Voor de bezoeker is het raadplegen van de O.B.C.-archieven via Bruggemans inventaris niet eenvoudig. In de eerste plaats is het fonds zeer omvangrijk en onoverzichtelijk. Een tweede nadeel is, dat de onderzoeker zowel de gedrukte inventaris van 1928 als het supplement van 1944 moet raadplegen. Het laatste bevat talloze doorhalingen en aanvullingen, die evenmin het zoeken vergemakkelijken *  Een derde obstakel is Bruggemans wijze van inventariseren, die in zijn tijd al afweek van de gangbare eisen. Per persoon bracht hij alle stukken onder in drie afdelingen: 'Ingekomen stukken', 'Minuten van uitgaande stukken' en 'Kopieën'. Bij de hier beschreven archieven vormde hij geen rubrieken binnen de afdelingen, iets wat hij bij de zeventiende- eeuwse archivalia wel had gedaan. Per afdeling rangschikte hij de stukken chronologisch, welke ordening soms, vooral in grote pakken, geheel door elkaar was geraakt. Het was in de aldus geordende archieven niet eenvoudig stukken betreffende een bepaald onderwerp op te sporen.

Herinventarisatie was om al deze redenen gewenst. Besloten werd om het O.B.C.-fonds op te delen naar de verschillende archiefvormers, en de aldus gescheiden archieven apart te bewerken. Deze inventaris is het resultaat van het eerste gedeelte van deze operatie: de herinventarisatie van de archieven van de aartsbisschoppen van Utrecht 1723-1873, aangevuld met de inventarisatie van de archieven van hun opvolgers, 1875-1937. Met opzet spreken wij van archieven, aangezien er geen aanwijzingen zijn dat zij, tot 1875, ooit zijn gevormd of behandeld als het doorlopende archief van een instelling *  Zij dragen, zoals ook Bruggeman al opmerkte, het karakter van persoonlijke archieven * 

Bij de herinventarisatie is dan ook besloten, de ordening per persoon te handhaven. Wel zijn enkele correcties aangebracht. De stukken die door Bruggeman niet bij de juiste aartsbisschop waren geplaatst, zijn daarnaar teruggebracht. Tevens konden de meeste anonymi onder de correspondenten door vergelijking van handschriften of op grond van de inhoud der stukken worden geïdentificeerd.

Hoe de ordening per aartsbisschop bij de archiefvorming geweest is, valt niet meer na te gaan. Volgens Bruggeman trof hij de archieven in een staat van wanorde aan *  Vóór hem zijn de stukken al door vele handen gegaan; uit de aantekeningen en de nummeringen op de stukken, door Dupac de Bellegarde en anderen aangebracht, kan echter geen eenduidige oude orde worden gereconstrueerd. Herstel daarvan (zo deze er al ooit was) was dus ondoenlijk. Daarom is bij herinventarisatie vooral uitgegaan van praktische overwegingen.

Per aartsbisschop zijn de stukken onderverdeeld in 'ambtelijke stukken' en 'persoonlijke stukken'. Onder 'ambtelijke stukken' zijn die stukken beschreven die voortkwamen uit het episcopaat van de betreffende persoon; onder de 'persoonlijke stukken' zijn alleen die stukken geplaatst die daar geen betrekking op hadden. Daarbij is omwille van de bijzondere functie van bepaalde stukken soms afgeweken van de theorie van de archivistiek. Zo horen de akten van verkiezing en wijding bijvoorbeeld strikt genomen tot de persoonlijke stukken. Aangezien bij de Kerk van Utrecht echter de verkiezing en wijding van een aartsbisschop zo'n cruciale kwestie was, is daar een aparte rubriek aan gewijd, waarin volledigheidshalve ook de verkiezings- en wijdingsakten ondergebracht zijn.

De ambtelijke stukken zijn onderverdeeld in 'Stukken van algemene aard' en 'Stukken betreffende bijzondere onderwerpen'. Onder de 'Stukken van algemene aard' zijn de ingekomen en minuten van uitgaande brieven alfabetisch geordend op naam van de afzender of geadresseerde. Hiervoor werd gekozen omdat de chronologische ordening door Bruggeman in de praktijk niet bleek te voldoen * 

De 'Stukken betreffende bijzondere onderwerpen' zijn zoveel mogelijk tot dossiers gevormd en ondergebracht in rubrieken. De hoofdindeling van deze afdeling is naar de organisatie van het aarts- bisdom en de taakonderdelen van de aartsbisschop. De eerste rubriek, 'Organisatie', bevat alle stukken die het bestuur door de aartsbisschop als zodanig betreffen.

