Op een inkomstenlijst van de abdij Werden betreffende goederen in Friesland wordt het dorp Uithuizen voor het eerst vermeld als "Uthusen". *  Tussen 400 en 600 na Chr. werd op de oost-west gelegen schoorwal, waarop ook Baflo, Warffum en Usquert zijn gesitueerd, een weide opgeworpen die Brunwerd genoemd werd. Na verloop van tijd bleek deze weerde voor de bewoners te weinig ruimte te bieden. De randbewoning die toen ontstond kreeg de naam "Uthusen" waarmee dan het latere dorp Uithuizen wordt bedoeld. De oude wierde duidt men tegenwoordig nog aan als "Oldorp", dat is "het oude dorp". In de 11e eeuw, de periode waarin de zendeling Liudger zijn pogingen om deze streken te kerstenen bekroond zag, werd de parochie Uithuizen gesticht. Het is aannemelijk dat toen reeds een kerk werd gebouwd maar gegevens daarover ontbreken geheel. Het huidige kerkgebouw dateert ongeveer uit het midden van de 13e eeuw. *  Uit de kronieken van Emo en Menko blijkt dat er tussen de kerk van Uithuizen en het klooster Bloemhof te Wittewierum relaties bestonden.

Omstreeks 1275 was er sprake van de pastoor Enard of Enardus die zich in het klooster wilde begeven met medeneming van kerk en parochie van Uithuizen. Via een slopend proces tussen 1276 en 1284 werd de kerk bij Bloemhof ingelijfd. *  Blijkens oude oorkondezegels was de kerk van Uithuizen gewijd aan St. Jacobus. Deze gegevens worden bevestigd door het feit dat men bij de restauratie van de gewelfschilderingen in het kerkgebouw in 1976 een schildering van genoemde Jacobus aantrof. Omdat zoals bovenvermeld Liudger in deze streken het Christendom predikte behoorde Uithuizen sedert 804 het jaar waarin Liudger tot bisschop werd verkozen, tot zijn bisdom nl. dat van Munster. In 1559 bij de nieuwe bisschoppelijke indeling viel de parochie bij het bisdom Utrecht. De eerste Hervormde predikant te Uithuizen was Nicolaas Clant. Zijn naam is vermeld onder de acta van de classis Middelstum in 1595. *  Na de reformatie ressorteerde Uithuizen onder het district Dijkstreek van de classis Middelstum en na 1816 onder het classikaal bestuur van Middelstum c.q. Winsum. *  Het collatierecht dat in 1903 door de kerkvoogdij werd aangekocht behoorde aan de bewoners van het huis Menkema. *