Algemeen
In de zeventiende eeuw vond er een toename in Groningen plaats van Oostfriese en Scandinavische handelaren en immigranten, waaronder soldaten en veenarbeiders. Zij namen hun godsdienst mee, en in de stad Groningen werden rond 1617 de eerste lutheranen gesignaleerd. De Dertigjarige Oorlog (1618-1648) in het Duitse Rijk zorgt ervoor dat velen van hen hun toevlucht zoeken in de Nederlanden. Lutheranen hadden een lagere sociale status, aanvankelijk was het hen bovendien verboden hun geloof te belijden. Later werden ze gedoogd, vooral door hun inspanningen tijdens het beleg van 1672. In 1685 kregen zij toestemming van het stadsbestuur om een kerk te bouwen en hun godsdienst uit te oefenen.
Voor de bouw van een kerk en het beroepen van een predikant was altijd toestemming nodig van het stadsbestuur, dit gold voor alle gemeenten in de soevereiniteit van de stad Groningen. Omdat het lutheranisme niet officieel als godsdienst erkend was, konden de lutheranen aanvankelijk geen gebruikmaken van deze officiele toestemming.
Uitgaven moesten de gemeenten met eigen middelen bekostigen, die veelal kwamen uit collecten (begrafeniscollecten uitgezonderd, waarvan de opbrengsten ten goede kwamen aan de algehele gemeenschap), die in de eigen omgeving (na toestemming van de stad) en in de naburige Duitse landen (met bewijs van goedkeuring van de stad) werden gehouden.
Buiten de stad vestigden zich de eerste lutheranen in de oude veenkoloniën. In 1687 werd te Sappemeer de eerste kerk gebouwd. Daarna volgden Wildervank-Veendam en Winschoterzijl (later Winschoten), en Pekela.

Geschiedenis van de gemeente
Het tijdstip van de stichting van de Evangelisch-Lutherse Gemeente te Winschoterzijl is niet bekend.
Rond 1680 werden in een schuur bij het huis van Gerrit Timmerman de eerste bijeenkomsten gehouden, geleid door een huisonderwijzer, kandidaat Johannes Husius. Later vonden de bijeenkomsten plaats in de brouwerij van Zacharius Feltrup nabij Winschoterzijl. De reden waarom de lutheranen niet in Winschoten kerkten, was vooral door tegenwerking van het Groningse stadsbestuur, dat destijds bekend stond om zijn strenge godsdienstbeleid. De Winschoterzijlster lutheranen hadden echter de stad niet nodig in dezen, want in 1693 verleende gouverneur Willem III toestemming tot het bouwen van een kerk te Winschoterzijl, aangezien deze plaats net in generaliteitsland Westerwolde lag en dus buiten het gebied van de soevereiniteit en het strenge godsdienstbeleid van de stad Groningen viel. Wedde was weliswaar een Groningse heerlijkheid, maar viel onder gezagsrecht van de Staten-Generaal. Voor Winschoten gold dit niet, derhalve was de bouw van een kerk daar (nog) niet mogelijk.
Na een succesvolle collecte werd in 1695 begonnen met de bouw van de kerk, op land van Feltrup. De kerk was gereed in 1696. Het brouwershuis werd verbouwd tot pastorie en meijerswoning. In 1697 werd de gemeente eigenaar van het land en het gebouw van Feltrup.
Winschoterzijl lag een half uur gaans van Winschoten, aan de zijde van de Pekel Aa op het gebied van Wedde te Westerwolde. De lutheranen uit Pekela bezochten ook de kerk te Winschoterzijl. Uit praktische overwegingen (de lange tocht van Pekela naar Winschoterzijl was een te zware fysieke onderneming), besloot men tot het vormen van een eigen gemeente. In 1762 werd in Pekela een lutherse kerk gebouwd.

Kerkbouw
In 1836 ving men aan met de bouw van een nieuwe kerk te Winschoten, welke in datzelfde jaar werd ingewijd. In dit jaar eindigde dan ook de Evangelisch-Luthersche gemeente Winschoterzijl, en ontstond de Evangelisch-Lutherse gemeente te Winschoten; de Synode veranderde haar naam in die van Winschoten. Veel van de oude kerk werd hergebruikt, zoals de stichtingssteen, de preekstoel en de banken. Al in 1824 ontstond het idee om de kerk van Winschoterzijl naar het economisch aantrekkelijker Winschoten te verplaatsen, hiertoe ook aangespoord door toenemende bouwvalligheid van het gebouw.

Taalgebruik
De Lutherse gemeenten bestonden aanvankelijk voornamelijk uit Duitstaligen. Door de fysieke nabijheid van het Duitse Rijk en de vele immigranten in de oude veenkoloniën uit Oostfriesland, was de oriëntatie op het Duitse Rijk groot: tot ver in de achttiende eeuw werden Duitse predikanten beroepen en was de kerktaal Hoogduits. Te Winschoterzijl gebruikt men tot 1783 Hoogduits als schrijftaal voor het kerkboek.

Latere ontwikkeling
In 1989 is er een samenwerkingsverband ontstaan tussen de lutherse gemeenten Veendam-Wildervank, Groningen, Pekela, Stadskanaal en Winschoten. Sinds het begin van 2008 zijn de gemeenten Pekela en Winschoten samengegaan. Daarnaast zijn er gezamenlijke diensten met andere kerken in de omgeving, zoals de Lutherse Kerk in Wildervank.