Met de verbreiding van het Christendom werden kerkelijke gemeenten gesticht, waardoor behoefte aan kerkgebouwen ontstond. Op last van Karel de Grote diende bij stichting van een kerk een begiftiging van goederen plaats te vinden, om daaruit de kerk in stand te kunnen houden *  . Deze goederen werden in de loop der tijden met vele vrijwillige schenkingen vermeerderd. Zij kregen langzamerhand een drieledige bestemming: het instandhouden van de kerk, het onderhoud en de huisvesting van geestelijken en de bezoldiging, en de huisvesting van de koster *  . Overeenkomstigde gebruiken van het leenstelsel werden de geestelijken voor hun betrekking (officium) beleend met een goed (beneficium) om de geestelijke zorg voor hun parochianen te kunnen uitoefenen *  . De parochianen waren van hun kant verplicht jaarlijks tienden aan de kerk af te dragen. Samen met incidentele giften, zoals offergaven bij de mis en schenkingen ten bate van het lezen van zielemissen, bezorgden de tienden de kerk vaak aanzienlijke fondsen *  .

De kerkfabriek, d.w.z. het kerkgebouw en het vermogen tot bestrijding van de kosten van het onderhoud daarvan en van de eredienst, werd beheerd door kerkvoogden, kerkmeesters geheten. De pastorie- en kosterijgoederen werden door de priesters en kosters zelf beheerd. De kerkmeesters oefenden hierop toezicht uit *  .

De kerk, de geestelijke en de kosters waren bezitters van de desbetreffende goederen; zij hadden de goederen niet in eigendom. De goederen waren opgedragen aan God, Christus of een heilige, en vormden juridisch gezien stichtingen, derhalve zelfstandige rechtspersonen *  .

De stichting van een kerk met bijbehorende goederen behoefde goedkeuring van de geestelijke overheid. Voorwaarde tot het verkrijgen van de goedkeuring was dat de stichter afstand deed van het eigendomsrecht *  . Deze kreeg in ruil daarvoor het patronaats- of collatierecht, het recht om iemand voor te dragen voor een geestelijke bediening. Tevens diende hij mede toezicht te houden op het beheer van de kerkelijke goederen en fondsen. Het collatierecht en de kerkvoogdij waren dientengevolge van oudsher nauw met elkaar verbonden. Het patronaatsrecht ging over op de erfgenaam van de schenker van het goed en kon vervreemd worden, mits de bestemming voor het vrome gebruik (ad pios usus) behouden bleef *  .

Met de Hervorming kwam in de aard en de bestemming van de kerke-, pastorie- en kosterijgoederen geen verandering. Zij gingen in het algemeen in handen van andere bezitters over. De staten van de provincies droegen er zorg voor dat de overdracht werkelijk plaats vond en oefenden sindsdien het oppertoezicht over de kerkelijke beheerscolleges uit *  . Bovendien hadden zij zelf het beheer over de zogenaamde geestelijke goederen. Deze goederen, die hadden toebehoord aan de kloosters en die tijdens de hervorming waren geconfisqueerd, werden verenigd in provinciale geestelijke kantoren. Ook de opbrengst van deze goederen dienden "ad pius usus" en werd besteed voor het onderhoud van predikanten, voor wie de opbrengsten uit de pastoriegoederen niet toereikend waren, schoolmeesters en arme studenten *  .

De omwenteling van 1795 bracht een scheiding teweeg tussen kerk en staat. Hoewel aanvankelijk alle kerkelijke goederen en fondsen nationaal verklaard werden *  , gelastten de leden van de nationale vergadering, onderling verdeeld over deze zaak, alleen opheffing van de geestelijke kantoren en confiscatie der daardoor beheerde goederen. Van staatswege werd de bezoldiging van de leraren van alle kerkgenootschappen gewaarborgd. Geldgebrek belette de staat evenwel deze belofte na te komen *  .

