Het besturen van het R.C. Weeshuis was een van de taken van de regenten van de Armenkamer. Lange tijd heeft men de besluiten van de regentenvergadering die het Weeshuis betroffen in aparte resolutieboeken ondergebracht *  , later bleek het gemakkelijker te zijn deze in de algemene notulen op te nemen. Zoals uit het bovenstaande aangaande organisatie en werkwijze al bleek, is er in het bestuur altijd tenminste één regent geweest die speciaal toezicht hield op het Weeshuis. Ook hier werd in eerste instantie het oude reglement van de R.C. Aelmoessenierscamer gebruikt *  .

Opgenomen werden katholieke wezen van Utrechtse burgers. Kinderen jonger dan vijf jaar en ouder dan zestien jaar werden niet opgenomen. De kleinen werden bij particulieren "besteed" tot zij in het Weeshuis konden komen, voor de groten werd een baas of werkhuis bezocht.
Kinderen die in het Weeshuis waren opgenomen bleven daar in de regel tot aan hun eenentwintigste jaar. Men besteedde veel aandacht aan het onderwijs. Kinderen beneden de tien jaar werden door de vader van het huis, of een van buiten het huis aangetrokken schoolmeester, onderwezen in het lezen, schrijven en rekenen *  . Kinderen boven tien jaar gingen aan het werk. Jongens beoefenden binnen of buiten het huis verschillende ambachten, meisjes leerden in het tehuis naaien en breien en verrichtten huishoudelijke taken. Voor deze oudere kinderen kwam iedere dag 's morgens en 's avonds een schoolmeester langs voor aanvullend onderwijs *  .

Het personeel bestond uit een vader, een moeder, een kleermaker en een naaimaitres. De naaimaitres verzorgde de opleiding van de grotere meisjes. Zowel bij het oude Kinderhuis - vóór 1746 - als enige tijd daarna, waren enkele dames bereid zich met het wel en wee van de kinderen bezig te houden. Zij werden "buitenmoeders" genoemd.
In 1791 werd wegens "het meerdere getal van kinderen en de uitgestrektheid van het huis" een tweede binnenmoeder aangesteld *  .

Het aantal kinderen in het tehuis wisselde uiteraard. In 1813 bleken er 65 kinderen in het Weeshuis opgenomen *  , in latere tijden werden er, volgens de jaarlijkse tabellen die men ten behoeve van het gemeentebestuur opmaakte, en waarvan vanaf 1849 een afschrift in de bijlagen bij de notulen is te vinden, soms 90 kinderen of meer opgenomen.
In 1834 verruilde men het oude Weeshuis in het huis "Zoudenbalch" voor een nieuw gebouw in de Minrebroederstraat, het vroegere logement "Place Royale". De regenten verwachtten dat hier, door meer licht en zon, de gezondheidstoestand van de wezen gunstig zou worden beïnvloed. Zowel in het oude Weeshuis als in het huis in de Minrebroederstraat was een kapel aanwezig. Een inwonend pastoor zorgde voor het zieleheil van de wezen.

Op 16 juli 1845 werd de leiding van het Weeshuis overgenomen door de zusters van Liefde, die vanuit Tilburg naar Utrecht waren gekomen. De lacune in de notulen 1842-1848 maakt het volgen van de ontwikkelingen nu moeilijk. Het leegstaande huis "Zoudenbalch" werd in de jaren 1834-1842 slechts gebruikt als secretarie en als plaats van samenkomst van de regenten. In de jaren daarna kreeg het de functie van Oudeliedentehuis.
Omstreeks 1847 had opnieuw een reorganisatie plaats *  . De weesjongens gingen uit het tehuis aan de Minrebroederstraat terug naar het huis "Zoudenbalch", terwijl de oude vrouwen in de Minrebroederstraat werden ondergebracht. Door deze verhuizingen ontstonden een meisjes- en oude vrouwentehuis in de Minrebroederstraat en een jongens- en oude mannentehuis in de Donkerstraat.

