De geschiedenis van het Koninklijk Nederlands Aardrijkskundig Genootschap is uitgebreid beschreven door R. Schrader bij het eeuwfeest van het Genootschap in 1973 *  .

Vier onderwijsmensen namen in 1873 het initiatief tot oprichting van het Aardrijkskundig Genootschap. De oprichtingsvergadering vond plaats op 23 maart 1873 in de zaal Diligentia te Amsterdam, de eerste bestuursvergadering op 12 juli 1873. Het bestuur bestond in het begin uit een voorzitter, twee secretarissen, een penningmeester, een bibliothecaris en een aantal leden. Het aantal bestuursleden heeft geregeld gewisseld. Zo bracht men bijvoorbeeld in 1883 het aantal van 18 op 24. In 1876 werd op voorstel van de latere interim-voorzitter en penningmeester H.F.R. Hubrecht een scheiding aangebracht in de bestuurlijke organisatie. Er kwam een huishoudelijk bestuur voor dagelijkse zaken en een algemeen bestuur als hoogste orgaan. Het huishoudelijk bestuur bestond aanvankelijk uit de voorzitter, de (twee) secretaris(sen), de penningmeester en de bibliothecaris. Later kwamen er nog enkele leden bij. In 1967 fuseerde het Koninklijk Nederlands Aardrijkskundig Genootschap met de Geografische Vereniging in Nederland en de Nederlandse Vereniging voor Economische en Sociale Geografie tot een nieuw genootschap, dat de naam Koninklijk Nederlands Aardrijkskundig Genootschap bleef dragen.

In mei 1880 werd een bezoldigd 'amanuensis' als administratieve kracht voor het huishoudelijk bestuur benoemd. Deze kreeg later de titel van directeur van het Genootschapsbureau. Pas aan het einde van de jaren dertig kwam er meer administratief personeel.

C.M. Kan, de eerste secretaris, omschreef de eerste doelstellingen en middelen van het Genootschap zo: "Het Genootschap wilde de belangstelling voor de aardrijkskundige wetenschappen bij het Nederlandsche volk opwekken; geographische expedities en reizigers, bij voorkeur Nederlandsche, ondersteunen; door 't verspreiden van meerdere kennis van landen en volken den ondernemingsgeest der natie op het gebied van handel, scheepvaart en industrie verlevendigen; de reizen van Nederlandsche toeristen voor de aardrijkskundige wetenschap vruchtbaar maken; het doelmatig onderwijs in aardrijkskunde bevorderen; landen, tot kolonisatie en emigratie, geschikt, bespreken. -Als middelen tot het bereiken van dit doel werden aanbevolen: het jaarlijks houden van eenige algemeene vergaderingen; het uitgeven van een tijdschrift; het verschaffen van inlichtingen aan bovengenoemde toeristen; het zich in verbinding stellen met andere genootschappen, het vormen van een bibliotheek en het stichten van filiaal-vereenigingen" *  .

Het Genootschap heeft veel expedities georganiseerd of gefinancierd, meestal in samenwerking met anderen, zoals de Maatschappij ter Bevordering van het Natuurkundig Onderzoek der Nederlandsche Koloniën. De aandacht voor Nederland was in de eerste 60 jaar van het bestaan van het Genootschap zwak, ondanks het bestaan van een Afdeeling Nederland of een Commissie voor Nederland. De belangstelling voor verre streken, vooral de Nederlandse koloniën, is in het begin steeds groter geweest *  . Na de Tweede Wereldoorlog kwam hierin verandering.

Het uitgeven van het Tijdschrift van het Aardrijkskundig Genootschap (T.A.G.), van 1874-1966, was voor het Genootschap een belangrijke manier om zijn doelstellingen kracht bij te zetten. Gedurende de eerste decennia had het (huishoudelijk) bestuur de verantwoording over het redactionele beleid van het T.A.G.. Vanaf 1897 trad er een zelfstandige redactie-commissie op, waarin nog slechts één bestuurslid zitting had, aanvankelijk de secretaris. De redactie-voorzitter en de redactie-secretaris vormden de spil van de redactie-commissie. In 1967 werd het T.A.G. opgeheven. Het fuseerde toen met het Geografisch Tijdschrift (G.T.), uitgegeven door de Geografische Vereniging in Nederland, en het Tijdschrift voor Economische en Sociale Geografie (T.E.S.G.), uitgegeven door de Nederlandse Vereniging voor Economische en Sociale Geografie, tot het G.T. (nieuwe reeks) en het T.E.S.G..

Het Genootschap organiseerde tentoonstellingen, congressen, symposia en voordrachten om de geografiebeoefening te stimuleren. Een bibliotheek en een kaartencollectie ondersteunden de geografische activiteiten. Aanvankelijk waren de boekerij en de kaartencollectie ondergebracht in de Amsterdamse Handelsschool. Nog in de negentiende eeuw werden beide overgebracht naar de Universiteitsbibliotheek van Amsterdam. Dit is tot op de dag van vandaag zo gebleven. Met het aardrijkskundeonderwijs hield het Genootschap zich ook voortdurend bezig. Verder ontvingen derden allerlei vormen van steun van het Genootschap voor publicaties, onderzoek, reizen of andere aardrijkskundige werkzaamheden.

Binnen het Genootschap vormden zich afdelingen en commissies, die een plaatselijk of vakdisciplinair karakter hadden. Eén van de bekendste was de Afdeeling Nederland, die in 1911 overging in de Commissie voor Nederland. Deze hield zich bezig met de geografie van Nederland. W.E. Boerman richtte in 1915 binnen het Genootschap de Geografische Kring op. Later kwam de Kring stilzwijgend buiten het Genootschap te staan. De Kring vormde in 1930, samen met het Aardrijkskundig Gezelschap uit Amsterdam en de Geografische Studiekring uit Rotterdam, de Geografische Bond.