De exacte stichtingsdatum van het Heilig sacramentsgasthuis te Dordrecht, welke naam overigens pas rond 1400 in zwang kwam door de jaarlijkse processie gehouden ter herdenking van de redding van het heilig sacrament tijdens de stadsbrand van 1338 en die van het Gasthuis uitging, is in nevelen gehuld. Hij moet echter voor 1284 liggen, aangezien het Gasthuis toen in de stadsrekening werd vermeld. Het was tot 1877 aan de Visstraat gevestigd, alhoewel er geregeld verbouwingen en uitbreidingen hebben plaatsgevonden. Het Gasthuis bestond uit een kapel, een ziekenhuis met enige bijgebouwen en bezat een eigen kruidentuin met wijngaard. Het doel van het Heilig sacramentsgasthuis was de verpleging van zieke, minvermogende Dordtse burgers op kosten van de gemeenschap. In het middeleeuwse ziekenhuis was plaats voor ongeveer 30 à 40 patiënten, die werden behandeld en verzorgd door de stadschirurgijn en de Magdalenazusters. De onkosten werden bestreden uit de opbrengsten uit de onroerende goederen, landerijen en huizen van het Gasthuis, legaten en de boedels van overleden patiënten.

Na de Reformatie moest de naam Heilig sacramentsgasthuis verdwijnen en werd daarom veranderd in het (Grote) Gasthuis. Vanaf 1575 deed het Gasthuis tevens dienst als front- en militair hospitaal. Door deze ontwikkeling was een uitbreiding van het gebouw, personeel, aantal chirurgijnen en de inkomsten noodzakelijk. Dit laatste gebeurde met name door subsidies van de stedelijke en gewestelijke overheden. Hierdoor ontwikkelde het Gasthuis zich steeds meer tot een semi- overheidsinstelling, hoewel het in naam een burgerlijke instelling van liefdadigheid bleef. Vanaf 1762 werd tevens een stadsapotheek aan de instelling verbonden om de leverantie van medicijnen goedkoper en doelmatiger te laten verlopen. Gedurende de Franse tijd vonden er grote veranderingen plaats. De financiële situatie verslechterde door de tiërcering, waarbij de verschuldigde rente van de staatsobligaties tot een derde werd teruggebracht, zienderogen. Dit leidde ertoe, dat de regenten in oktober 1812 collectief aftraden uit vrees om voor de tekorten persoonlijk aansprakelijk te worden gesteld. In januari 1817 kon pas weer een nieuw college worden geïnstalleerd. In de tussenliggende jaren moest de secretaris-rentmeester dus alleen het financiële beheer en de directie voeren. De financiële toestand bleef echter na 1817 slecht, zodat een beperking van het aantal verpleegden tot circa 35 noodzakelijk was. Kraamvrouwen, kinderen en ongeneeslijk zieken werden niet meer toegelaten. Slechts bij epidemieën werd het aantal patiënten dat werd opgenomen, vergroot of werd er, zoals in 1866, een apart choleraziekenhuis aan de Vriesestraat ingericht. Dit ziekenhuis was alleen bestemd voor choleralijders en werd reeds na enige maanden weer opgeheven.

Aangezien het oude, ondoelmatige en vervallen ziekenhuiscomplex steeds minder aan de eisen van moderne verpleging voldeed, besloot de Gemeenteraad in 1875 tot nieuwbouw en wel op de Schuttersweide, het latere Beverwijcksplein. Het nieuwe complex werd op 6 augustus 1877 in gebruik genomen. De instelling bezat op dat moment reeds de naam van Gast- of ziekenhuis. Door de financiering van de nieuwbouw en de jaarlijks toenemende geldelijke steun nam de invloed van de Gemeenteraad op het bestuur en beheer snel toe. Hoewel ze reeds de vijf leden van het College van regenten benoemde, werd thans bepaald dat er van de leden één uit het College van burgemeester en wethouders en twee uit de Gemeenteraad moesten komen. Rond 1910 bleek, dat de nieuwbouw van 1877 al weer verouderd was. In 1917 werd daarom besloten om een nieuw, groter ziekenhuis te laten bouwen aan de Bankastraat. Dit gebouw was in 1920 gereed, zodat er nu ook weer kinderen konden worden opgenomen. Een poging in de jaren twintig om het Gast- of ziekenhuis om te zetten in een gemeenteziekenhuis mislukte door het verzet van de Gemeenteraad. Ze vreesde voor een nog grotere financiële belasting. Door de crisis waren vergaande bezuinigingen noodzakelijk, hoewel er geregeld uitbreidingen van het gebouw konden worden gerealiseerd. De Tweede Wereldoorlog bemoeilijkte de situatie nog verder. Grote groepen gewonde burgers en soldaten moesten worden verpleegd. In 1944 werd als een dependance een hulpziekenhuis in de M.T.S. aan de Oranjelaan ingericht voor het geval dat het aantal oorlogsslachtoffers door luchtaanvallen weer zou toenemen. Het zou echter tot 1947 blijven bestaan.

In april 1957 werd de naam Gast- of ziekenhuis veranderd in die van Gemeenteziekenhuis. Het zou echter nog tot 1967 duren, voordat het Gemeenteziekenhuis zou worden omgezet in een gemeentelijke tak van dienst. In januari 1970 volgde een fusie met de Vereniging voor de ziekenverpleging en in 1984 een gemeenschappelijke regeling met het streekziekenhuis te Sliedrecht. Hierdoor veranderde de naam in die van Merwedeziekenhuis. In 1990 werd bovendien door het ziekenhuis opnieuw een nieuw gebouw aan de Karel Lotsijweg betrokken.

