Na de nederlaag van de Franse troepen in de Volkerenslag van 16 t/m 19 oktober 1813 bij Leipzig, taande de Franse macht in Europa snel. De geallieerde legers dreven de Franse troepen terug naar Frankrijk, waarbij de Nederlandse grens al spoedig in zicht kwam. De Franse bestuurders, die inzagen dat verzet nutteloos zou zijn, begonnen zich in de tweede helft van de maand november uit Noord-Nederland terug te trekken. Het machtsvacuüm dat daardoor ontstond werd terstond opgevuld door Gijsbert Karel van Hogendorp en zijn medestanders die dit hadden zien aankomen, en er min of meer op waren voorbereid.

Op 15 november 1813 trokken de troepen van generaal Molitor zich vanuit Amsterdam terug op Utrecht. Daarop volgden relletjes in Amsterdam die ook de bestuursambtenaren de weg van de militairen liet volgen. De gouverneur-generaal van de Noordelijke Nederlanden, Ch.F. Lebrun, en de prefect van het departement van de Zuiderzee (waartoe de huidige provincie Utrecht behoorde), A.P.F.G. Visscher, graaf de Celles, verlieten Amsterdam een dag later.

Twee dagen later verlieten de Fransen 's-Gravenhage. Van Hogendorp c.s. installeerden daar op 21 november het Algemeen Bestuur der Verenigde Nederlanden, dat het landsbestuur zou waarnemen in naam van prins Willem VI van Oranje-Nassau, die nog in Engeland verbleef *  .

Utrecht bleef intussen nog in handen van de Fransen. Op 24 november 1813 werd Woerden bevrijd door een handjevol oranjegezinden. Generaal Molitor greep onmiddellijk in en stuurde troepen naar Woerden die daar danig huishielden *  . Uiteindelijk bleek dit machtsvertoon een laatste stuiptrekking, want met het naderen der geallieerde legers vertrokken de Fransen uit Utrecht op 28 november richting Gorinchem, waar ze nog geruime tijd verbleven. Diezelfde dag nog arriveerden de eerste Russische kozakken in de stad Utrecht. Nu was Utrecht echt vrij. Twee dagen later zette prins Willem VI van Oranje-Nassau weer voet aan wal in Nederland op het strand van Scheveningen, en nog eens twee dagen later werd hij op het stadhuis te Amsterdam uitgeroepen tot soeverein vorst onder de naam van Willem I. Voor het bestuur, zeker op regionaal niveau, had dit niet direct gevolgen.

Bij keizerlijk decreet van 9 juli 1810 was het Nederlands grondgebied boven de rivieren bij Frankrijk ingelijfd, waarna per 1 januari 1811 de administratieve inlijving volgde. Het Nederlands grondgebied, uitgezonderd de huidige provincies Noord-Brabant, Limburg en Zeeland die al eerder waren ingelijfd, werd verdeeld in zeven departementen, met aan het hoofd een prefect. De departementen werden onderverdeeld in arrondissementen onder leiding van een onder-prefect en de arrondissementen waren op hun beurt onderverdeeld in gemeenten met aan het hoofd een burgemeester *  . De huidige provincie Utrecht maakte nagenoeg helemaal deel uit van het departement van de Zuiderzee, en was opgedeeld in twee arrondissementen. Amersfoort en Utrecht.

Na het vertrek van de Fransen uit Utrecht werd daar op 30 november 1813 door kolonel Johannes van den Bosch, uit naam van het Algemeen Bestuur der Verenigde Nederlanden, een provisioneel provinciaal bestuur geïnstalleerd, dat het bestuur van het voormalige gewest Utrecht op zich zou nemen. Dat bestuur was samengesteld uit Willem Nicolaas Pesters van Cattenbroek (president); Johan Maximiliaan van Tuyll van Serooskerken van Vleuten (vice-president); Walraven Robbert Van Heeckeren van Brandsenburg. T.F. van Utenhove van Bottesteijn; Willem René van Tuyll van Serooskerken van Zuilen; Jan Anthony Taets van Amerongen van Woudenberg en Joan Daniël Cornelis Carel Willem baron d'Ablaing van Giessenburg. Het provisioneel provinciaal bestuur liep zo'n half jaar op de feiten vooruit. Het werd op 4 december 1813 vanuit 's-Gravenhage teruggefloten. De departementale indeling zou voorlopig gehandhaafd blijven *  .