De stukken die werden ontvangen of opgemaakt uit hoofde van de taken, voortkomend uit de potestas iurisdictionis, de bestuursmacht, zijn vervolgens in de rubriek 'Bestuur' ondergebracht, terwijl de uit de potestas ordinis, de wijdingsbevoegdheid voortvloeiende stukken in de rubriek 'Verrichting van wijdingen' zijn geplaatst. Bij enkele bisschoppen komen ook nog stukken voor die hun toezicht op de kerkleer en de liturgie betreffen en/of de zielzorg, die zij direct uitoefenden. Daarvoor zijn aparte rubriekjes ingericht.

Bestuur van kerkprovincie en van aartsbisdom zijn niet van elkaar gescheiden, aangezien er geen aanwijzingen zijn, dat de aartsbisschoppen zelf een dergelijk onderscheid maakten, en omdat dat bovendien een versnippering in vele kleine rubriekjes zou betekenen.

Na 1875 verliest het aartsbisschoppelijk archief zijn persoonlijk karakter en wordt het veel meer het archief van een instelling. De aartsbisschoppen Heykamp, Gul en Kenninck gebruikten een eenvoudig alfabetisch-systematisch rubriekenstelsel, waarbij de rubrieken over de hele periode 1875- 1937 bleven doorlopen. Bij de inventarisatie zijn deze rubrieken intakt gelaten. De systematiek is, waar nodig, sluitend gemaakt, en zoveel mogelijk analoog aan de indeling die bij hun voorgangers gebruikt is. Enkele rubrieken (bijv. nrs. 595, 635) liepen door tot na 1937. Blijkbaar werden deze tijdens het episcopaat van Andreas Rinkel (1937-1970) aangevuld en niet bij diens eigen archief bewaard; daarom werd dit zo gelaten.

Voor de archieven van de bisschoppen van Deventer tot 1941 bestond een plaatsingslijst van de hand van Bruggeman. Hij had hierbij hetzelfde ordeningsprincipe gehanteerd als in de inventaris van de O.B.C. en de stukken per bisschop onderverdeeld in 'Ingekomen stukken', 'Minuten van uitgaande stukken' en 'Kopieën'. De orde van deze in grote pakken bijeengebrachte stukken was vaak door elkaar geraakt. Dit was een van de redenen waarom tot herinventarisatie werd besloten.

Ook de archieven van de bisschoppen van Deventer zijn te beschouwen als persoonlijke archieven. Dit ligt des te meer voor de hand, daar het om bisschopen ging zonder eigenlijk diocees, vergelijkbaar met het instituut van de titulair bisschop in partibus infidelium. Bij de indeling van de archieven is uitgegaan van hetzelfde criterium dat is toegepast op de aartsbisschoppelijke archieven: een verdeling in ambtelijke en persoonlijke stukken. Onder 'Andere functies' zijn die stukken ondergebracht, die betrekking hebben op overige ambten, door de persoon in kwestie vóór of tijdens zijn ambtsperiode bekleed. Hoewel deze strikt genomen gerekend kunnen worden tot de persoonlijke stukken, zijn zij in een afzonderlijke rubriek ondergebracht, daar deze functies in een aantal gevallen voortvloeiden uit het bisschopsambt en zich meestal uitstrekten tot de kerkelijke en religieuze levenssfeer.

De ingekomen en minuten van uitgaande stukken zijn over het algemeen alfabetisch en daarbinnen chronologisch geordend. In twee gevallen is daarvan afgeweken. Johannes Hermanus Berends (1929-1941) had op zijn correspondentie een agenda aangelegd. Het had weinig zin om deze aangetroffen orde te verstoren voor een andere ordeningswijze, daar het opzoeken van de stukken via de agenda op eenvoudige wijze kan geschieden. Van de uitgebreide correspondentie van Engelbertus Lagerwey (1941-1959) is de door hemzelf aangebrachte orde intact gelaten om dezelfde redenen. Lagerwey heeft met die ordening al een aanvang gemaakt ver vóór zijn bisschopswijding. De ingekomen brieven heeft hij eerst alfabetisch en vervolgens chronologisch gerangschikt, zijn uitgaande brieven daarentegen zuiver chronologisch. Dit laatste is zo gelaten, omdat de hoeveelheid werk om dit alfabetisch te herordenen niet opwoog tegen het extra gemak dat de onderzoeker er van zou hebben. Het is bovendien vrij eenvoudig om, aan de hand van de datum van de ingekomen brieven, die wel alfabetisch geordend zijn, de minuten van de antwoorden hierop terug te vinden.

Wel is de briefwisseling van Lagerwey met de verschillende oud-katholieke instellingen, zoals vereningingen en fondsen, uit de algemene correspondentie afgezonderd en onder de desbetreffende hoofdjes van de rubriek 'Episcopaat' ondergebracht. Het belang van het oud-katholieke vereningingsleven en van Lagerwey's bemoeienissen daarmee komt daardoor beter tot zijn recht.