Het Heilig sacramentsgasthuis werd bestuurd door een college van vier regenten, de zogenaamde gasthuismeesters of buitenvaders. Ze werden door het Gerecht, uit eigen kring en de Oudraad, benoemd. Een eerste vermelding van het College van regenten komt reeds in 1384 voor. De regenten hadden het toezicht op de algemene, dagelijkse gang van zaken. Rond 1805 werd het college uitgebreid tot vijf man en in 1921 zelfs tot zeven. De regenten werden voor vijf, sedert 1921 voor zeven jaar door de Gemeenteraad benoemd en waren direct herkiesbaar. In 1957 werd de naam College van regenten veranderd in die van het bestuur van het Gemeenteziekenhuis. Het toezicht op de huishouding, de keukenmoeder en het overige huishoudelijke personeel berustte sinds het begin van de 16e eeuw bij de vier regentessen, echtgenoten van de leden van de magistraat, die ook wel gasthuisvrouwen of buitenmoeders werden genoemd. Ze waren bij de uitoefening van hun toezicht in een voortdurende competentiestrijd gewikkeld met de pastoor, die aan het Sacramentsgasthuis was verbonden. Dit veranderde rond 1550 toen de pastoor zich alleen nog maar met geestelijke en administratieve zaken mocht bemoeien.

Na de Reformatie verdween de functie van pastoor helemaal en werden zijn taken verdeeld over een ziekentrooster van de Waalse Gemeente, die de kapel van het Gasthuis tot haar beschikking kreeg, een rentmeester, een binnenvader en ziekenmoeder. De rentmeester kreeg het toezicht op het financiële beheer en voerde de administratie over de bezittingen. Bovendien werd hij belast met het opstellen van de notulen van de vergaderingen van het College van regenten en de zorg voor het archief. Daarnaast stelde de rentmeester, die later de titel droeg van secretaris- rentmeester, jaarlijks de rekening op die door de regenten en twee schepenen moest worden goedgekeurd. Vanaf de 19e eeuw gebeurde het afhoren door de Gemeenteraad. De binnenvader, na 1875 ook wel huismeester genoemd, bezat het toezicht over de ziekenmoeder en het huishoudelijke personeel. Daarnaast voerde hij de administratie, ook de financiële van de huishouding, verpleging, pandponden en renten. De binnenvader was direct verantwoording schuldig aan het College van regenten. De ziekenmoeder, meestal de echtgenote van de binnenvader, was wat betreft de leveranties van levensmiddelen, verantwoording schuldig aan de regentessen. Voor het overige stond ze onder het toezicht van de binnenvader. Frictie tussen de regentessen en de binnenvader kwam door de slecht afgebakende verantwoordelijkheden dan ook geregeld voor. De spanningen bereikten hun hoogtepunt in 1892 toen de regentessen, na een aanklacht over het wanbeheer van de binnenvader, collectief hun ontslag indienden. De Gemeenteraad hief dit eeuwenoude instituut toen gelijk maar op.

Door de nieuwbouw van 1877 en de veranderende medische en organisatorische inzichten vond er in 1885 een reorganisatie van de medische dienst plaats. Er kwam een hoofd van de geneeskundige dienst, die het medische beleid bepaalde. In 1904 volgde een reorganisatie van de huishoudelijke dienst. De functies van binnenvader en ziekenmoeder werden opgeheven. Hun taken werden overgedragen aan een adjunct-directrice die rechtstreeks verantwoording schuldig was aan een nieuwe functionaris, de geneesheer-directeur. Ze stond hierdoor aan het hoofd van de huishouding en verpleging. De geneesheer-directeur had dus slechts in naam de leiding over de huishouding, verpleging en medische behandeling. In 1926 kreeg hij tevens de verantwoordelijkheid over het financiële beheer en de administratie. De functie van secretaris-rentmeester werd opgeheven. Zijn taken werden toevertrouwd aan een administratief ambtenaar.

De stadsapotheek werd in juli 1762 naar aanleiding van een voorstel van het College van regenten door de Oudraad gesticht. De bouw en inrichting, waaronder een laboratorium, werden bekostigd uit een door het Gasthuis verstrekte lening. Het doel van de stadsapotheek was de vervaardiging en verstrekking van medicijnen aan de vier Dordtse godshuizen, die hiervoor geld in een apart fonds moesten storten en de armen van de Diaconie. Het financiële beheer berustte bij een administrateur. Deze functie werd uitgeoefend door de secretaris-rentmeester van het Gast- of ziekenhuis. De stadsapotheek werd beheerd door een apotheker, die door het College van regenten werd benoemd. Deze werd geassisteerd door een leerling. Beiden bezaten vrije kost en inwoning in het Gasthuis. De stadsapotheker stond tot het einde van de 19e eeuw onder het toezicht van de stadsdoctoren. Na 1904 was hij verantwoording schuldig aan de geneesheer-directeur. Hiermede werd een verdere integratie van de apotheek in het Gast- of ziekenhuis een feit. Desalniettemin is er tot op dit moment nog altijd een stadsapotheek aan het ziekenhuis verbonden.