Op 30 september 1619 kwamen 38 remonstrantse predikanten die kort te voren waren verbannen uit de Republiek der Verenigde Nederlanden, bijeen te Antwerpen. In de daaropvolgende dagen werd besloten tot stichting van de Remonstrantse Broederschap. Na jarenlange strijd tussen remonstranten en contra- remonstranten binnen de gereformeerde kerk wist de orthodoxie te overwinnen op de synode van Dordrecht in 1618-1619. De remonstranten werden uit de kerk gezet en vele predikanten werden verbannen. Deze laatsten vormden nu een broederschap van predikanten met als doel de verlaten gemeenten in de Nederlanden toch zo goed mogelijk te blijven bedienen. Drie reeds uit voorgaande jaren bekende leiders werden aangewezen als directie, namelijk Johannes Uytenbogaert, Simon Episcopius en Nicolaas Grevinckhoven. In 1621 liep het Twaalfjarig bestand af en bevonden de remonstranten in Antwerpen zich in vijandelijk gebied. De drie leiders vertrokken naar Frankrijk, terwijl er drie zogenaamde "binnen"-directeuren in Antwerpen achterbleven om het contact te onderhouden met de gemeenten. Een aantal remonstranten trok in deze tijd oostwaarts, waar hertog Frederik III van Sleeswijk-Holstein hun grond had aangeboden voor de stichting van een stad. Het resultaat was de stichting van Frederikstad aan de Eider-pas veel later Friedrichstadt genaamd-geheel in Hollandse stijl gebouwd en bedoeld om als havenstad te concurreren met de steden in Holland. Dit laatste is niet in vervulling gegaan, maar tot op heden kent het stadje een remonstrantse gemeente.

Na de dood van stadhouder Maurits in 1625 brak er een gunstiger periode aan voor de remonstranten. In 1626 konden Uytenbogaert en Episcopius naar Rotterdam terugkeren, hoewel de remonstrantse kerk nog niet openlijk erkend werd. Pas vier jaar later, op 6 april 1630 vindt weer een Algemene Vergadering van remonstrantse predikanten plaats. Op de Algemene Vergadering van een jaar later neemt de organisatie van de Broederschap vastere vormen aan. Deze vindt haar uiteindelijk beslag in de kerkorde van 1633, opgesteld door Uytenbogaert. Hierin werden liturgische zaken als belijdenis en bediening van de doop en avondmaal geregeld, naast bestuurlijke zaken. De dagelijkse leiding kwam te berusten bij een college van zeven directeuren; de Algemene Vergadering werd het hoogste gezagsorgaan. Het bestaan van een opleidingsmogelijkheid voor remonstrantse predikanten was van belang voor het voortbestaan van de Broederschap. In 1634 was het zover en werd te Amsterdam een seminarium gesticht onder leiding van Simon Episcopius *  .

In de volgende jaren nam de vervolging nog verder af. Binnen de Broederschap ontstonden nu interne moeilijkheden, onder andere onder invloed van de collegianten, die tegen elke vorm van kerkelijke organisatie waren. Als gevolg hiervan werd in 1655 een akte van verdraagzaamheid aangenomen. De Algemene Vergadering werd nu erkend als hoogste gezag in het geval van meningsverschillen, maar in principe bleef ieder individueel lid vrij in zijn geloof. De structuur van de Broederschap begint nu ook duidelijker vormen aan te nemen. In 1683 worden alle regels, die in voorgaande jaren zijn vastgelegd, bijeen gebracht in de Sociëteitswetten. Drie jaar later verschijnt van de hand van Philippus van Limborch, hoogleraar aan het remonstrants Seminarium, de eerste samenvattende remonstrantse geloofsleer, de Theologia Christiana. Onder leiding van Van Limborch groeide het Seminarium uit tot een intellectueel centrum met vele internationale contacten. De remonstrantse gemeenten bleven echter klein van omvang, en vooral in de 18e eeuw, de tijd van de Verlichting, was er sprake van een sterke daling van het aantal leden, zozeer dat een aantal gemeenten zelfs werd opgeheven. Verdraagzaamheid, vrijheid en rationalisme leidden tot vermindering van de betrokkenheid bij de Broederschap, terwijl juist het lidmaatschap van de gereformeerde kerk vele voordelen bood, speciaal voor hen die een maatschappelijke carrière begeerden. Tegen het eind van de 18e eeuw begon evenwel ook de positie van de gereformeerde kerk te wankelen. De patriotten, een democratische groepering, probeerden het staatsbestel van de Republiek te veranderen. Onder hen bevonden zich vele remonstranten en na hun nederlaag in 1787 moesten dan ook enkele remonstrantse predikanten vluchten. Een van hen was Adriaan Stolker, predikant van Schoonhoven, die in Brussel pogingen ondernam om de verschillende protestantse richtingen in één kerkverband te verenigen.

