Het archief van deputaten werd in 1927 ondergebracht bij het bureau voor de Jodenzending, waar het in combinatie met de bibliotheek een gewenste bron van inlichtingen vormde. Door de eerste administrateur, B. Veldhuis Kroeze, vanaf 1948 door A. Holvast, werd het archief bijgehouden en beschreven. Het bureau vond in 1957 onderdak in het Zendingscentrum te Baarn. De archivaris van de Gereformeerde Kerken in Nederland stelde in 1959 voor om het archief in de synodale archiefbewaarplaats onder te brengen. Ondanks krachtige bijval van prof. dr. D. Nauta volgde de synode het commissieadvies: het archief in de archiefruimte van het Zendingcentrum te bewaren.

In 1976 verhuisde het archief mee naar het nieuwe Dienstencentrum GKN in Leusden, waar het een plaats kreeg in het centrale archiefdepot en onder beheer kwam van de landelijke archivaris. Ds. M. Schenkeveld maakte in hetzelfde jaar een plaatsingslijst van de stukken tot en met ca. 1970. Van de in 1986 door het bureau overgedragen stukken werd door P. van Beek een plaatsingslijst gemaakt. De hierna volgende inventaris beschrijft alle overgedragen stukken tot en met 1986. Deze cesuur kan worden verklaard door de invoering van een nieuwe archiefcode voor het Bureau Kerk en Israël in 1986.

In archivistisch opzicht was er iets voor te zeggen geweest de stukken van vóór 1892 te beschrijven in een afzonderlijke inventaris van de Commissie voor de zending onder Israël der Christelijke Gereformeerde Kerk. Gezien echter de geringe hoeveelheid is er voor gekozen deze bescheiden onder te brengen in de inventaris van het archief van het deputaatschap, als directe taakopvolger. Omdat een oude orde ontbrak, is gekozen voor de gangbare indeling, die onderscheid maakt tussen Stukken van algemene aard (waarin notulen en correspondentie) en stukken betreffende bijzondere onderwerpen Laatstgenoemde afdeling beschrijft eerst de stukken betreffende het functioneren van het deputaatschap, het bureau en de financiën. Hierna komt het plaatselijke en regionale werk van de (missionaire) predikanten in Nederland en België aan bod, gevolgd door de bescheiden aangaande het werk in Israël. In een vroegere plaatsingslijst waren stukken beschreven als archivalia van de zendende kerken, welke echter bij nader inzien de normale correspondentie van deputaten met de zendende kerken van 's-Gravenhage, Amsterdam, Rotterdam en Brussel-Antwerpen bevatten en in deze rubriek konden worden opgenomen.

Buitengewone werkzaamheden kort voor en tijdens de Duitse bezetting rechtvaardigden een rubriek 'Werkzaamheden ten aanzien van vervolgde joden'. Daarna volgen rubrieken die verband houden met de bezinning op de eigen zendingstaak en de verhouding van de kerk met het volk en de staat Israël. Op de rubrieken Lectuurvoorziening en publiciteit en Theologisch onderwijs volgen een aantal externe contacten met messiasbelijdende joden, joodse kerkgenootschappen en instellingen, en andere corporaties of particulieren die zich bezig houden met zending onder de joden c.q. de relatie Kerk en Israël. De ingrijpende wijziging van werkzaamheden (van 'zending' naar 'gestalte geven aan de onopgeefbare verbondenheid') is niet met een jaartal aan te geven. Deze omstandigheid bemoeilijkte soms het vinden van geschikte rubrieksaanduidingen die beide elementen konden overspannen.

De afdeling documentatie bevat een verzameling traktaten, alle tijdschriften die onder (mede-) verantwoordelijkheid van deputaten zijn verschenen, twee waardevolle knipselverzamelingen en enkele resterende stukken, te nauw verwant om buiten het archief te laten. Een aantal stukken werd geïdentificeerd als behorend tot de persoonlijke en ambtelijke bescheiden van ds. J. van Nes. Deze stukken werden als gedeponeerd archief opgenomen. Een collectie jaargangen van periodieken op het gebied van Jodendom en Zending onder de Joden, afkomstig uit de bibliotheek van het deputaatschap, werd als verzameling tijdschriften opgenomen.

Enkele notulenboeken van de Haagse knapenvereniging Gideon (1933-1937) werden overgebracht naar het gemeentearchief te 's-Gravenhage als aanvulling bij de archieven van de Gereformeerde Kerk aldaar. Een drietal dossiers met betrekking tot de Tweede Wereldoorlog bleken te behoren tot het archief van deputaten voor de Correspondentie met de Hoge Overheid en werden daarin teruggeplaatst.

De bijlagen bestaan uit een lijst van deputaten en adviseurs, verzamelde biografische gegevens van medewerkers, specificaties van verspreide traktaten en van de thematisch geordende knipselverzameling. Het archief heeft een omvang van 13 strekkende meter.