De Gereformeerde kerken in Nederland zijn in 1892 ontstaan door de vereniging van de Christelijke gereformeerde kerk, voortgekomen uit de kerken van de afscheiding van 1834 en de Nederduits-gereformeerde kerk dolerend van de doleantie (1886). De Gereformeerde kerk van Dordrecht vormt hierop geen uitzondering, zij het dat de daadwerkelijke eenwording hier eerst in 1903 plaats vond. Afscheiding en doleantie, twee begrippen die onlosmakelijk verbonden zijn met de geschiedenis van de Gereformeerde kerken, zowel landelijk als in Dordrecht.

Het reglement, dat koning Willem I in 1816 de Nederlands-hervormde kerk oplegde, bracht aanvankelijk wel de noodzakelijke rust, maar werd later de bron van grote interne kerkelijke onenigheid. Enerzijds de straffe hiërarchische organisatie met grote macht voor de synode en provinciale kerkbesturen en grote invloed van de koning, maar anderzijds vooral de ruimte die aan rationalisten werd gegeven, onder andere in de soepele proponentsformule, deed bij confessionelen, die vast wilden houden aan de belijdenisgeschriften, het verzet tegen de in feite wezensvreemde reglementen toenemen. Religieuze bewegingen als het reveil verbonden gelijkgestemden in steeds sterkere mate met elkaar, talloze eenvoudige, orthodoxe gelovigen zochten hun heil in conventikelen. In 1834 kwam het tot een openlijke botsing tussen confessionelen en de verlichte hogere kerkbesturen. In Ulrum werd de rechtzinnige predikant H. de Cock eerst geschorst en later afgezet wegens zijn hardnekkig verzet tegen de invoering van de evangelische gezangen, zijn doopsbediening aan kinderen uit andere, liberale gemeenten en het geven van orthodox godsdienstonderwijs aan leerlingen uit omliggende plaatsen.

En toen zijn medestander H.P. Scholte van Doeveren, Genderen en Gansoijen zonder verlof van de consulent in Ulrum preekte en daarvoor geschorst werd, kwam het in het Friese Ulrum en het Noordbrabantse Genderen tot de akte van afscheiding of wederkering (31 oktober 1834). Andere gemeenten en personen volgden zonder dat er overigens sprake was van een algemene, massale uittocht. Velen van de leidende figuren in confessionele en orthodoxe kringen vonden afscheiding niet de juiste weg naar kerkherstel en keurden de handelwijze van De Cock en Scholte scherp af. Scherp was ook het optreden van de overheid, die zich beriep op de artikelen 291 - 294 van het Wetboek van strafrecht. Wel werd de mogelijkheid van registratie en erkenning geopend bij Koninklijk besluit van 5 juli 1836, nummer 42, maar dan moesten de afgescheidenen uitdrukkelijk het predikaat 'gereformeerd' laten vallen, wat door de meeste gemeenten pertinent geweigerd werd. Maar zonder die registratie en erkenning waren hun samenkomsten van twintig of meer personen verboden en volgde soms felle vervolging *  .

In Dordrecht is aanvankelijk weinig te merken van neigingen tot afscheiden. Pas eind 1835 gaven enkele, zeer onaanzienlijke gemeenteleden te kennen dat zij zich geschrapt wilden zien uit de lidmatenboeken, waaraan de Kerkeraad zonder veel ophef gevolg gaf *  . In de volgende jaren volgden anderen hun voorbeeld, maar het totale aantal bleef tamelijk beperkt, een schamel groepje slechts. In de loop van 1836 hadden zij zich evenwel zodanig verenigd, dat op de Provinciale vergadering van de afgescheidenen op 19 februari van dat jaar er sprake kon zijn van een gemeente te Dordrecht *  .

Maar volgens Hervormde bronnen telde de Ring Dordrecht, dat is stad en Dubbeldam, nog slechts zeventien afgescheidenen, en alle deze personen zijn voorts menschen van zeer gebrekkige kennis; met eene uitzondering van lagen stand en van geringen invloed *  . Die ene uitzondering was de koekenbakker A. de Visser in wiens huis in de Prinsenstraat op 11 april 1837 de eerste kinderen in de gemeente door dominee H.P. Scholte werden gedoopt *  . Een Kerkeraad werd in dat jaar wel gekozen, maar schijnt niet voor 1838 bevestigd te zijn *  .