Koning Willem I haalde de band tussen kerk en staat nauwer aan. Toen hij in 1816 de organisatie van het bestuur der hervormde kerk regelde, kondigde hij daarbij ook een regeling inzake de administratie der kerkelijke goederen aan *  . Dit bracht hij ten uitvoer in een reeks van bij K.B. vastgestelde reglementen, die van 1819 - 1823 verschenen. Zoals de staten der provincies voor 1795 als hoge overheid de superintendentie op het beheer der kerkelijke goederen hadden uitgeoefend, werd nu de Koning oppertoezichthouder, welke taak hij delegeerde aan provinciale colleges van toezicht. Maar bovenal werd hij opperwetgever in kerkelijke zaken. Dit recht ontnam hij de plaatselijke kerkelijke gemeenten. Voor elke provincie afzonderlijk vaardigde hij een reglement op het beheer en toezicht uit, waarin met de bijzondere omstandigheden van de provincie rekening was gehouden. Alle kerkelijke zaken der protestantse kerkgenootschappen liepen over het in 1815 ingestelde "departement voor de hervormde en andere eerediensten, behalve den roomsch-katholieken". * 

Het sterk persoonlijke stempel, dat koning Willem I op de kerkelijke zaken had gedrukt, werd tijdens de regering van zijn zoon al minder, culminerend in artikel 170 van de grondwet van 1848, dat vrijheid van afkondiging van kerkelijke wetten zonder koninklijke goedkeuring waarborgde. Dit werd verder uitgewerkt in de wet op de kerkgenootschappen van 1853.

Aan de hervormde kerk was een jaar eerder door de koning te kennen gegeven dat, aangezien de ontwikkeling "in de rigting der aan de kerk toekomende zelfstandigheid" plaatsvond, de hervormde kerk zelf bepalingen mocht maken ten aanzien van de inrichting van haar bestuur.

Dat de scheiding tussen kerk en staat nog niet volledig was doorgevoerd, blijkt uit het voorbehoud van de koning, waaronder hij in 1852 het door de hervormde kerk zelf opgestelde algemeen reglement goedkeurde. Onder dit voorbehoud, de zogenaamde elf reserves, vielen ondermeer de artikelen 65, lid 2 en 70, lid 5, die als basis moesten dienen voor een nadere regeling van het beheer van de kerkelijke goederen. Deze artikelen zijn niet ten uitvoer gebracht *  .

Toch wilde de koning zich op den duur uit de bemoeienis met het beheer van kerkelijke goederen terugtrekken. In 1864 begon het departement van justitie, waaronder sinds 1862 de zaken van de hervormde eredienst ressorteerden, in die geest een ontwerp van een nieuw reglement inzake het toezicht voor te bereiden. De regering achtte zich namelijk niet meer gerechtigd zich daadwerkelijk in het beheer te mengen. Wel meende zij voorlopig nog het oppertoezicht te moeten behouden. Deze regeling moest een algemeen college van toezicht, samengesteld uit afgevaardigden van de provinciale colleges van toezicht, tot stand brengen. Naar het oordeel van de regering diende men hierbij met veel behoedzaamheid te werk te gaan *  .

Terwijl deze nieuwe opzet werd voorbereid, verscheen echter het K.B. van 9 februari 1866, waarbij afgekondigd werd, dat na een overgangsperiode van drie jaar het staatstoezicht op het beheer der kerkelijke goederen geheel zou komen te vervallen. Bovendien bepaalde het besluit dat binnen drie jaar een algemene regeling inzake het beheer en het toezicht daarop tot stand moest komen. De bevoegdheden van de koning werden overgedragen op een daarbij ingesteld algemeen college van toezicht, samen te stellen uit afgevaardigden van de provinciale colleges van toezicht en van de algemene synode *  .

Het besluit liet in het midden bij wie in dezen de wetgevende bevoegdheid zou berusten, hetgeen tot veel verwarring en strijd aanleiding heeft gegeven. Met het oog op de historisch gegroeide verhouding tussen beheer en overheidstoezicht meende het algemeen college dat een van hen uitgaande nieuw algemeen reglement op het beheer en toezicht gebaseerd zou moeten zijn op een hen uitdrukkelijk bij wet verstrekte bevoegdheid *  . Het kabinet Van Zuylen van Nijevelt had hieromtrent al bepaalde toezeggingen gedaan *  , toen het in 1868 plaats moest maken voor het kabinet Van Bosse-Fock. Dit liberale kabinet, dat moest optreden in een tijd waarin het conflict tussen koning en parlement een hoogtepunt had bereikt, was van oordeel dat niet de koning een wettelijke basis moest geven voor de totstandkoming van een regeling van het beheer en toezicht, maar dat dit een grondrecht was van de kerkelijke gemeenten *  .

