Op 7 januari 1816 werd door Koning Willem I het "Algemeen Reglement voor het Bestuur der Hervormde Kerk in het Koninkrijk der Nederlanden" uitgevaardigd. De belangrijkste bepalingen waren, dat de oude naam "Gereformeerd" werd vervangen door het predikaat "Hervormd" en dat de in de Dordtse kerkorde van 1618/19 vastgelegde bestuursorganisatie drastisch werd gewijzigd. Er kwam een van bovenaf gedecreteerde en geregelde structuur. De Kerk werd in grote mate afhankelijk van de Staat en de plaatselijke gemeenten werden minder zelfstandig.

Niet iedereen was gelukkig met deze nieuwe organisatie. Dit ongenoegen leidde in 1834 tot een scheuring in de Hervormde Kerk, de Afscheiding. De eerste predikant die met de Hervormde Kerk brak, was ds. H. de Cock te Ulrum (Gr.); hij tekende op 13 en 14 oktober 1834 met zijn kerkeraad en gemeente een "Acte van Afscheiding of Wederkering". Daarin werd verklaard dat de Hervormde Kerk een "valse" kerk was geworden. Men wilde trouw blijven aan de oude Gereformeerde belijdenis en had bezwaren tegen de z.g. proponentenformule en tegen de in 1816 aan de kerk opgelegde bestuursorganisatie. Als tweede scheidde ds. H.P. Scholte te Doeveren (N.Br.) zich met zijn gemeente af. De regering trad streng op tegen de onwettige godsdienstoefeningen. De beweging won echter veld en er ontstonden steeds meer Christelijke Afgescheiden Gemeenten. Om verschillende redenen splitste zich later nog een groep van de Christelijke Afgescheiden Gemeenten af; deze groep vormde de Gereformeerde Gemeenten onder het Kruis.

In Utrecht begon de Afscheiding op 9 september 1835, de dag waarop de eerste leden van de Hervormde Kerk zich onttrokken om lidmaat te worden van de Christelijke Afgescheiden Gemeente *  . Op 8 juli van dat jaar had ds. H.P. Scholte reeds in het huis van E. Takken aan de Lange Elisabethstraat te Utrecht gepreekt. Het was eveneens ds. Scholte, die de Utrechtse gemeente op 18 december 1835 institueerde *  . Een jaar later waren ongeveer 110 personen (70 belijdende leden en 40 kinderen) bij de Christelijke Afgescheiden Gemeente te Utrecht aangesloten.

In het begin werden de godsdienstoefeningen gehouden bij de lidmaten E. Takken en A.M. van Beugen thuis. Op zondag 13 november 1836 vond voor het eerst een samenkomst plaats in het huis "De Domselaarspoort", een complex tussen de Oudegracht en de Varkenmarkt, dat op 1 november van dat jaar was aangekocht door de lidmaten J. Veldhuizen en W. Horst. Het gebouw werd in 1838 verkocht aan de rooms-katholieke kerk, die het in 1839 voor een deel liet afbreken ten behoeve van de bouw van de St. Augustinuskerk. De afgescheidenen kregen een ander gebouw tot hun beschikking: op 25 augustus 1838 werd door W. Horst en H. Glinderman voor de gemeente het leegstaande kerkgebouw "Soli Deo Gloria" aan de Oude Kamp aangekocht van de oud-katholieke kerk; bij deze kerk hoorden een pastoors- en een kosterswoning aan de Nieuwegracht. Op zondag 16 december 1838 werd er voor het eerst in de nieuwe kerk gepreekt. De godsdienstoefeningen werden van meet af aan regelmatig door het Utrechtse stadsbestuur verstoord. Deze situatie duurde voort, totdat de gemeente op 14 februari 1839 door de Koning werd erkend.

In december 1838 werd een "Reglement der Christelijke Afgescheidene Gemeente te Utrecht" vastgesteld. Dit reglement verscheen in 1839 in druk met een voorrede van ds. Scholte *  . In het eerste artikel worden de Drie Formulieren van Enigheid genoemd, die bepalend waren voor het geloof van de gemeente: "De Nederlandsche Geloofsbelijdenis, de Heidelbergsche Cathechismus, en de Leerregels der Dordsche Synode van 1618 en 1619". De organisatie van de gemeente was volgens het reglement vrij eenvoudig: de diensten werden uitgeoefend door predikanten, ouderlingen en diakenen en het bestuur was in handen van de opzieners (predikanten en ouderlingen). De kerkeraad, bestaande uit de opzieners en de diakenen, moest minstens eenmaal per week vergaderen; de vergaderingen waren toegankelijk voor de gehele gemeente. Bij het kiezen van de voorzitter hadden de predikanten voorrang; de secretaris kon eventueel uit de manslidmaten die tot het H. Avondmaal toegelaten waren, gekozen worden. Er konden ook buitengewone kerkeraadsvergaderingen worden belegd, die alleen voor de opzieners toegankelijk waren.

