Het ziekenhuis werd geleid door een bestuur. Dit werd gevormd door geestelijken en katholieke notabelen. Elke pastoor in de stad Groningen maakte uit hoofde van zijn functie deel uit van het ziekenhuisbestuur. De dagelijkse leiding in het ziekenhuis lag in handen van de Moeder Overste. De behandelende artsen hadden, op enkele uitzonderingen na, een losse band met het ziekenhuis. In de meeste gevallen behandelden ze zowel patiënten in het Diakonessenhuis als in het RKZ. Slechts enkele artsen hadden een vaste band met het ziekenhuis. Deze vaste chirurgen moesten zich daarbij verplichten om in ruil voor het gebruik van de faciliteiten van het ziekenhuis, kosteloos armlastige katholieke patiënten te behandelen. Personen die niet in staat waren om zelf hun pleegkosten te betalen kwamen op de Sint Joseph-afdeling terecht.

De gewoonte dat de in de stad actieve pastoors zitting hadden in het bestuur van het ziekenhuis verviel meteen na de oorlog. Het betekende echter geenszins dat daarmee de invloed van de katholieke geestelijkheid verminderde. Tot 1976 bleef de bepaling gehandhaafd dat de bisschop in het diocees Groningen bij alle essentiële beslissingen de formele goedkeuring moest verlenen. Vanaf 1976 beperkten de bemoeienissen van de bisschop zich tot de gang van zaken rond de geestelijke verzorging en het medisch-ethisch beleid.

Ook de rol van de medische staf veranderde in de loop der tijd. Aanvankelijk hadden slechts enkele medische specialisten een formele band met het ziekenhuis. Hierin onderscheidden het RKZ en het Diakonessenhuis zich van het Academisch Ziekenhuis. De meeste specialisten werkten voor patiënten in de beide confessionele ziekenhuizen, zonder zich uitdrukkelijk aan één ziekenhuis te binden. Het RKZ hield deze situatie bewust in stand, omdat men bang was voor een te grote invloed van de specialisten. In 1961 werd vanuit de Groninger specialistenvereniging de behoefte geuit om tot een vastere band tussen ziekenhuis en specialist te komen. In 1963 werd een commissie geïnstalleerd die zich ging bezighouden met stafvorming. Pas vanaf 1968 werd dit verwezenlijkt. Maar de band bleef losjes; sommige specialisten gingen vooral in het RKZ werken terwijl anderen hun activiteiten op het Diakonessenhuis toespitsten. De voornaamste reden om tot stafvorming over te gaan was de behoefte aan een betere integratie van het medisch handelen in de totaliteit van het ziekenhuis.

Er werd hierop een vierhoofdige directie ingesteld, bestaande uit een directeur-geneesheer, een bedrijfskundig directeur, een economisch directeur en een verpleegkundig adjunct-directeur. De tijd dat de Moeder Overste in haar eentje de scepter zwaaide lag daarmee definitief achter de rug.