De Gemeentelijke H.B.S. voor Meisjes aan de Wittevrouwenkade, die in 1875 opgericht was, moest als gevolg van de Mammoetwet (1963) gereorganiseerd worden. In het cursusjaar 1966/67 deden de eerste jongens hun intrede in het M.M.S.-gebouw. De naam van de school werd per 15 augustus 1966 veranderd in: Gemeentelijke H.B.S.-B met 6-jarige cursus en afdeling M.M.S.

De leerlingen die in 1966/67 het eerste leerjaar (de onderbouw) gevolgd hadden, konden daarna kiezen tussen H.B.S.-B en HAVO. De school was namelijk per 1 augustus 1967 aangewezen als experimenteerschool. Dat betekende, dat het eerste leerjaar van de cursus 1967/68 een brugjaar Atheneum/HAVO zou worden en dat een tweede leerjaar HAVO gevormd werd in plaats van een tweede leerjaar M.M.S. In verband daarmee werd de naam van de school gewijzigd in: Gemeentelijk Atheneum met afdelingen HAVO, H.B.S. en M.M.S. Met het oog op de geplande overdracht van de Rijks H.B.S. aan de gemeente Utrecht per 1 augustus 1968 werd al samengewerkt met de docenten van die school: de Rijks H.B.S. liet voor 1967/68 geen nieuwe leerlingen toe tot het eerste leerjaar en de leerlingen van de brugklas werden over beide gebouwen verdeeld.

Met ingang van 1 augustus 1968 werd de school samengevoegd met de voormalige Rijks H.B.S. aan de Kruisstraat. Beide schoolgebouwen bleven in gebruik, al ging men ervan uit, dat er een nieuw gebouw zou komen. De naam van de school werd gewijzigd in: Gemeentelijk Atheneum en School voor HAVO. In 1968/69 waren aan de school naast de brugklassen de volgende opleidingen verbonden:
- Atheneum, leerjaar 2;
- HAVO, leerjaren 2 en 3;
- H.B.S.-A en H.B.S.-B met 5-jarige cursus, leerjaren 2 t/m 5;
- H.B.S.-B met 6-jarige cursus, leerjaren 3 t/m 6;
- M.M.S. met 5-jarige cursus, leerjaren 4 en 5.
De opleidingen H.B.S. en M.M.S. werden afgebouwd; in 1970 vonden de laatste M.M.S.-examens plaats en in 1973 de laatste H.B.S.-examens.

De nieuwe school ging een roerige tijd tegemoet. Er ontstonden al snel wrijvingen tussen leerlingen en schoolleiding. Het was nu eenmaal de tijd van democratisering en de leerlingen vonden dat van hun suggesties voor veranderingen nauwelijks notitie werd genomen. Er werd een "Aksiegroep 52" in het leven geroepen, die onder meer de volgende eisen stelde: openstelling van de schoolgebouwen tijdens de pauzes, openbaarheid van de lerarenvergaderingen en het instellen van een orgaan waarin alle geledingen van de school vertegenwoordigd zouden zijn en dat de grondlijnen van het beleid zou bepalen. In 1969-1970 werd een alternatieve schoolkrant, "Bulletje", verspreid, waarin de leerlingen werden aangezet tot actie. Een en ander leidde op 12 maart 1970 zelfs tot een protestmars van leerlingen van de Kruisstraat naar het schoolgebouw aan de Wittevrouwenkade, waar de hal werd bezet. De politie moest eraan te pas komen om het gebouw te ontruimen.

Op 19 maart 1970 werd over de kwestie gedebatteerd in een extra raadsvergadering. Er werd besloten een aantal maatregelen te treffen, waaronder het instellen van een onderzoek naar de problemen en de installatie van een experimenteel schoolparlement. De conflicten waren hiermee echter niet opgelost. Het rapport dat naar aanleiding van het onderzoek door de Commissie-Van Dam verscheen, wekte veel kritiek en het proefparlement mislukte. Uiteindelijk leidden de rellen tot het vertrek van rector T.P. Hut en conrector M.H.J. Köster; beiden namen per 1 augustus 1971 na een jaar ziekteverlof ontslag, omdat zij naar hun oordeel door B. en W. te weinig gesteund waren.

Nadat het rectoraat enkele jaren was waargenomen door conrector J. Pieké, werd in mei 1972 A.J. Mulder benoemd tot rector. De school leek in rustiger vaarwater te zijn gekomen, maar na enkele jaren was er opnieuw een rel. De rector werd verweten een reactionair en autoritair beleid te voeren en er ontstond een conflict tussen hem en het merendeel van de docenten, waarbij ook leerlingen en ouders betrokken raakten. Er werd in 1977 een Initiatiefgroep "Verontruste ouders" opgericht en 500 leerlingen ondertekenden een petitie, waarin het ontslag van de rector geëist werd. Om de eis kracht bij te zetten, werd in de nacht van 23 op 24 mei 1977 het schoolgebouw aan de Wittevrouwenkade bezet door 40 leerlingen. Op 6 juni 1977 ging de rector met buitengewoon verlof en hij kreeg per 1 augustus 1978 ontslag. Het conflict had ook het vertrek van een aantal leraren tot gevolg. G.J. Erdtsieck, rector van de Openbare Scholengemeenschap "H. v.d. Vlist", trad in 1977/78 op als waarnemend rector. Op 1 augustus 1978 werd R. Schoufour waarnemend rector en een jaar later volgde zijn benoeming tot rector.

Inmiddels was de naam van de school weer gewijzigd. In verband met de fusie met de Willem de Zwijgerschool voor MAVO per 1 augustus 1976 ontstond er een nieuwe scholengemeenschap, die de volgende naam kreeg: "Traiectum College, Gemeentelijke Scholengemeenschap voor Atheneum, HAVO en MAVO". De Willem de Zwijgerschool was reeds op 1 augustus 1975 verhuisd van het Janskerkhof naar de Wittevrouwenkade.

De nieuwe scholengemeenschap was geen lang leven beschoren. In verband met de terugloop van het aantal leerlingen en de vestiging van een scholengemeenschap voor voortgezet onderwijs in Nieuwegein, wilden B. en W. de school opheffen. Op 27 november 1979 togen leerlingen en docenten naar het stadhuis om aan de wethouder van onderwijs, C. Pot, handtekeningen aan te bieden. Het mocht niet baten: in de nacht van 20 december besloot de gemeenteraad na een debat van 5½ uur zich uit te spreken vóór het voorstel van B. en W. om de school per 31 juli 1981 te sluiten. De bestaande klassen werden afgebouwd en de resterende docenten werden per 1 augustus 1981 ontslagen.