Hoewel men er in het reglement optimistisch van uitging, dat de gemeente meer dan één predikant zou krijgen, was daarvan voorlopig geen sprake. In 1836 werd ds. H.J. Budding te B(igg)ekerke (Zeeland) beroepen, maar hij bedankte in 1837. Ook het beroep, uitgebracht op ds. A.C. van Raalte te Genemuiden en Mastenbroek, bleef zonder resultaat. Men maakte echter dankbaar gebruik van de diensten van ds. H.P. Scholte, die zich vanaf 1837 steeds intensiever met de Utrechtse gemeente ging bemoeien. In 1838 betrok hij met zijn gezin de "pastoorswoning" aan de Nieuwegracht. Hoewel Scholte regelmatig in Utrecht preekte en hier allerlei ambtelijk werk verrichtte, bedankte hij tot twee keer toe - in 1838 en 1839 - voor een beroep. Hij gaf er de voorkeur aan meer gemeenten, niet alleen in Utrecht maar ook in Zuid-Holland en Beneden-Gelderland, te dienen. Ondanks de pogingen Scholte tot wettig predikant van Utrecht te maken, was niet iedereen tevreden over hem. Reeds in 1837 werden er bezwaren tegen zijn prediking geuit. Bovendien raakte Scholte in conflict met ds. H. de Cock en met de Amsterdamse gemeente. In december 1840 weigerde hij zich te schikken in het besluit van de Synode van Amsterdam om de Dordtse kerkorde van 1618/19 weer als verbindend te verklaren, met als gevolg dat hij werd geschorst. In Utrecht ontstond verdeeldheid: een deel van de lidmaten keerde zich van Scholte af en een deel bleef hem trouw. Op 2 februari 1841 kwam er een definitieve breuk tot stand tussen de groep-Scholte (de Scholtianen) en de groep-Takken, genoemd naar de ouderling E. Takken.

De groep-Scholte, die begin 1841 uit ongeveer 90 personen bestond, bleef het kerkgebouw aan de Oude Kamp gebruiken. De kerkeraad kwam onregelmatig bijeen, maar de vergaderingen werden wel genotuleerd *  . Er is ook wat correspondentie van de groep bewaard gebleven *  . Uiteindelijk besloot een groot deel van de gemeente een nieuwe start te maken in Noord-Amerika. In februari 1847 werd het kerkgebouw verkocht; de opbrengst werd bestemd om de overtocht van de behoeftige gezinnen te bekostigen. Ongeveer 70 Scholtianen uit Utrecht vertrokken naar de Verenigde Staten, waar in de staat Iowa de kolonie Pella werd gesticht. De meesten van hen reisden in een groep van ca. 800 aanhangers van Scholte, die begin april 1847 vanuit Rotterdam vertrok. Scholte zelf reisde met zijn gezin via Liverpool naar Boston; hij voegde zich in Baltimore bij zijn volgelingen. De emigranten legden in Noord-Amerika de grondslag voor de Christian Reformed Church.

De in Utrecht overgebleven leden van de groep-Scholte gaven de moed niet op: zij huurden begin mei 1847 een huis aan de Springweg. In 1849 was het opnieuw de diaken W. Horst die een pand voor de gemeente aankocht: Breedstraat wijk B. nr. 300, later bekend als de Begijnekerk). Op 18 juni 1849 kreeg de kleine gemeente zelfs een predikant, ds. P.J. Oggel, die tevens predikant van Zeist werd. Enkele maanden later werd contact gezocht met de groep-Takken. Deze groep, die begin 1841 uit ongeveer 63 personen bestond, had volhard in de lijn van de Afscheiding en was het landelijke kerkverband trouw gebleven. Archivalia van deze gemeente zijn niet aanwezig. Op 21 september 1849 werd besloten tot hereniging van beide groepen. De nieuwe gemeente, bestaande uit ongeveer 75 leden, werd weer opgenomen in het kerkverband. Het kerkelijk leven kwam nu in een rustiger vaarwater terecht en de gemeente breidde zich snel uit. De kerk aan de Breedstraat werd herbouwd en in 1854 van de heer Horst in eigendom overgenomen.

In 1869 kwam landelijk een vereniging tot stand tussen de Christelijke Afgescheiden Gemeenten en het merendeel van de Gereformeerde Gemeenten onder het Kruis; bij die gelegenheid werd de naam veranderd in Christelijke Gereformeerde Kerk. In 1892 vond op landelijk niveau de samensmelting plaats met de uit de Doleantie voortgekomen Nederduitsch Gereformeerde Kerken, waardoor de Gereformeerde Kerken in Nederland ontstonden. Plaatselijk werd er nog onderscheid gemaakt tussen Kerk A (Christelijke Gereformeerde Kerk) en Kerk B (Nederduitsch Gereformeerde Kerk), totdat de samensmelting definitief geregeld was.