Op 3 september 1918 begon de Gemeente H.B.S.-B met haar lessen. De school was opgericht na een verzoek van de regering in 1914. De aanleiding voor het verzoek vormde het feit, dat het aantal leerlingen op de Rijks H.B.S. in Groningen dermate was toegenomen, dat verdere groei ongewenst scheen. De Groninger Raad nam in 1917 een positief besluit met betrekking tot de oprichting van een Gemeente H.B.S. Zij werd daarmee de vierde school in haar soort, naast het Praedinius Gymnasium, de H.B.S. voor meisjes, de huidige Scholengemeenschap Centrum, tot voor kort Thorbecke College genaamd, en de driejarige H.B.S. met Handelsschool, de tegenwoordige Scholengemeenschap Oost, daarvoor Heymans Lyceum geheten. Het onderwijsteam bestond in 1918 naast directeur dr. B. Sypkens, uit een zevental leerkrachten. Er werd lesgegeven aan 71 eersteklassers.

De school werd voorlopig ondergebracht aan de Violenstraat. Pas in 1924 kreeg de G.H.B.S. de beschikking over een eigen gebouw aan de Helperbrink, alwaar nu nog de voortzetting van de oude G.H.B.S., de Scholengemeenschap Zuid, te vinden is. Aan het eind van het schooljaar 1922/1923 kon het eerste eindexamen worden afgenomen. Na een langdurige ziekte ging dr. Sypkens op 1 mei 1943 met pensioen. Hij werd opgevolg door dr. Bos, een N.S.B.-er. In juni 1943 werd het schoolgebouw door de autoriteiten gevorderd en werden de lessen noodgedwongen verplaatst naar het Willem Lodewijk Gymnasium. Dat de oorlogsomstandigheden het onderwijs niet ten goede kwam spreekt vanzelf: aan het begin van het schooljaar 1945/1946 werden alleen de meest evidente gevallen niet bevorderd. Ook de verhoudingen binnen het lerarencorps hadden geleden onder de oorlogsomstandigheden. Gedurende het eerste schooljaar na de bevrijding vervulde de heer H.J.W. Sevenhuysen de functie van directeur. Met ingang van het hieropvolgende cursusjaar werd dr. W.A. Brandsma zijn opvolger.

In 1948 werd het daltonstelsel ingevoerd. Bij dit niet-klassikale onderwijsstelsel krijgen de vrijheid en de zelfwerkzaamheid van de leerlingen en de onderlinge samenwerking een sterk accent. Elke leerling werkt aan de hand van aan hem opgegeven (schriftelijke) taken. Op de G.H.B.S. werd begonnen met de 'daltonisering' van het derde en vierde lesuur: per klas waren er dus 12 daltonuren per week, bij een werkweek van zes dagen. De meeste leerlingen lieten zich, nadat zij enige ervaring met het nieuwe stelsel hadden opgedaan, positief uit over deze hervorming. De leraren waren erover verdeeld. Met name oudere leerkrachten die hun hele loopbaan klassikaal les hadden gegeven, hadden moeite met het daltonstelsel. Ook zij die onderwezen in exacte vakken hadden hun bedenkingen. Algemeen was de klacht over het overschrijven van taken door leerlingen. Discussies over het daltonstelsel zijn tot en met 1959 terug te vinden in de notulen van de lerarenvergaderingen. Desalniettemin raakte de naam Dalton H.B.S. steeds meer ingeburgerd. Met ingang van het schooljaar 1949/1950 werd er een A-afdeling aan de school toegevoegd.

Tussen 1952 en 1962 deed zich een explosieve groei van het aantal leerlingen voor: het leerlingental steeg van 169 naar 595. Door ruimtegebrek konden niet alle aangemelde leerlingen geplaatst worden. De twee in 1963 bijgebouwde noodlokalen lenigden de nood slechts ten dele. Aan het eind van het schooljaar 1967/1968, waarin de school haar tiende lustrum vierde, nam dr. W.L. Brandsma afscheid als directeur. Zijn opvolger werd dr. J. Ridder, die al enige tijd als leraar Engels aan de school was verbonden. Gelijk met de aanstelling van de nieuwe directeur, werd een begin gemaakt met de uitvoering van de Mammoetwet: er kwam een Havo- en een Atheneum-afdeling. De naam van de school werd veranderd in Zernike College, naar de aan de Groninger Rijksuniversiteit verbonden nobelprijswinnaar voor natuurkunde dr. Frits Zernike. Met de uitvoering van de Mammoetwet, verdween aanvankelijk het daltonstelsel. In het schooljaar 1970/1971 werd een begin gemaakt met de beperkte herinvoering ervan. Vanaf 1 augustus 1983 luidt de naam van de school Scholengemeenschap Zuid.

De G.H.B.S. - Dalton H.B.S. kende diverse schoolverenigingen. Van de Reciteervereniging 'Balder', van de Gymnastiekvereniging 'Thor' en van 'de Schoolbond' zijn archivalia bewaard gebleven.