In of omstreeks 1840 kreeg de kleine gemeente de beschikking over een eigen gebouw, de leegstaande houten manege aan het Kromhout, die gehuurd werd van J. Sterk van de Weg, die overigens zelf nog geen lid was. De gemeente telde toen nog geen honderd lidmaten, maar de diensten trokken soms toch enkele honderden belangstellenden of nieuwsgierigen. Die samenkomsten waren echter verboden. Het Koninklijk besluit van 5 juli 1836 verbood ten eerste de naam 'gereformeerd' en ten tweede de samenkomsten van afgescheidenen zolang wettelijke erkenning niet was verkregen. Als er in een plaats een eenigzins aanmerkelijk aantal personen was, dat een afgescheiden gemeente zou willen vormen, dan dienden dezen zich met een individueel getekend adres tot de koning te wenden. Ondertussen was bij samenkomsten van meer dan twintig personen, onder toepassing van de artikelen 291 - 294 van het Wetboek van strafrecht, toestemming van het plaatselijk bestuur noodzakelijk.

In mei 1841 vroeg A. de Visser met 32 anderen de koning om erkenning als Christelijke afgescheiden gemeente, het woord 'gereformeerd' hadden ze al laten vallen. Door de gouverneur van Zuid-Holland om advies gevraagd reageerde de Dordtse burgemeester, ondanks bedenkingen positief. Maar de minister van staat voor de Hervormde eredienst, die uiteindelijk over de toelating moest beslissen, was niet tevreden en vroeg nadere inlichtingen. In een uitvoerige toelichting schetste de burgemeester nu de armetierige kudde: er is er eigenlijk maar één van enige welstand, alleen die koekenbakker A. de Visser, de rest is nauwelijks in staat de eigen naam foutloos te schrijven. Het gebouw was een voormalige houten manege en over de financiële toestand van de gemeente gaf hij bepaald niet hoog op. Hij betwijfelde of ze wel de eigen armen zouden kunnen ondersteunen.

De minister beschikte uiteindelijk in november afwijzend *  . Een viertal processen wegens ongeoorloofde godsdienstoefeningen waren het gevolg, processen die overigens weinig fanatiek door justitie gevoerd werden: steeds acht gulden boete en de kosten *  . Op 9 januari 1841, Willem II had inmiddels zijn vader als koning opgevolgd, werd het Koninklijk besluit van 5 juli 1836 gewijzigd en werden de toelatingsnormen versoepeld. Maart daarop volgend zond A. de Visser het verzoekschrift opnieuw in. De burgemeester adviseerde weer niet negatief, mits uitdrukkelijk vermeld werd, dat de afgescheidenen geen aanspraak zouden maken op vergoeding voor hun armen uit de stadskas. De minister besliste tenslotte eveneens positief. Een zeer kleine groep afgescheidenen weigerde erkend te worden en ging als Gereformeerde gemeente onder het kruis zijn eigen weg *  .

De komende jaren zijn voor de jonge Dordtse gemeente zeer moeilijk geweest. De eerste predikant *  , de nog onervaren 27-jarige P.M. Dijksterhuis, werd geconfronteerd met conflicten over de kerkorde, vooral nadat de gemeente op 15 augustus 1842 in navolging van de synode van Amsterdam (1840) de Dordtse kerkorde weer had aangenomen *  . Op een gemeentevergadering in de koude decembermaand van 1842 ging het er zo verhit aan toe, dat de heftig aangevallen predikant onder politiebescherming de kerk moest verlaten. Een geschorst Kerkeraadslid wist zich meester te maken van de sleutels van het orgel en steun van de Kerkmeester. Een proces moest uiteindelijk uitsluitsel geven over de vraag wie de wettelijke Kerkeraad was. Zaterdag 24 december, op kerstavond, werd de kerk opengebroken door de politie ten behoeve van Dijksterhuis en de meerderheid van de gemeente. De zinsnede in de notulen de godsdienst in de Kersttijd met veel stigting mogen gehouden worden moet met de nodige twijfels gelezen worden! Het waren vooral de sympathisanten van dominee Scholte, voorvechter van het eerste uur, maar nu in eigen kringen in de contramine, die dwars lagen.

