Direct na de omwenteling van 1795 werden er door individuele medici plannen beraamd voor een geneeskundige staatsregeling.
Hun voorstellen werden niet terstond gerealiseerd, maar hadden wel tot gevolg, dat sinds 1798 de volksgezondheid als een taak van het centrale landsbestuur gezien werd *  .

Het terrein van de "geneeskundige staatsregeling" viel onder het agentschap van Nationale Opvoeding. De leiding van dit departement kwam in 1799 te berusten bij de gematigd patriotse hoogleraar J.H. van der Palm. Samen met de medicus dr. J. van Heekeren, zijn ondergeschikte op het departement, bracht hij in 1804 de eerste "gezondheidswet" tot stand onder de titel "Verordeningen omtrent het Geneeskundig onderzoek en toevoorzigt binnen de Bataafse Republiek". Op grond van deze wet werden er provinciale en plaatselijke commissies opgericht. Plaatselijke commissies moesten er alleen komen in gemeenten waar vier of meer artsen praktiseerden; het gemeentebestuur behoorde de commissies op te richten. Overigens was de band van de commissies met het plaatselijk bestuur zwak, hetgeen ook gold voor de relaties van de plaatselijke met de departementale commissie.
Met het oog op de bloei van de geneeskunde werd onderlinge correspondentie aanbevolen. Slechts verplicht was de melding bij de provinciale commissie van het zich voordoen van epidemische ziekten.
De commissoriale vorm en de vrijblijvende organisatie heeft later tot kritiek geleid. Toch was de keuze voor dit model in de Bataafse tijd wel begrijpelijk, daar de plaatselijke commissies bedoeld waren als een pleister op de wonde voor het afschaffen van de gilde-organisaties *  .

Tot de taken van de plaatselijke commissies behoorden:
- het toezicht houden over alle takken van de geneeskunde
- het helpen handhaven van algemene en plaatselijke wetten en voorschriften
- het adviseren van de gemeentebesturen bij de bestrijding van epidemische ziekten
- het toezicht op het plaatselijk geneeskundig onderwijs.
Allen, die op enigerlei wijze in het medisch en farmaceutisch veld werkzaam waren, dienden bij de plaatselijke commissie ingeschreven te staan, voor welke registratie een contributie geheven mocht worden.
Tot de taak van de provinciale commissies behoorde ondermeer het afnemen van examens op grond waarvan geneeskundigen en apothekers de praktijk mochten uitoefenen.
In de Franse Tijd (1811-1813) werd de Nederlandse volksgezondheidswetgeving door de Franse vervangen, waardoor de plaatselijke commissies van het terrein verdwenen. Maar al op 29 januari 1814 werd de oude situatie hersteld en in 1818 bevestigd. Sinds dat jaar kwam er voor de plaatselijke commissies een lichte verplichting bij, nl. het indienen van een jaarverslag bij de provinciale geneeskundige commissie.
In de loop van de 19e eeuw nam de kritiek op het geneeskundig staatsbestel toe. Veel commissies maakten een te weinig aktieve indruk, het departement fungeerde niet als aangever van initiatieven, de contrôle van collega's op collega's bleek verre van effectief. Zo ontstond in de jaren 1840 de idee van de geneeskundige staatsinspectie, maar het duurde tot 1865 alvorens een meer ambtelijk toezicht het stelsel der commissies verving.

dr. C.J. Themmen, 1794-1888, arts te Deventer en lid van de plaatselijke Commissie voor geneeskundig onderzoek en toevoorzigt.

Hoe lag de situatie nu te Deventer?
Op 21 december 1804 behandelde het stadsbestuur een brief van de provinciale geneeskundige commissie *  . Daarin werd de aandacht gevestigd op het feit, dat Deventer in aanmerking kwam voor een plaatselijke commissie. Deze lokale commissie voor geneeskundig onderzoek en toevoorzigt werd door het stadsbestuur op 8 januari 1805 ingesteld. Tot leden werden benoemd de lektor aan het Athenaeum R. Heijligers, de geneeskundige doctoren J. Themmen, B.W.P. Ammon en G. Home, de chirurgijn H. Hendriks en de apotheker Th. Kroon *  .
De commissie kwam op 19 januari 1805 voor het eerst bijeen en stelde in haar tweede vergadering van 13 februari 1805 een reglement van orde vast, dat zich meer bezig hield met de organisatie van de vergaderingen dan met de taak van de commissie *  . Ten gevolge van de invoering van de Franse wetten werden de werkzaamheden in het voorjaar 1812 gestaakt, maar weer direct hervat na een aanschrijving van de provinciale geneeskundige commissie van 7 april 1814.
De wetgeving van 1818 heeft voor de Deventer commissie weinig gevolgen gehad. Sinds 1816 werd er al een jaarverslag naar de provinciale geneeskundige commissie gezonden. Wel stelde de Deventer commissie een nieuw reglement op, dat werd goedgekeurd door de provinciale commissie en de gemeenteraad; dat stuk is hierachter als een bijlage afgedrukt *  .

Hoewel de algemene kwalen, die aan de commissie kleefden, zich op den duur ook te Deventer zullen hebben doen gelden, had het functioneren van de commissie ook positieve kanten. Het optreden tegen onbevoegd uitoefenen van de geneeskunde, de bestrijding van epidemische ziekten en de bevordering van de koepokinenting behoren tot de aandachtsvelden van de Deventer commissie en hebben hun neerslag gevonden in de door de commissie nagelaten archivalia. Dat het gemeentebestuur van Deventer uiteindelijk ook waarde hechtte aan het werk van de geneeskundige commissie blijkt uit de oprichting van een nieuwe, niet wettelijk verplichte, gezondheidscommissie in 1866. Ten gevolge van de invoering van een nieuwe gezondheidswetgeving, werd de oude commissie door de gemeenteraad bij besluit van 27 november 1865 van haar taak ontheven *  .

Het is niet bekend, wanneer het archief van de geneeskundige commissie aan de gemeentearchivaris is overgedragen. Uit het reglement van 1818 blijkt, dat de commissie aanspraak maakte op vergaderruimte in het stadhuis. Wellicht is het archief na de opheffing der commissie ten stadhuize blijven berusten en na verloop van tijd via de gemeentesecretaris bij de archivaris beland. Het archief is summier beschreven in de inventaris van W. Klaasen over de Deventer archieven van 1814-1930 *  . Het bij Klaasen nog ontbrekende deel van de notulen van de commissie van 1823-1841 is in 1976 aangetroffen in het archief van het departement Deventer van de Kon. Mij. tot bevordering der Geneeskunst. Het notulenregister van na 1852 blijft nog zoek. Ondanks dat gemis levert het archief van de Commissie voor geneeskundig onderzoek en toevoorzigt een goed uitgangspunt voor het onderzoek naar de geschiedenis van de volksgezondheid en de gezondheidszorg in Deventer in de eerste helft van de 19de eeuw.