenten bestaan. Stukken hieromtrent berusten nog onder de gemeente zelf.