Ruim vijftig jaar na de Afscheiding brak er opnieuw een conflict uit in de Nederlandse Hervormde Kerk. Reeds vanaf de jaren zeventig van de 19e eeuw werd een groot aantal orthodoxe hervormden, die zich in de kerk niet thuis voelden, onder leiding van dr. Abraham Kuyper tot een beweging georganiseerd. Deze beweging stuurde aan op verbreking van de band met de bestuurlijke organisatie, omdat deze de vrijzinnige leer van de "modernen", die tegen de belijdenis van de kerk indruiste, niet verhinderde. In 1885 kwam het in Amsterdam tot een uitbarsting. De kerkeraad weigerde cathechisanten van vrijzinnige predikanten als lidmaat aan te nemen. Toen hier van hogerhand bezwaar tegen gemaakt werd, dienden de ouderling Abraham Kuyper en zijn medestanders in de kerkeraad een voorstel in tot wijziging van het plaatselijke reglement. Door deze wijziging zou de kerkeraad na een eventuele losmaking van de kerkelijke organisatie in het bezit van de kerkelijke goederen blijven. Op 4 januari 1886 werden de vijf predikanten en 75 kerkeraadsleden die de wijziging hadden gesteund, geschorst; de geschorste ambtsdragers werden uiteindelijk afgezet. Kuyper en zijn aanhangers organiseerden onmiddellijk afzonderlijke godsdienstige samenkomsten. Ook in andere plaatsen braken predikanten en kerkeraden met de synodale bestuursorganisatie van de Hervormde Kerk. Vooral na het "Gereformeerd Kerkelijk Congres", dat in januari 1887 te Amsterdam werd gehouden, kwam de afscheidingsbeweging goed op gang. Ongeveer 1500 (!) deelnemers tekenden een verklaring over het breken met de synodale hiërarchie. De afscheidingsbeweging was groter en beter georganiseerd dan die van 1834. De ondertekenaars van de verklaring werden goed geïnstrueerd hoe zij de reformatie in hun eigen kerk moesten aanpakken.

De uitgetreden gemeenten noemden zich "dolerend" (klagend), omdat zij zich beklaagden over de toestand in de Hervormde Kerk en over het verlies van de kerkelijke goederen. De afscheiding van 1886 wordt dan ook "Doleantie" genoemd. De dolerenden bouwden met veel energie hun eigen kerkelijk leven op. De naam van het nieuwe kerkgenootschap werd officieel: "Nederduitsch Gereformeerde Kerken", aanvankelijk met de toevoeging "dolerende".

Uiteraard kreeg men ook in Utrecht met de kerkelijke strijd te maken. De Hervormde predikanten H. Hoekstra en G. Ringnalda namen met een aantal ouderlingen en diakenen uit Utrecht in januari 1887 deel aan het Amsterdamse congres. Er werd bij het classicaal bestuur een aanklacht tegen alle congresgangers ingediend en de aangeklaagden werden door het provinciaal kerkbestuur met ingang van 1 april 1887 voor een half jaar geschorst. Op 23 maart 1887 werd deze schorsing besproken in de kerkeraadsvergadering van de Hervormde Gemeente te Utrecht *  . Er werd heftig gediscussieerd; toen de voorzitter uiteindelijk weigerde een voorstel te behandelen om het vonnis van de schorsing te negeren, verliet een deel van de aanwezigen de vergadering. Deze groep, die de vergadering onmiddellijk voortzette ten huize van de ouderling H. van Dijk, besloot de schorsing niet te erkennen, te breken met de synodale hiërarchie en terug te keren tot de Dordtse kerkorde *  . Zo kwam in Utrecht de Nederduitsch Gereformeerde Kerk tot stand. Het besluit werd op zondag 27 maart 1887 door ds. Ringnalda - nog net voor zijn schorsing - in de Domkerk van de kansel afgelezen. Op 6 april 1887 werden de predikanten Hoekstra en Ringnalda, vijf ouderlingen en negen diakenen door het provinciaal kerkbestuur uit hun "kerkelijke bedieningen en ambten, en van het lidmaatschap der Nederlandsche Hervormde Kerk ontzet". Dit vonnis werd op 10 mei d.a.v. door de algemene synodale commissie bekrachtigd.

De afgezette aanhangers van de Doleantie bouwden in Utrecht met veel voortvarendheid een nieuwe gemeente op. De godsdienstoefeningen vonden eerst plaats in verschillende lokalen, onder meer in het Gebouw voor Kunsten en Wetenschappen aan de Mariaplaats en het concertgebouw Tivoli aan de Kruisstraat. Op 29 december 1887 kwam echter al een eigen kerkgebouw gereed: de Oosterkerk aan de Maliebaan. Op 26 februari 1891 kon ook de Westerkerk aan de Catharijnekade in gebruik worden genomen. De organisatie van de gemeente was verfijnder dan die van de Christelijke Afgescheiden Gemeente. Naast de kerkeraad en de diakonie was er een Vereeniging "De Kerkelijke Kas", die de kerkelijke goederen beheerde; deze Vereeniging was te vergelijken met de kerkvoogdij van de Hervormde Gemeente. Bovendien was er een afzonderlijk College van Collectanten.

In 1892 begonnen de onderhandelingen die in 1894 zouden leiden tot de samensmelting met de Christelijke Gereformeerde Kerk (Kerk A). De Nederduitsch Gereformeerde Kerk werd van 1892 tot 1894 Kerk B genoemd.