Het archief verhuisde vóór 1937 telkens mee bij wisseling van het secretariaat of penningmeesterschap. In 1937 werd het Genootschapsbureau gehuisvest in het gebouw van het Koloniaal Instituut (na 1951: Koninklijk Instituut voor de Tropen). Een eerdere poging, zo'n 25 jaar daarvoor, om het bureau in het Koloniaal Instituut gehuisvest te krijgen mislukte. Toen secretaris E.J. Voûte in 1941 burgemeester van Amsterdam werd, liet hij het Genootschapsbureau overbrengen naar het Amsterdamse stadhuis. Volgens Warnsinck-Delprat verhuisde ook het archief in de Tweede Wereldoorlog vanuit de 'Pakhuismeesteren der Thee', waar E.J. Voûte werkzaam was geweest, via de Bank van Lening naar de zolders van het Amsterdamse stadhuis *  . Echter uit een brief van penningmeester H. Muller in 1948 aan de directeur van de Stadsbank van Lening blijkt het volgende: "U namens het Bestuur dank te zeggen voor de gastvrijheid die U sinds het begin van de oorlog op Uw zolders wel hebt willen verlenen aan ons Genootschap, ten behoeve van een gedeelte van zijn archief. Zoals U bekend zal zijn zijn de diverse bescheiden dezer dagen naar het Indisch Instituut overgebracht" *  . Eén kist met archivalia kwam in 1944 in ieder geval terecht in de kluis van het N.V. Amsterdams Bankierskantoor van Mendes Gans & Co *  . Op 16 juli 1941 werd onder meer het archief van de secretaris, de penningmeester en de redactie-commissie kortstondig overgedragen aan de gewestelijk inspecteur voor Noord-Holland van de commissaris voor niet-commerciële verenigingen en stichtingen *  . Het bestuur riep de tussenkomst van E.J. Voûte in, waarna de bezittingen werden teruggegeven *  .

Na de oorlog verwijderde de nieuwe burgemeester van Amsterdam, F. de Boer, het Genootschapsbureau uit het stadhuis. Tijdelijk bood penningmeester H. Muller onderdak aan op zijn kantoor. Het archief werd overgebracht naar de kelders van het Koninklijk Instituut voor de Tropen. In 1958 trof Warnsinck-Delprat het archief hier aan: "De confrontatie met de twaalf oude theekisten, waarvan de bodems gedeeltelijk verrot, de deksels en de inhoud vochtig en vuil waren, was overigens weinig aantrekkelijk. De inhoud bestond op het eerste gezicht uit verroeste ordners en stoffige, door spinnen bewebte paperassen" *  . Warnsinck-Delprat, die het archief ordende en beschreef, merkte in een brief aan de penningmeester H. Muller op: "Na vier dagen in Utrecht bezig te zijn geweest is mijn indruk nog zeer onvolledig: de meeste ordners hebben flink van de vocht geleden, zijn scheefgetrokken, sluitingen verroest en verwrongen" *  . Voor deze zogenaamde inventarisatie verhuisde het archief tijdelijk naar de Rijksuniversiteit van Utrecht om vervolgens weer op de plaats van herkomst terug te komen.

In 1965 bevond het archief zich in een stalen archiefkast op de centrale boekerij van het Tropeninstituut. De penningmeester H. Muller, die zich het lot van het archief aantrok, schreef in 1965 dat het vele malen verhuisd was en verlies of vernietiging niet uitgesloten *  . Het Genootschapsbestuur gaf in 1980 door bemiddeling van de toenmalige voorzitter prof. dr. M.W. Heslinga het archief in bewaring aan het Rijksarchief in Utrecht. Het archief verhuisde dat jaar van de zolders van het Koninklijk Instituut voor de Tropen naar de depots van het Rijksarchief in Utrecht. Sindsdien kwamen op initiatief van prof. Heslinga, die inmiddels tot archivaris van het Genootschap was benoemd, ook van particulieren, oud-bestuursleden en redactieleden nog archivalia naar het Rijksarchief in Utrecht. Te verwachten valt dat in de komende jaren nog meer bescheiden aan het licht zullen komen.

Correspondentie vormt het leeuwedeel van het archief. Over de ordening van de briefwisseling gedurende de eerste vijftig jaar van het Genootschap is weinig met zekerheid bekend. In ieder geval werden tussen 1885-1918, - en mogelijk langer -, agenda's van ingekomen en uitgaande stukken bijgehouden. De brieven kregen een volgnummer. Soms wordt naar deze nummers in de notulen verwezen. Volgens secretaris E.J. Voûte werden vóór ca. 1915 alle ingekomen brieven chronologisch bewaard *  . Van de uitgaande brieven werden, aldus E.J. Voûte, geen kopieën gehouden.