Het algemeen college achtte autonomie van de gemeenten echter niet in het belang van het beheer, vrezend dat dit tot wanorde zou leiden *  . Op voorstel van een van zijn leden, Mr. W.B.S. Boeles, ontwierp het een voorlopig reglement ter organisatie van het beheer en toezicht, uitgaande van het beginsel, dat het algemeen college als "negotiorum gestor" vrijwillig, zonder lastgeving van de gemeenten deze zaken diende te behartigen *  .

Het voorlopig reglement, dat zoveel mogelijk aan de bestaande organisatie was aangepast, werd met verwerking van de adviezen van de provinciale colleges van toezicht in oktober 1868 aan de plaatselijke kerkelijke beheerscolleges toegezonden. Op grond van dit voorlopig reglement werden ten overstaan van de fungerende kerkvoogden nieuwe notabelen gekozen door en uit de stemgerechtigde manslidmaten. Deze kozen nieuwe kerkvoogden. Deze kerkvoogden benoemden in een vergadering de afgevaardigden voor de provinciale kiesvergadering, die vijf leden verkoos voor het nieuwe provinciale college van toezicht; de overige twee leden werden benoemd door het provinciaal kerkbestuur. Elk provinciaal college vaardigde één lid af naar het algemeen college, waarin verder drie leden van de algemene synode en een lid van de commissie tot de zaken van de waalse kerk zaten *  .

Het nieuwe algemene college van toezicht ontwierp een concept-reglement, dat, nadat de gemeenten hierover waren gehoord, in gewijzigde vorm in juni 1870 in de vergadering van een verdubbeld algemeen college werd aangenomen.

De kerkvoogdijen, die zich niet aan het nieuwe reglement wensten te onderwerpen, namen het z.g. "vrij beheer" aan. Het merendeel van de gemeenten sloot zich echter wel aan.

Ondanks de kritiek bij de totstandkoming van het algemeen reglement op het beheer der kerkelijke goederen en fondsen van 1870, welke niet zozeer de inhoud betrof als wel de wijze waarop het algemeen college te werk was gegaan, bleek deze regeling toch bevredigend te werken.

De algemene synode heeft herhaalde pogingen gedaan het beheer onder het algemeen reglement op het bestuur van de hervormde kerk te brengen. De voorstellen daartoe vonden aanvankelijk weinig bijval *  . Na de tweede wereldoorlog wilde men met de voorbereiding van een nieuwe kerkorde ook de organisatie van het beheer en toezicht daarbij regelen. Een voorstel om kerkvoogdijen onderdeel van de kerkeraden laten vormen en een zelfde handelswijze bij de hogere organen toe te passen, werd in 1946 in een vergadering van de vereniging van kerkvoogden door Prof.Dr. J.H. Semmelink toegelicht *  .

Ondanks de gemengde gevoelens waarmee men tegenover het voorstel stond, werd de kerkorde in 1950 in deze geest aangenomen. Het algemeen college van toezicht schaarde zich achter de ordinanties van de kerkorde, die op het beheer en toezicht betrekking hadden. Bij de provinciale colleges van toezicht ontstond echter veel verzet.

Bij de gemeenten zelf evenwel lag de beslissing of zij al dan niet hun reglement aan de bepalingen van de kerkorde aanpasten *  . Het gevolg is, dat er sinds de invoering van de kerkorde in 1951 drie soorten van beheer, al dan niet onder toezicht, bestaan: het beheer onder toezicht, zoals het in de kerkorde is geregeld, het beheer onder toezicht volgens het algemeen reglement van 1870 en het vrij beheer.