Pas toen Scholte met een groot deel van zijn aanhang aan het eind van de jaren veertig naar de Verenigde Staten (Pella, Iowa) emigreerde, keerde de rust weer. Financiële problemen teisterden de kleine gemeente en de lange kerkdiensten putten de leraar uit en belemmerden grote opkomst. Moe en toch wel teleurgesteld nam Dijksterhuis in 1848 een beroep aan naar Genderen, lauwheid van de gemeente en financiële perikelen: het traktement in Dordrecht was te laag om een redelijke staat te kunnen voeren die passend was voor zijn ambt *  . Zijn opvolger, dominee S. Flesch, arriveerde een jaar later. Nieuwe problemen volgden in zijn kielzog. Eind 1850, toen een grote meerderheid van Kerkeraad en gemeente zich van hem had afgewend, werd hij door de Classis geschorst en in maart 1851 afgezet. Hij sloot zich aan bij de kruisgezinden, maar verliet hen in november 1853 na hevige ruzies. De rust keerde weer, de kerk kon aan de opbouw beginnen *  . In 1869 sloten de kruisgemeente en afgescheidenen zich bij elkaar aan onder de naam Christelijke gereformeerde kerk. De beide Dordtse gemeenten volgden het landelijke voorbeeld, zij het dat beide groepen hun afzonderlijke kerken bleven behouden: Afdeling Kromhout en Afdeling Kuipershaven, later Lindengracht. Tot werkelijke eenwording kwam het niet en in 1896 zouden beide weer huns weegs gaan.

Niet alle rechtzinnigen hadden in 1834 de Nederlands-hervormde kerk verlaten, integendeel, het merendeel bleef binnen de oude kerk de strijd tegen het modernisme en vrijzinnigheid voortzetten. Een strijd, die in Abraham Kuyper een veldheer vond die in 1886 een nieuwe grotere afscheiding teweeg bracht: de doleantie. De rechtzinnige krachten die de Dordtse orthodoxen in de doleantie hadden moeten leiden, hadden in 1880 een gevoelige nederlaag tegen de synode geleden *  en daarin moet een oorzaak gezocht worden voor het feit dat predikanten als Eigeman, Hoogenhuijze en Kromsigt in 1886 de beslissende stap niet durfden te wagen. Daarbij kwam dat de plaatselijke Hervormde Kerkeraad vrijwel geheel orthodox was en nog slechts twee van de acht predikanten modern. Het was dan ook een betrekkelijk kleine groep van omstreeks driehonderd leden die zich in april 1887, tevergeefs, tot de Kerkeraad wendde met het verzoek tot reformatie van de kerk over te gaan *  .

Kort daarvoor had de Klundertse predikant Van Veelo in zaal 'Van der Horst' een lezing gehouden over de reformatie der kerken (16 maart) en op 28 maart dominee F.P.L.C. van Lingen uit Zetten om hier propaganda te maken voor het doleeren. In korte tijd organiseerden de dolerenden zich. Op een vergadering, weer in lokaal 'Van der Horst' stelde een van de voortrekkers, Herngreen, voor naast een Kerkeraad een financiële commissie te benoemen *  . Dominee Van Veelo, die als consulent fungeerde, verduidelijkte dat we eigenlijk gezamenlijk een soort financiële vereeniging moeten vormen, terwijl de benoemde Kerkeraadsleden tevens leden zijn van het bestuur dier vereeniging. Als Kerkeraad werd nog geen rechtspersoonlijkheid aangevraagd, omdat de Kerkeraad in feite als de wettige Dordtse (Hervormde) Kerkeraad beschouwd werd. De dolerenden koesterden aanvankelijk de hoop, in tegenstelling tot de afgescheidenen in 1834, dat de breuk niet definitief zou zijn en dat de Hervormde kerk tot inzicht en reformatie zou komen. Die financiële vereniging waar dominee Van Veelo op doelde, de Vereniging 'De kerkelijke kas', met inderdaad in de eerste jaren de Kerkeraadsleden als bestuur, verkreeg nog in 1887 rechtspersoonlijkheid en startte met de bouw van een houten noodkerk, de Westerkerk, die begin 1888 al in gebruik genomen kon worden *  .

Toen ook landelijk bleek dat van terugkeer naar de Hervormde kerk of van reformatie van die kerk geen sprake kon zijn, werd toenadering gezocht tot de afgescheidenen ten einde aan de verdeeldheid onder de gereformeerden een einde te maken. Niet zonder problemen vond in 1892 de eenwording van de Christelijke gereformeerde kerken en de Nederduits-gereformeerde kerken dolerend op synodaal en classicaal niveau plaats. De lokale samensmelting werd aan de kerken zelf overgelaten. Binnen het nieuwe synodale verband noemden de Dordtse gemeenten zich na 1892 Gereformeerde kerk van Dordrecht met als toevoeging voor de Afdeling Kromhout A, Lindengracht, de voormalige kruisgemeente dus, B en de dolerenden van de Westerkerk C. In 1896 besloot op dogmatische gronden de grote meerderheid van B het kerkverband te verlaten en zich te voegen bij hen, die zich steeds Christelijke gereformeerde kerken waren blijven noemen *  .