Op 23 november 1813 werden er twee commissarissen-generaal vanuit 's-Gravenhage afgevaardigd "ter regeling van 's lands zaken te Amsterdam en in Noord-Holland". Joan Melchior Kemper en Cornelis Anthony Fannius Scholten. Vanaf 12 december voerden zij de titel commissarissen-generaal van het departement van de Zuiderzee *  . Op 17 december werd één nieuwe commissaris-generaal benoemd. Godert Alexander Gerard Philip baron van der Capellen. J.M. Kemper was al op 14 december "honorabel" uit zijn functie ontheven, terwijl C.A. Fannius Scholten bleef waarnemen totdat Van der Capellen in functie zou treden. Toen dat gebeurde, op 26 december 1813, kreeg ook hij eervol ontslag. In de arrondissementen (vanaf nu ook kwartieren genoemd) werden commissarissen benoemd in plaats van de onder-prefecten *  . Verder veranderde er op bestuurlijk gebied niet veel; de taakverdeling tussen de commissaris-generaal en de commissarissen bleef dezelfde als die tussen prefecten en onder-prefecten. De commissarissen bleven volledig afhankelijk van de commissaris-generaal en mochten geen enkele beslissing zelfstandig nemen. Ze dienden als een soort doorgeefluik tussen de commissaris-generaal en de gemeenten in hun kwartier. De gemeentebesturen hadden voor bijna elke handeling de goedkeuring van bovenaf nodig. Daarnaast was er een gedegen controle op hun handelen. In die organisatiestructuur functioneerde de commissaris als tussenpersoon *  .

Op 29 maart 1814 werd de grondwet aangenomen die Willem van Oranje-Nassau tot soeverein vorst der Verenigde Nederlanden maakte en tevens de bestuurlijke indeling veranderde. Nederland werd verdeeld in provincies en landschappen. Aan het hoofd daarvan werd een gouverneur aangesteld. De onderverdeling in kwartieren (arrondissementen) bleef voorlopig gehandhaafd. Aanvankelijk werden de kwartieren, en daarmee de functie van commissaris, bij soeverein besluit van 6 september 1814, nr. 38, per 31 december 1814 opgeheven. Later werd die termijn bij soeverein besluit van 26 december 1814, nr. 51, verlengd tot en met 28 februari 1815. Bij datzelfde besluit werd tevens bepaald dat de commissarissen die zetelden in de hoofdplaatsen van de provincies en landschappen wel per 31 december 1814 uit hun functie werden ontslagen *  .

Eén van de eerste daden van het provisioneel provinciaal bestuur was het met dankzegging voor bewezen diensten ontslaan van de onder-prefect van het arrondissement Amersfoort, Albert Carel Snouckaert van Schauburg *  . Op 5 december 1813 ontving hij een brief van het Algemeen Bestuur waarin hem werd verzocht om zijn functie te vervolgen, zij het nu als commissaris *  . Hij heeft die functie vervuld tot in februari 1814, waarna T.F Utenhove van Bottesteijn, op 19 februari als commissaris benoemd, het overige deel van de commissariaatsperiode aanbleef *  . Begin december, waarschijnlijk gelijk met Snouckaert in Amersfoort, werd de voormalig onderprefect van het arrondissement Utrecht, Johan Maximiliaan van Tuyll van Serooskerken van Vleuten, benoemd tot commissaris. Op 6 april 1814 werd hij bij Soeverein besluit benoemd tot gouverneur van de nieuw te vormen provincie Utrecht *  . Aangezien de kwartieren vooralsnog niet werden opgeheven, betekende dat dat hij tevens het kwartier Utrecht onder zijn hoede behield, in de functie van commissaris. Uiteraard werd die titel niet meer gebruikt in de correspondentie. Met ingang van 1 mei 1814 werd Utrecht een zelfstandige provincie. Tegen het eind van 1814 begonnen ook de provinciale staten (september) en de gedeputeerde staten (december) met hun vergaderingen.