Van het archief van de Classis van de Christelijk Afgescheidenen Gemeenten ontbreekt alles van voor 1842. Gevreesd moet worden, dat dit in de woelingen rond dominee H.P. Scholte verloren is gegaan. Het notulenboek over 1842 - 1849 werd bij de splitsing van de Classes Dordrecht en Gorinchem door loting aan Dordrecht toegewezen. Ook de rest van de notulenboeken tot 1892, het jaar van samengaan met de Dolerenden, is compleet bewaard gebleven. De losse stukken zijn daarentegen vrijwel alle verdwenen, ondanks de zorg, die er kennelijk in 1892 aan besteed werd, toen de kerk van Dordrecht A aangewezen werd om de acta en andere archiefstukken, ook uit de tijd van voor de vereniging, te bewaren. De index, die gemaakt zou worden, is evenwel niet aangetroffen.

Bij de Nederduits-Gereformeerde Kerk (dolerende) is van begin af aan sprake geweest van archiefzorg. Nog voordat in januari 1890 dominee Rudolph van Zwijndrecht tot actuarius werd verkozen, had op 7 februari 1889 broeder Vroolijk al verzocht een geschikte kist voor het Classicaal archief te laten maken. In de marges van de notulen vinden we verwijzingen naar nummers van het archief. Toen Rudolph eind 1890 vertrok, stelde hij het archief ter beschikking en werd op zijn voorstel Dordrecht als archiefbewarende kerk aangewezen. Dominee Fernhout werd actuarius. Na de vereniging met de Christelijk Afgescheidenen werd een inventaris van het archief opgemaakt, bestaande uit 58 nummers en het archief aan de nieuwe Classis overgedragen. Maar ondanks deze goede zorg is er van de losse stukken niets meer over, ook niet van de kerkvisitatierapporten, die sinds 1891 op voorstel van Fernhout in schriftelijke vorm in het archief werden gedeponeerd.

Toen, na de vereniging van de beide Classes, Fernhout in 1893 Dordrecht verliet, droeg hij het onder zijn hoede hebbende archief over aan de Kerkenraad van Dordrecht C. Alles was volgens zijn zeggen genummerd en geregeld en bevond zich in een uitstekende orde. De volgende halve eeuw liet de Classis zich weinig aan het archief gelegen liggen. Pas in 1951 werden enige initiatieven ontplooid toen, naast dominee Van der Loo van Dordrecht, broeder Steenwinkel als mededeputaat voor de reorganisatie van het archief werd benoemd. Een reorganisatie, die kennelijk zeer noodzakelijk was, getuige een passage in de notulen van 15 november 1951: Dominee Hegger kon in de vorige vergadering van 8 september 1951 te Brussel het ondertekeningsformulier nog niet met zijn handtekening onderschrijven, omdat het desbetreffende boek niet in Brussel aanwezig was. Dominee Van der Loo deelt mee, dat dit boek tot dusver onvindbaar bleek, omdat het archief een chaos is. In tegenstelling daartoe meldde de scriba op 8 februari 1952: Nadat broeder Steenwinkel ongeveer een half jaar aan het Classicale archief heeft gewerkt, kan thans worden gerapporteerd dat dit nu prachtig in orde is. De Classis is van oordeel, dat zij haar dankbaarheid niet beter kan uitspreken dan dat naast een bijzondere vergoeding, zij broeder Steenwinkel tot archivaris zal benoemen, wat dan ook gebeurt. Twee jaar later opperde de Zwijndrechtse ouderling Visscher het denkbeeld een vaste scriba-actuarius te benoemen ter voorkoming van nieuwe verwarring en verlies van stukken. Uiteindelijk werd op 3 mei 1956 dominee Van der Loo als zodanig benoemd, per 4 februari 1960 opgevolgd door dominee Wouters.

Uiteraard zijn bij de inventarisatie, die op de overbrenging van het archief in 1975 naar het Gemeentearchief volgde, de drie archieven, respectievelijk van de Afgescheidenen, Dolerenden en de verenigde Classis, gescheiden. Van de beide eerste archieven resteert niet veel, voornamelijk slechts de notulen. Bij de inventarisatie van het archief van de Classis Dordrecht van de Gereformeerde Kerken in Nederland is uitgegaan van de orde, die Steenwinkel daar in 1951 - 1952 aan gegeven heeft. In hoofdzaak had hij de losse stukken per Classisvergadering geordend. Zaken die niet op een vergadering konden worden afgedaan, waren tot een dossier gebundeld. Op grond van enkele gevonden enveloppen met stukken, die aan Steenwinkels aandacht waren ontsnapt, viel te concluderen, dat zijn orde stoelde op de oorspronkelijke. De klapper, die hij vervaardigde, is thans niet zonder meer bruikbaar, aangezien de pakken waarin hij de stukken had samengebonden verbroken moesten worden en de stukken uit de dozen moesten worden gehaald. Een concordans in de vorm van een fotokopie van de bij de dozen behorende lijsten is bij de klapper gevoegd (inventarisnummer 132).

Tussen 1952 en 1955 ontbreken de losse stukken weer. Na 1956 vormden de vaste scriba's twee series ingekomen stukken. Een chronologische, van stukken die op een vergadering direct werden afgedaan en een alfabetische, van stukken die meerdere vergaderingen vergden. Deze orde is verbroken, in die zin, dat de chronologische serie gesplitst is per vergadering en de alfabetische in een serie dossiers en kerkvisitatierapporten. In feite is hiermee de orde van Steenwinkel gevolgd. De bundels stukken bij de Classisvergaderingen, alsmede de notulen zijn ondergebracht in de afdeling Stukken van algemene aard, de dossiers en archivalia van de questor in de afdeling Stukken betreffende bijzondere onderwerpen. De stukken zijn geordend tot en met 1962, tot welk jaar de notulen zijn overgedragen.

De handelingen van de Classis bestaan hoofdzakelijk uit vergaderen. De notulen vormen dan ook het belangrijkste bestanddeel van het archief, waarbij de losse stukken slechts bijlagen zijn. Vrijwel elk onderzoek dient dan ook te beginnen in de notulen. Bij de overbrenging is bepaald, dat de stukken die jonger zijn dan 50 jaar niet openbaar zijn. De inventaris wordt afgesloten met een index op persoons- en plaatsnaam. De nummering verwijst naar de inventarisnummers.