Het instituut wordt bestuurd door de hoofddirectie. Deze bestond in 1790 uit vier personen: Henri Daniël Guyot, als voorzitter van de hoofddirectie en instituteur en drie mededirecteuren: Hendrik van Calcar, Gerrit van Olst en Willem Siccama. Deze drie personen hadden samen met Guyot het initiatief genomen tot oprichting van het instituut. In 1792 werd de hoofddirectie uitgebreid tot 5 en in 1798 tot 7 leden. In 1847 werd tenslotte bepaald dat de hoofddirectie uit 7 leden zou bestaan, waaraan de instituteur(s) werd(en) toegevoegd, zodat de hoofddirectie meestal uit 8 personen bestond. Vergaderingen werden als regel eens in de twee of drie weken gehouden. De jaarlijkse vergadering van leden verkoos een nieuwe hoofddirecteur voor degene die aan de beurt was om af te treden. Herverkiezing was mogelijk en meestal regel.

De instituteur had de dagelijkse leiding van het instituut. Tot zijn dood in 1828 bekleedde Henri Guyot deze functie, terwijl hij ook de hoofddirectie voorzat. Vanaf 1828 werden beide functies gescheiden: H.O. Feith, de provinciaal archivaris, werd voorzitter, terwijl Guyot's oudste zoon Charles instituteur werd. Rembt Tobie Guyot, de tweede zoon, was van 1829 tot 1854 tweede instituteur, waarin hij Charles opvolgde (zie bijlage 1). Vanaf 1868 werd de functie aangeduid met directeur-instituteur en vanaf 1883 met directeur. Na verloop van tijd namen allerlei administratieve bezigheden zoveel tijd van de instituteur in beslag, dat hij nauwelijks meer in staat was zich daadwerkelijk met het onderwijs te bemoeien. In 1854 werd daarom ter ontlasting van R.T. Guyot de post van commissaris-administrateur gecreëerd, bekleed door A.W. Alings. Toen laatstgenoemde in 1863 instituteur werd, verviel deze post weer. De instituteur behield zekere administratieve werkzaamheden, maar genoot hierbij de hulp van een ambtenaar ter administratie, een functie die waarschijnlijk al in het begin van de 19e eeuw bestond. * 

De functies van secretaris en rentmeester werden aanvankelijk gecombineerd. In 1790 werd daaromtrent bepaald dat het nieuw gekozen hoofddirectielid deze functies moest bekleden. In 1792 werd tot scheiding van de werkzaamheden van secretaris en rentmeester overgegaan, gelijk met de uitbreiding van de hoofddirectie tot 5 personen. Om het andere jaar zou een nieuwe secretaris danwel rentmeester gekozen worden, die zodoende twee jaar in functie bleef. In 1799 werd bepaald dat juist niet het nieuw gekozen hoofddirectielid, maar hoofddirecteuren met minimaal twee jaar ervaring met deze posten belast moesten worden. Ook het permanent overdragen van het secretariaat werd bezwaarlijk; in 1804 werd een vaste secretaris benoemd. Bij een wijziging van de statuten in 1825 werd bepaald dat zowel secretaris als rentmeester voor drie jaar werd benoemd door de hoofddirectie; na die drie jaar kon tot herbenoeming worden overgegaan, terwijl ook tussentijds ontslag mogelijk was. Bij voorkeur moesten de secretaris of rentmeester deel uitmaken van de hoofddirectie, maar dat was geen eis. In de praktijk kwam deze laatste bepaling erop neer dat het rentmeesterschap en het secretariaat nogal eens als voorportaal voor het lidmaatschap van de hoofddirectie fungeerden.

De echtgenotes van de hoofddirecteuren, de damesdirectrices, hadden een aantal huishoudelijke taken onder hun hoede, terwijl ze zich ook bezighielden met de meisjesleerlingen. Eens in de twee maanden vergaderden ze samen met de hoofddirectie.

De leden van het instituut, particulieren die jaarlijks minimaal fl. 5,25 aan het instituut schonken, waren, zoals hierboven gezegd, verenigd in departementen. Deze lokale organisaties van leden werden bestuurd door een directie, in grootte variërend van één persoon bij zeer kleine departementen van slechts enkele leden, tot vrij uitgebreide colleges bij grote departementen van enkele honderden leden zoals Amsterdam. Groningen was het hoofddepartement en werd bestuurd door de hoofddirectie. De departementsdirecteuren zorgden niet alleen voor de inning van de contributies en het overzenden van de totaalsommen naar Groningen, maar bemiddelden ook bij de aanmelding van nieuwe leerlingen uit hun ressort en via hen verliep veelal het contact tussen leerlingen en hun ouders. Het belang van goed georganiseerde departementen voor het landelijk opererende instituut was met name zeer groot in de eerste decennia van haar bestaan toen de verbindingen nog uiterst slecht waren.