Dezelfde gedachte kwam tot uitdrukking in het voorstel tot de stichting van een algemeen christelijke kerk, dat de remonstranten voorlegden in de Nationale Vergadering van 1796. Slechts in Dokkum werd dit voorstel in de praktijk gebracht door het samengaan met de doopsgezinden in een verenigde christelijke gemeente. Inmiddels was met de komst van de Bataafse Republiek een einde gekomen aan de geprivilegieerde positie van de gereformeerde kerk. De remonstranten waren nu officieel erkend als volwaardig kerkgenootschap. Het ging echter slecht met de Broederschap; de financiële nood was vaak hoog in de gemeenten en er moesten speciale maatregelen ter verbetering hiervan worden genomen. Zo werd in 1801 een fonds ingesteld ter verbetering van de traktementen van predikanten en professoren. In 1811 kon zelfs geen Algemene Vergadering meer worden gehouden. Deze werd vervangen door een presidentiële tafel, die de lopende zaken probeerde af te handelen. Het Seminarium moest gesloten worden. De werkzaamheden van het in 1796 ingestelde dagelijkse bestuur, de Commissie tot behartiging der in- en uitwendige zaken van de Broederschap, in de wandeling meestal Sociëteitscommissie genoemd, gingen wel gewoon door. In 1814 verbeterde de situatie. De Broederschap kreeg nu steun van de staat, het Koninkrijk der Nederlanden. De Algemene Vergadering kwam weer bijeen en twee jaar later, in 1816 ging het Seminarium weer open.

Het ging langzaam weer bergopwaarts met de Broederschap, die zich in theologisch opzicht inmiddels duidelijk vrijzinnig had geprofileerd. Een nieuwe bloei kwam met de doorbraak van het modernisme in de tweede helft van de 19e eeuw, een richting die zich keerde tegen de orthodoxie en zich openstelde voor een geloof gebaseerd op een realistische, wetenschappelijke wereldbeschouwing. In 1872 werd besloten dat het Seminarium, dat in die tijd zeer weinig studenten telde, beter overgeplaatst kon worden naar Leiden, het centrum van de moderne theologie. De nieuwe hoogleraar werd C.P. Tiele, de grote voorvechter van een wetenschappelijke aanpak van de theologie en de godsdienstgeschiedenis. Vele vrijzinnige leden van de Hervormde Kerk traden nu toe tot de Broederschap en dit leidde tot de oprichting van een aantal nieuwe gemeenten, onder meer te Groningen, Arnhem, Lochem, Doesburg en Meppel. Er werden nieuwe kerken gebouwd, bijvoorbeeld te Rotterdam.

Rond 1900 treedt een kentering op in het modernisme. De Broederschap blijft vrijzinnig en de aandacht komt nu te liggen bij een maatschappelijk gericht gemeenteleven. Er is ook aandacht voor de emancipatie van de vrouw en in 1915 doet de eerste vrouwelijke student haar intrede op het Seminarium. De aansluiting met andere vrijzinnige richtingen vond plaats in 1923 met de oprichting van de Centrale Commissie voor het Vrijzinnig Protestantisme, waarvan onder anderen de Nederlandse Protestanten Bond, de Vereniging van Vrijzinnig Hervormden en de Algemene Doopsgezinde Sociëteit deel uitmaakten. In de jaren dertig bloeide de vrijzinnigheid, wat tot uitdrukking kwam in de oprichting van de Vrijzinnig Protestantse Radio Omroep, waaraan de Broederschap deelnam. Grote aantrekkingskracht op de jeugd had de Vrijzinnig Christelijke Jeugd Centrale. Maar met het gemeenteleven ging het minder goed. Het vrijzinnig protestantisme was niet bindend genoeg om de seculariseringstendens te kunnen weerstaan. Tijdens de oorlog werden de banden weer wat aangetrokken door de algemene behoefte aan saamhorigheid. Als verbindingsman tussen het bestuur en de gemeenten werd een predikant in algemene dienst ingesteld. Na de oorlog ging men met vol optimisme weer aan de slag: er werden nieuwe kerken gebouwd, men begon met het opzetten van een nieuwe liturgie en in 1950 werd er een nieuw reglement, de kerkorde, aangenomen. Daarnaast werden de internationale contacten met vrijzinnige en oecumenische bewegingen versterkt en uitgebreid. De Broederschap nam onder andere deel aan de oprichting van de Wereldraad van Kerken.

In de jaren zestig keerde het getij voor het vrijzinnig protestantisme en dus ook voor de Broederschap. De secularisatie is juist in deze kringen vrij groot, het vrijzinnig kader valt weg. De aandacht wordt nu vooral gericht op diakonale en maatschappelijke vraagstukken, tot uiting komend in een groot aantal contacten met organisaties op maatschappelijk niveau. Dit kan echter niet verhinderen dat het aantal leden steeds kleiner wordt.