De structuur van de administratieve organisatie van de arrondissementen of onderprefekturen was dezelfde als voor het departement. Dit hield in dat de administratie aanvankelijk uit drie, later vanaf 9 januari 1813 uit vier afdelingen en een algemeen secretariaat bestond (de taken van elke afdeling zijn uitgesplitst in bijlage 1).

Wanneer de agenda, zoals die voor de Franse administratie was voorgeschreven, in het arrondissement Utrecht is ingevoerd is niet precies te zeggen. Vanaf 1 juli 1811 is er in ieder geval zo'n agenda aanwezig voor alle afdelingen tesamen. Daarvoor bestond er een afwijkende agenda die door de onderprefect 'het concept verbaal' werd genoemd. De inschrijvingen hierin beginnen vanaf 3 januari en zijn niet genummerd. Vanaf maart werden de ingeschreven stukken genummerd. 'Het concept verbaal' loopt tot en met de maand mei. De agenda loopt tot en met 22 november 1813. Van juni, oktober en november 1811 is geen agenda aangetroffen.
Op de agenda is een eigentijdse index gemaakt over de periode april 1811 tot en met oktober 1813, waarbij juni 1811 ontbreekt.

De ingekomen en minuten van uitgaande stukken lopen vanaf 2 januari 1811 tot en met 27 november 1813. Correspondentie over een bepaalde zaak werd zoveel mogelijk bij elkaar gehouden. Zo kunnen er bij een stuk dat op een bepaalde datum is ingeschreven een of meerdere stukken van latere datum zitten die op dezelfde zaak betrekking hebben.
In het arrondissement Amersfoort werd vanaf 1 maart 1811 ook één agenda gehanteerd voor alle afdelingen tesamen. De agenda loopt door tot en met 2 januari 1814. Er is geen index aanwezig. De ingekomen en minuten van uitgaande stukken beslaan de periode 31 januari 1811 tot en met 29 november 1813. Ook hierbij zijn stukken die betrekking hebben op dezelfde zaak bij elkaar geordend.

De archieven van de onderprefecturen van Utrecht en Amersfoort zijn door S. Muller Fz., toenmalig rijksarchivaris in Utrecht, geïnventariseerd en beschreven aan het begin van deze eeuw *  Vermoedelijk heeft Muller het archief geordend en beschreven zoals hij het heeft aangetroffen namelijk een serie ingekomen en minuten van uitgaande stukken met agenda en index, een serie brieven van de maires met antwoorden op vragen gesteld in aanschrijvingen door de onderprefekt en rubrieksgewijs geordende stukken.

De archieven van de onderprefekturen van zowel Utrecht als Amersfoort zijn zeker niet compleet. P. Vermeulen, provinciaal archivaris van 1840-1878, constateerde reeds in 1868 dat de archieven verre van volledig waren. In een brief d.d. 3-6-1868 aan zijn collega de archivaris van Noord-Holland en Amsterdam P. Scheltema schreef hij: 'Maar de archieven van de Sousprefecture laten mij geheel in de steek. Zij zijn lang de prooi van vernielzucht geweest en veel is er van verdwenen' * 

De archieven van de beide onderprefekturen - dat van Utrecht heeft een lengte van ca. 14 meter en dat van Amersfoort een lengte van ca. 4 meter - zijn door ons aangetroffen in de staat zoals ze door Muller waren geïnventariseerd. In de bijna 80 jaar die na de inventarisatie zijn verlopen zijn de archieven bijna nooit geraadpleegd. Dit is niet zozeer te wijten aan het feit dat het materiaal oninteressant zou zijn als wel aan de manier waarop Muller zich van zijn taak heeft gekweten. Zijn beschrijvingen zijn summier, in vele gevallen letterlijke vertalingen van opschriften die hij aantrof; niet weinige keren had hij zelfs niet de moeite genomen om het Frans in het Nederlands te vertalen. Bij onze inventarisatie is er naar gestreefd de door Muller aangebrachte volgorde grotendeels te handhaven maar in een logischer structuur te plaatsen en uit te werken. In de rubriek 'stukken van algemene aard' bevinden zich de ingekomen en minuten van uitgaande stukken, de agenda, de index (voor Utrecht) en andere stukken van algemene aard. De subrubrieken, die zijn ondergebracht in de rubriek 'stukken betreffende bijzondere onderwerpen' zijn gebaseerd op de administratieve taken. De volgorde van de subrubrieken is opgesteld volgens de Basis Archiefcode, waardoor een logische opbouw verkregen werd.