De leiding in het huis "Zoudenbalch" werd gevormd door een vader en moeder, soms een echtpaar, een ondervader of -moeder en enkele suppoosten. Volgens A. van Rooyen in het Utrechtsch Jaarboekje van 1904 bleef men vanuit de Donkerstraat de kapel van de Minrebroederstraat bezoeken: "men herinnert zich dat de gebuisde weesjongens hier ter kerke bleven gaan, en dat de gejasde oude mannen hun voetspoor daarheen op een sukkeldrafje volgden". In het huis "Zoudenbalch" werd ook een jongensschool gevestigd, zodat niet alleen de katholieke weesjongens van onderwijs werden voorzien. Hetzelfde gebeurde in de Minrebroederstraat: een bewaar- en meisjesschool vonden daar hun plaats. De zusters van Liefde zorgden hier voor het onderwijs. De reorganisatie van 1855 heeft geen verandering gebracht voor de Wees- en Oudeliedentehuizen. Wel was er soms een kleine aanpassing in het reglement zoals het, bij uitzondering, opnemen van halfwezen. In 1858 werd de schoenmakerij in het jongensweeshuis opgeheven. Boven de veertien jaar werkten nu praktisch alle weesjongens buiten het tehuis. Dat dit bij een katholieke patroon gebeurde sprak vanzelf. Het loon van de jongens werd in drie gedeelten verdeeld: kostgeld, zakgeld en spaargeld. Dit spaargeld werd potgeld genoemd.
Jongens die te vaak "weerspannig" waren werden soms naar andere instituten overgebracht.

Zoals eerder vermeld, bleef men tot het eenentwintigste jaar in het tehuis. Uitzonderingen hierop kwamen echter veel voor: een jongen kon eerder vertrekken omdat hij "in de loting was gevallen", in militaire dienst moest, of weggestuurd was wegens "verzet tegen de orde", en ook weglopers kwamen voor. Daarentegen kon men langer blijven in geval van ziekte, zwakke verstandelijke vermogens of op eigen verzoek.

Ook onder de meisjes kwamen weglopers voor, maar over het algemeen staat bij hun ontslag aangetekend dat zij "met uitzet zijn gedemitteerd". Deze uitzet, die in geval van goed gedrag aan de vertrekkende weesjongens en -meisjes werd uitgereikt bestond uit kleding of een bedrag in geld. Bij de aanbieding hiervan werd door regenten of de huismeester-regent van het Weeshuis een vermanend speechje afgestoken. In de jaren zeventig van de negentiende eeuw begon het bestuur te denken aan een nieuw tehuis waar zowel jongens als meisjes, mannen als vrouwen een plaats konden krijgen. Het werd het tehuis aan de Maliesingel, nu Hieronymushuis geheten, dat in 1875 in gebruik werd genomen. Het oude tehuis aan de Minrebroederstraat werd verkocht aan de Willibrordus-parochie; het secretariaat van het Armbestuur bleef in de Donkerstraat. De zusters van Liefde, die ook in dit nieuwe tehuis de leiding kregen, werden in het middengedeelte gehuisvest, terwijl in de zijvleugels een meisjes- en vrouwenafdeling en een jongens- en mannenafdeling waren gelegen. De vader die deze laatste afdeling onder zijn beheer had, was verantwoording schuldig aan de moeder-overste, de directrice van het hele tehuis. De wezen gingen nu buiten het tehuis naar school.

Rond 1900 begint het aantal wezen te dalen en stijgt het aantal opgenomen bejaarden. Langzamerhand begint het huis van karakter te veranderen, en wordt het meer oudeliedenhuis dan weeshuis.
In 1918 vinden er "ernstige misdrijven" plaats onder de oudere weesjongens. Men besluit de daders aan hun voogden over te dragen, en hetzelfde te doen met alle andere buitenshuis werkende grote weesjongens. Deze gedragslijn wordt in het reglement opgenomen. Na beëindiging van de schooltijd, op veertien- tot vijftienjarige leeftijd, worden de jongens met een uitzet aan hun voogden overgedragen, hoewel zij nog wel enige tijd een bijdrage in de kosten van levensonderhoud ontvangen.
Het aantal wezen vermindert nu snel: in 1928 verblijven nog slechts 28 wezen in het tehuis *  .