In 1816 werd door koning Willem I het Algemeen Reglement op de kerkelijke organisatie ingevoerd. Hiermee werd aan de Nederlandse Hervormde Kerk-zoals deze voortaan zou heten-een nieuwe, hiërarchische bestuursinrichting gegeven. Krachtens deze organisatie werd aan de synode opgedragen de leer van de kerk te handhaven. Tegelijkertijd echter mocht de synode slechts besturen en werd zij niet geacht zich bezig te houden met het beslissen van leergeschillen. Vóór alles moesten rust en eenheid bewaard blijven. Aan het ondertekeningsformulier voor aanstaande predikanten werd een meer vrijblijvende en ruimere interpretatie gegeven. De verplichting voor predikanten om wekelijks uit de Heidelbergse Catechismus te spreken verviel. De drie Formulieren van Enigheid, het uitgangspunt van de geloofsbelijdenis, bleven weliswaar gehandhaafd, maar tegelijkertijd was de synode niet bevoegd aan te geven wat precies hiertoe behoorde. Dit alles leidde in de praktijk tot een toenemende leervrijheid. De synode zag zich voor het dilemma geplaatst dat zij om de eenheid in de kerk te bewaren de leer moest handhaven, maar handhaafde zij de leer, dan kon de eenheid in onrust ten onder gaan *  .

Tegen deze halfslachtige situatie rees van verschillende kanten verzet. In 1834 voltrok zich de Afscheiding, waarbij een groot aantal orthodoxe mensen onder leiding van De Cock en Scholte de kerk verliet. In 1886 vond een tweede aderlating plaats, bekend geworden als de Doleantie van Kuyper. Sinds 1862 was een uittocht begonnen van vrijzinnigen naar het voorbeeld van Busken Huet en Pierson *  . Binnen de kerk was er in toenemende mate sprake van een richtingenstrijd die zich toespitste op de geldigheid van de belijdenis; de invoering van het Algemeen Reglement van 1852 had geen belangrijke veranderingen gebracht. Van links naar rechts zijn vier richtingen te onderscheiden: de vrijzinnigen, de ethischen, de confessionelen en de Gereformeerde Bonders. Ter linkerzijde was men fel tegen het opnieuw verplicht stellen van de oude belijdenisgeschriften en verdedigde men de leervrijheid. Aan de rechterzijde wilde men hier juist van af en eiste men handhaving van de oude belijdenisgeschriften. Deze protesten kwamen-vooral van rechtzinnige zijde-tot uiting in de grote aantallen adressen, waarmee de synode jaarlijks werd overspoeld. De synode weigerde een uitspraak te doen. Zij hulde zich in stilzwijgen of wees de verzoeken zonder meer van de hand. De synode achtte zich niet bevoegd om een uitspraak te doen *  . Bij velen nam nu de neiging toe om op andere wijze hun doel te bereiken.