De vermoedelijk eerste herordening van het archief vond plaats in 1915. Tijdens de huishoudelijke bestuursvergadering van 6 februari 1915 vroeg secretaris S.P.L. Honoré Naber toestemming om met J.R. van Osselen "de archieven na te zien en het volstrekt onbelangrijke dat daarin sedert jaren wordt bewaard, bij procesverbaal, te vernietigen. Tal van waardelooze stukken, als briefjes tot het aannemen van benoemingen als bestuurslid e.d., worden thans bewaard en bezwaren het archief. Eene commissie tot vernietiging kan nog een geruimen tijd werk vinden, indien men een aanvang maakt met het meest waardeloze, om naar ondervinding leeren zal, daaraan uitbreiding te geven" *  . Het huishoudelijk bestuur stemde hiermee in. In 1927 constateerde E.J. Voûte, dat het archief in zeer slechte staat verkeerde. Het huishoudelijk bestuur vond zijn zorg overbodig; de laatste tien jaren waren wel in orde en dat was voldoende.

In 1958 inventariseerde C.E. Warnsinck-Delprat het archief van het Genootschap van vóór 1945. Penningmeester H. Muller en prof. Halbertsma adviseerden haar daarbij. Het archief werd voornamelijk geordend naar onderwerp of zaak. Onderwerpen, die in één 'rubriek' pasten, kwamen in mappen met dezelfde kleur *  . Er kwam ook een toegang op het archief. De oorspronkelijke chronologische ordening is waarschijnlijk reeds voor deze inventarisatie verloren gegaan. Na 1945 werd de correspondentie door de secretaris deels zaaksgewijs en deels chronologisch bewaard. Dit was zeer waarschijnlijk ook al het geval in de jaren dertig, toen E.J. Voûte secretaris was.

In de onderhavige inventaris is rekening gehouden met het structuurbeginsel. Het primaire ordeningskenmerk is de organisatie; het tweede de taakuitvoering. Hierbinnen ligt de nadruk op de zaaksgewijze ordening en in mindere mate op de chronologische. Hiermee wordt voortgeborduurd op de reeds sinds secretaris E.J. Voûte bestaande wijze van registratie en archivering. De archieven van afdelingen, die zich bezig hielden met uitvoering van de doelstellingen van het Genootschap, als vakdisciplinaire en plaatselijke afdelingen, zijn principieel gescheiden van die van het bestuur. Archieven van kort bestaande en secundaire commissies zijn opgenomen binnen het bestuursarchief. Een uitzondering vormt het archief van de Stichting Expeditie Nederlands-Nieuw-Guinea, dat in tegenstelling tot wat de archivistiek voorschrijft, geplaatst is bij de eerder gehouden Nieuw-Guinea-expedities I en II binnen het bestuursarchief. Deze deviatie wordt gerechtvaardigd door de zo ontstane overzichtelijkheid: alle Nieuw-Guinea-expedities van het Genootschap staan zodoende bij elkaar.

Foto's en kaarten zijn zo veel mogelijk geplaatst bij de betreffende expedities, onderzoeken of gebeurtenissen. De foto's van redactieleden van Onze Aarde zijn ondergebracht bij de gedeponeerde archieven.

De einddatum van het geïnventariseerde archief ligt bij 1967, het jaar waarin het Genootschap, de Geografische Vereniging in Nederland en de Nederlandse Vereniging voor Economische en Sociale Geografie fuseerden tot een nieuw Koninklijk Nederlands Aardrijkskundig Genootschap. De begindatum is 1873, de datum van oprichting. De incidentele aanwezigheid van stukken van vóór 1873 en na 1967 vormde geen reden dit in de titel te vermelden. Er is uit de financiële administratie slechts weinig vernietigd in verband met de gebrekkige ledenadministratie. De lengte van het archief bedraagt 12 strekkende meter.

De archieven van het Genootschap zijn beperkt toegankelijk. Stukken jonger dan vijftig jaar en stukken betreffende nog in leven zijnde personen mogen slechts met de toestemming van de eigenaar worden ingezien. Het Genootschapsbestuur verlaat zich in deze op het advies van zijn archivaris. Informatie over de gedeponeerde archieven is terug te vinden in NB's bij de betreffende beschrijvingen.