De daadwerkelijke samensmelting van A en C liet dan nog zeven jaar op zich wachten. Bij de afgescheidenen heerste wantrouwen tegenover de dolerenden, die vijftig jaar langer onder het synodale juk hadden geleefd, wantrouwen jegens die vroegdopers en de nodige scepsis ten aanzien van de financiële positie. Aan de andere kant moesten de dolerenden niet zoveel hebben van de meer bevindelijke gereformeerden van het Kromhout en de bouw van hun nieuwe kerk, de Wilhelminakerk, op stapel gezet zonder enig vooroverleg met de dolerende broeders in hun tochtige, koude houten noodkerk aan de Muijs van Holijstraat, viel niet in goede aarde *  . Maar na elf jaar overleg en oeverloos discussiëren in steeds weer nieuwe commissies kwam in september 1903 de definitieve eenwording tot stand.

Toen in 1903 de ene Gereformeerde kerk van Dordrecht een feit werd, telde de gemeente ruim 2500 leden, wat een verdubbeling betekende van de som van de beide kerken omstreeks 1890 *  . De periode van spectaculaire groei was toen echter definitief voorbij, consolidatie en geleidelijke groei kenmerkten de volgende perioden. De eerste jaren werden bepaald door organisatorische problemen. Verschillen in organisatie in beide samenstellende delen, diverse kassen en verenigingen uit de doleantietijd moesten in het nieuwe kader gepast worden. Een conflict rond de Bouwkas 'De hoop' omstreeks 1925 voerde nog terug tot de tijd van voor 1903. Deze kwestie kwam pas tot oplossing toen de Kerkeraad besloot de houten Westerkerk te vervangen door een permanent gebouw *  .

In 1927 werd de Julianakerk gebouwd. Toen in 1937 het aantal leden de 4000 begon te naderen, werd een derde predikant en een derde kerk wenselijk *  . Een predikant werd in 1939 beroepen, maar de bouw van een nieuwe kerk werd door de Tweede Wereldoorlog voorlopig verhinderd *  . Sinds 1940 werden in het gebouw 'Irene' aan het Stek onregelmatig diensten gehouden *  als er een predikant beschikbaar was. Na de oorlog werd een gehuurd gebouw 'Helpt elkander' voor hetzelfde doel in Dubbeldam gebruikt. Dit gebouwtje, in 1947 van de werkliedenvereniging aangekocht, werd in 1949 tenslotte na een ingrijpende verbouwing veranderd van een min of meer obscuur zaaltje met schreeuwerige coulissen en reclames in een vriendelijk kerkje en herdoopt in de Rehobothkerk *  .

Nadat de plannen voor de bouw van een betonnen noodkerk aan de Twintighoevenweg door de gemeentelijke overheid getorpedeerd waren *  , in 1958 aan de Staart de Petruskapel in gebruik genomen werd *  , kon tenslotte op 13 mei 1960 de eerste paal voor de Stephanuskerk in de grond geheid worden als fundament voor de wijk Crabbehof - Wielwijk. Een half jaar later, op 1 januari 1961, werd Dubbeldam zelfstandig. Inmiddels was het predikantenkorps tot vijf man uitgebreid, mede noodzakelijk geworden door een vernieuwde taakopvatting. De evangelisatie, waarvoor in 1942 besloten was een kandidaat te benoemen, zonder uitzicht op beroep overigens *  , en de verwante Stichting 'Jeugdhaven' groeiden te zamen uit tot een semi-zelfstandige prosparochie 'Zeehavenlaan' met dominee Bonda in 1956. De Gereformeerde kerk van Dordrecht ontwikkelde zich tot een complexe stadskerk, waarvoor de oude organisatie met een Kerkeraad, Diaconie en Commissie van administratie en beheer, niet meer volledig functioneerde en reorganisatie volgens model van de vernieuwde kerkorde noodzakelijk maakte (1 januari 1962). Dit jaartal is dan ook als afsluiting voor de inventarisatie gekozen.