De kerkeraad van de Lutherse gemeente te Utrecht bestaat sinds 1613. Bij het eerder genoemde "temperament" *  werd bepaald, dat de kerkeraad zou bestaan uit de beide predikanten, twee ouderlingen en vier diakenen. Het aantal kerkeraadsleden is natuurlijk langzamerhand uitgebreid. Het reglement op het plaatselijk kerkbestuur van 1892 *  stelde vast, dat de kerkeraad moest bestaan uit twee predikanten, vier ouderlingen, vier kerkrentmeesters en zes diakenen. Jaarlijks traden één ouderling, één kerkrentmeester en twee diakenen af. De predikanten was het presideren en notuleren van de vergaderingen opgedragen. De taak van de kerkeraad wordt in het plaatselijk reglement van 1796 *  als volgt omschreven: "De klijnen of regerenden kerkenraad is om de gewoone huishouding der gemeente waar te neemen, als het administreeren der kerkgoederen en effecten, het uitsetten van gereede penningen, aflossen van capitalen, het doen en helpen onderhouden van de besluyten, reglementen en schikkingen ter bewaring van goede order, reeds gemaakt of nog te maaken, insonderheid ook de reglementen op de zit- en begraafplaatzen in deeze kerk, zonder egter eenige verandering of alteratie in deselve te maaken, veel min die af te schaffen en nieuwe in te voeren buyten kennisse van den grooten kerkenraad". In het reglement van 1858 *  wordt nog vermeld, dat de kerkeraad de begrotingen en rekeningen van kerkrentmeesters en diakenen vast moest stellen en dubbeltallen op moest maken voor de nieuwe kerkeraadsleden.

In 1824 vond er een grote verandering in het kerkbestuur plaats. Bij het nieuwe huishoudelijk reglement *  werd de kerkeraad gesplitst in drie colleges: het college van predikanten en ouderlingen, het college van kerkrentmeesters en het college van diakenen. Naast deze kleine kerkeraad was er een grote kerkeraad, bestaande uit de leden van de kleine kerkeraad en de oud-leden van de kleine kerkeraad die met ere uit hun functies ontslagen waren. De grote kerkeraad was het belangrijkste, de gehele gemeente vertegenwoordigende lichaam. Hij bekrachtigde ingrijpende besluiten van de kerkeraad, beriep predikanten en benoemde de voorzanger, organist, koster, doodgraver en orgeltrapper. Verder had de grote kerkeraad volgens het reglement van 1796 *  het recht "huysen, erven en alle 't geen de kerk toekomende te verkoopen, nieuwe negotiatiën van penningen ten behoeve der gemeente te doen, schikkingen en reglementen den opentlijken godsdienst betreffende te maaken, deselve na vereisch van omstandigheeden uit te leggen, te veranderen en te vernieuwen en de verschillen over deese en alle andere voorkoomende dingen bij meerderheid finaal te beslissen". Bij de nieuwe kerkorde van 1955 werd het instituut van grote kerkeraad opgeheven, zodat er nu nog slechts één kerkeraad bestaat en de oud-kerkeraadsleden niet meer aan de vergaderingen deelnemen. Dit bracht ook de invoering van een nieuw plaatselijk reglement (1960) met zich mee.

In 1608 werd de eerste predikant, Johannes Cremerius, aangenomen. Sinds 1639 waren er twee predikanten en gedurende tien jaar (1774-1784) was er ook een derde predikant werkzaam. Naast het voorgaan in de eredienst hadden de predikanten de taak te dopen, het Heilige Avondmaal te bedienen en huwelijken te voltrekken. Verder moesten zij de doop-, huwelijks- en lidmatenregisters bijhouden. Naast de predikanten nam de voorzanger een belangrijke plaats in.

Ds. Magnus hield op 26 mei 1613 de eerste vergadering met twee senioren of ouderlingen. Later is het aantal ouderlingen uitgebreid. Ze hadden opzicht over de gemeenteleden en de zorg over de financiën. Om hun invloed niet te groot te maken, werden zij voor een jaar gekozen, maar zij waren later herkiesbaar en bovendien woonden gewezen ouderlingen vaak de vergaderingen bij. De reeds eerder vermelde twist in de 17e eeuw was dan ook hoofdzakelijk het gevolg van het slechte beheer van de kerkelijke goederen en gelden en de te grote invloed van de ouderlingen. In het "temperament" *  werd bepaald, dat de ouderlingen jaarlijks rekening en verantwoording moesten afleggen van hun financieel beleid. Er was een president- of boekhoudende ouderling en een tweede ouderling. De boekhoudende ouderling moest zorgen voor het onderhoud van het gebouw; hij moest in het begin van juli zijn jaarrekening overleggen in de grote-kerkeraadsvergadering, de voor- en najaarscollecten regelen en een contraboek bijhouden van de door de diakenen gecollecteerde gelden. De tweede ouderling had de directie over de stoelen, banken en begraafplaatsen, waarvan hij ook ieder jaar rekening en verantwoording moest afleggen in de grote-kerkeraadsvergadering. De ouderlingen waren niet zelfstandig en konden niets beslissen buiten de vergadering om.

In 1824 kwam er een college van predikanten en ouderlingen, belast met de regeling van de eredienst, de geestelijke zorg voor de gemeente, en toezicht op het bijhouden der doop-, trouwen lidmatenregisters. Het college van kerkrentmeesters nam het financiële beheer van de ouderlingen over.

Het college van kerkrentmeesters, dat sinds 1824 bestond, was belast met het beheer van de kerkelijke gebouwen en eigendommen en de regeling van de kosten van de eredienst. De kerkrentmeesters zetten dus de rekeningen van de ouderlingen voort *  , maar namen van de kerkeraad tevens het beheer van de gelden en goederen over. De rekeningen en begrotingen moesten wel jaarlijks door de kerkeraad worden goedgekeurd. Ook het Predikanten-Weduwenfonds werd door de kerkrentmeesters beheerd.

In 1616 werden er voor het eerst diakenen gekozen uit een voordracht, opgemaakt door de ouderlingen. De diakenen hadden het bestuur over alles wat de bedeling van armen betreft. Ze mochten echter geen armen in de bedeling opnemen zonder de toestemming van de kerkeraad. Iedere diaken moest op zijn beurt een half jaar boekhouder zijn en drie keer in het jaar aan de kerkeraad rekening doen van hetgeen hij bedeeld had. De diakenen collecteerden tweemaal in het jaar langs de huizen van de gemeenteleden: in de zomer voor de armenschool en tegen kersttijd voor de armen *  . De armenschool van de diakonie, beheerd door enige diakenen als schoolcommissie en gehouden in het Weeshuis, werd in 1891 opgeheven. Sindsdien genoten de kinderen van bedeelden voor rekening van de diakonie elders onderwijs. De fondsen van Dirk Ubing en Frans Voorderhaak *  werden ieder afzonderlijk door een diaken geadministreerd. Deze administrateurs moesten jaarlijks in mei aan de kerkeraadsvergadering rekening en verantwoording afleggen. De diakonie had tevens het beheer van haar eigendommen en mocht giften, erfenissen enz. ten behoeve van de diakonie aanvaarden. Sinds 1824 is er sprake van een college van diakenen.