Sinds het ontstaan van het Remonstrantisme in de eerste decennia van de 17e eeuw was in Dordrecht weinig ruimte voor de aanhangers van deze rekkelijke geloofsrichting. Gedurende de Republiek is er van Remonstranten in de stad van de Nationale Synode dan ook geen sprake. Pas rond het midden van de 19e eeuw manifesteren zich Remonstranten in Dordtse archivalia. Evenals van andere dissenters werden attestaties in bewaring genomen door de Nederlands-Hervormde Gemeente en werd aldus toegang verleend tot het avondmaal. Was er later in deze eeuw nog plaats voor twee vrijzinnige predikanten binnen de Hervormde Gemeente, in de jaren '90 bleek de confessionele tendens steeds sterker te worden. Toen na drie jaren van afwachten en overleg in 1897 zekerheid was verkregen over het mislukken van de pogingen opnieuw vrijzinnige predikanten te beroepen, als ook over de onmogelijkheid de vrijzinnigheid te concentreren rond de inmiddels heropgerichte Doopsgezinde Gemeente, werd overgegaan tot het constitueren van een Remonstrantse Gemeente. Deze kreeg aanvankelijk de vorm van een vereniging tot zij als gemeente werd erkend door de algemene vergadering der Remonstrantse broederschap op 7 juni 1898. Door zich aan te sluiten bij de Remonstrantse broederschap, waar het modernisme zijn voor- naamste bedding had gevonden, bleken de vrijzinnige belangen inderdaad veilig gesteld. Een kwart eeuw later kon niet alleen gesproken worden van een bloeiende Remonstrantse Gemeente, ook de binnen de Nederlands-Hervormde Gemeente gebleven vrijzinnigen ontvingen hierdoor krachtige impulsen zich als zodanig te manifesteren. Over het wel en wee van de gemeente gedurende de nu tachtig jaar van haar bestaan kan hier worden volstaan met te verwijzen naar de literatuurlijst.

Het hoogste orgaan in de gemeente is de algemene ledenvergadering, waarin de Kerkeraad rekening en verantwoording aflegt van het gehouden beheer en verslag uitbrengt over de toestand van de gemeente. Deze werd eerst in het najaar, sinds 1950 in het voorjaar gehouden. Merkwaardig zijn de toen in zwang gekomen ontmoetingsavonden in Hotel 'Ponsen', waardoor de controlerende functie van de ledenvergadering op de achtergrond raakte. De dagelijkse gang van zaken wordt geleid door de Kerkeraad, tot in de jaren '40 bestuur geheten. Een term overigens, samenhangend met het modernistische karakter, waardoor het kerkbegrip veelal op de achtergrond raakte, van ook deze Remonstrantse Gemeente. Zo werd de bestuursvergadering voorzittende predikant in de notulen als de heer aangeduid en niet als dominee. Sinds 1950, toen door de Broederschap het algemeen reglement door de kerkorde werd vervangen, wordt ook in de gemeenten een meer kerkelijk getinte terminologie gehanteerd. Door deze kerkorde werden vele gemeenten genoopt tot het herzien van hun reglementen, waardoor onder meer het voorzitterschap niet langer ambtshalve door de predikant wordt vervuld. De Kerkeraad werd gevormd door aanvankelijk acht, waarvan ten hoogste twee vrouwen, later tien leden, gekozen door de leden in daarvoor apart belegde verkiezingen.

Na 1950 vindt enkele kandidaatstelling plaats in het gemeenteblad, waarna, zonder tegenkandidaten, de betrokkenen worden geacht te zijn verkozen. De installatie vindt plaats in de Kerkeraadsvergadering. De functies worden onderling verdeeld. Er zijn tenminste een voorzitter, een secretaris, een boekhouder en een kerkmeester. Hoewel de verantwoordelijkheid voor de diaconale taak van de gemeente bij de Kerkeraad berust, is de uitvoering opgedragen aan de Diaconale commissie. Deze, vroeger College voor armenzorg, Commissie voor hulp in nood en diaconie geheten, wordt gevormd door een of meer Kerkeraadsleden, de predikant en één of meer gemeenteleden of vrienden. Jaarlijks is de commissie rekening en verantwoording schuldig aan de Kerkeraad. Hoewel aan de zittingstermijn van bestuursleden grenzen gesteld zijn, was het vooral voor 1940 gebruikelijk, dat dezelfde personen vele jaren achtereen bestuurslid waren, slechts onderbroken door een aftredingsvacantie. Reglementair trad men af om zo spoedig mogelijk weer gekozen te worden.