Op donderdag 21 september 1939 benoemde de generale synode van Sneek vijf deputaten voor de geestelijke verzorging zeevarenden bij de koopvaardij en kustvaart. Deze kregen de opdracht de arbeid van het Gereformeerd Comité Handels Marine (Gecohama) over te nemen en voort te zetten, en de mogelijkheid te overwegen hiervoor na enkele jaren een predikant te beroepen *  Aldus toog men aan het werk. Volgens de rapportage aan de generale synode van Utrecht 1943 hebben deputaten het werk van Gecohama overgenomen en voortgezet door middel van propaganda-actie in de pers, circulaires aan particulieren en "praatavonden". We zitten dan in de oorlogsperiode, hetgeen blijkt uit opmerkingen in dit rapport dat contacten met zeevarenden op de grote vaart moeilijk te onderhouden zijn. De groep die men wel bereikt is de zogenaamde kustvaart. De medewerking vanuit de classes is juist in deze periode uitstekend. Verder zijn er goede contacten met onder andere scheepvaartmaatschappijen en wordt er vrij veel gedaan aan "de geestelijke arbeid onder echtgenoten van zeelieden en hun gezinnen". Een deel van de aan deputaten opgedragen taak bestaat uit het "opsporen en bearbeiden van de 'zoekgeraakte' leden en doopleden van de kerk". Verder wordt nog meegedeeld dat ds. J. Versteegt, de voorzitter van deputaten en de mede-initiatiefnemer van Gecohama al voor de tweede keer gevangen zit. In 1945 overlijdt hij in een concentratiekamp. In januari 1944 vindt de bevestiging plaats van de door de kerk van Watergraafsmeer beroepen zeemanspredikant ds. J. Wristers. Deze predikant brengt eens in de drie maanden verslag uit van zijn werkzaamheden. Opvallend is dat na beëindiging van de tweede wereldoorlog samenkomsten met bijvoorbeeld zeemansvrouwen erg teruglopen. Ook valt het op dat de kerken haar financiële verplichtingen steeds slechter nakomen.

Al op 15 december 1946 wordt de tweede predikant voor dit werk bevestigd, namelijk ds. K.S.G. Zijlstra. In de rapportage van 1949 blijkt dat het koopvaardijwerk uitstekende voortgang vindt en dat er van vele kanten belangstelling is. Het enige waar over te klagen valt, zijn de financiën. Dit blijft voortdurend een probleem vormen. De synode van Rotterdam 1952 staat deputaten een collecte per jaar toe. Dit is mede het gevolg van het ruim overschrijden van de begroting. Dit was mogelijk doordat de detachering van ds. J. Wristers te New Orleans nogal duur uitviel. Ook beslist de synode dat het budget verhoogd mag worden tot f 42.000,- per jaar. Intussen werkt ds. Zijlstra in Nederland en maakt hij verschillende reizen naar buitenlandse havens. Een verschil van mening met de synode komt voort uit het verplicht moeten steunen van de Vereniging "Bethsaïda" ten behoeve van het hospitaalkerkschip "De Hoop". Jaarlijks is dit een post van f 4.500,-. Op 24 april 1956 nam de synode van Leeuwarden het besluit tot uitbreiding van het aantal koopvaardijpredikanten tot circa 12, waarbij de overheid f 375.000,- voor haar rekening neemt en de kerken f 125.000,- bijdragen. Nu worden ook bepalingen opgesteld voor de benoeming en de kerkelijke positie van de koopvaardijpredikanten. Tevens wordt in 1956 ingesteld het Contact in Overheidszaken-Koopvaardij. In 1957 rapporteren deputaten dat de plannen tot uitbreiding van het aantal koopvaardijpredikanten nog niet verwezenlijkt zijn wegens geldgebrek. Er wordt dan besloten tot het houden van twee collecten per jaar. Door de synode van Utrecht 1959 wordt toestemming verleend een koopvaardijpredikant te plaatsen in Liverpool. Dit gebeurt dan in samenwerking met deputaten voor de geestelijke verzorging van de verstrooiden in het buitenland.

Op 1 februari 1960 gaat ds. P.C. Jongbloed met dit werk beginnen. In de besprekingen tijdens de synodezittingen in 1961 wordt opgemerkt dat het zwaartepunt van het werk ligt in de arbeid in buitenlandse havens. Tevens wordt gesteld dat de kerkeraden opgewekt moeten worden huisbezoeken te doen bij verlofgangers. Koopvaardijwerk gebeurt in New Orleans, Liverpool, Curaçao (i.s.m. deputaten voor het Caraïbisch gebied), Rotterdam. Amsterdam, Sydney, St. Lawrence Seaway, Genua en havens langs de Zweedse en Finse kust. Viermaal per jaar ontvangen alle zeevarenden van wie een adres bekend is een contactbrief namens deputaten. Het beleid van deputaten wordt tegen het einde van de jaren zestig steeds sterker gericht op samenwerking met de plaatselijke kerken in de buitenlandse havens. Ook komt de interkerkelijke samenwerking steeds sterker in allerlei activiteiten naar voren. Wat betreft de financiën valt op te merken dat de synode de collecten laat vervallen en deputaten een vastgesteld bedrag uit de middelen voor de Algemeen Kerkelijke Arbeid toewijst. Voor 1970 wordt dit bijvoorbeeld begroot op f 200.000,-. Het breed moderamen van de synode van Haarlem 1973 wijzigt de naam van het deputaatschap als volgt: "Generale deputaten geestelijke verzorging Koopvaardij". *  Tevens wordt in deze vergadering de nieuwe instructie vastgesteld, *  waarvan de algemene opdracht luidt: "Behartiging van de geestelijke verzorging van de zeevarenden en van hen die voor de zeevaart in opleiding zijn, voorzover mogelijk ook van de zeevarenden van andere naties".

In de loop van de jaren verbreden de werkzaamheden zich steeds meer. Dit uit zich in bepaalde nieuwe werksoorten, zoals bijvoorbeeld:- de geestelijke verzorging van zeevarenden uit de derde wereld die ons land aandoen;- de geestelijke verzorging van de werkers in de baggerbedrijven. Voor dit laatste wordt een oplossing gezocht in interkerkelijke samenwerking. In 1979 meent het breed moderamen van de generale synode van Delft dat de mobiliteit van de predikanten bevorderd moet worden. Voor de uitvoering van hun werkzaamheden onderhouden deputaten regelmatig contact met de moderamina van de Landelijke Hervormde Zeemansraad, de Nederlandse Zeemanscentrale, de Stichting Pastoraat Werkers Overzee en de Koopvaardij-deputaten van de Christelijke Gereformeerde Kerken (voorheen Contactraad genoemd). Opvallend is dat in een vergadering van het breed moderamen van de generale synode van Bentheim in 1982 weer wordt teruggekeken in de geschiedenis. Er wordt opgemerkt: (.....) "kerken op te wekken contact met varende leden te onderhouden, zowel door huisbezoek als correspondentie en meeleven met achterblijvende gezinnen". *  ook in deze tijd wordt er meer aandacht besteed aan het functioneren van classicale deputaten. Tot slot valt nog te vermelden dat in 1983 de predikantsplaats voor de koopvaardij te Curaçao gehandhaafd blijft, ondanks alle gesprekken om dit werk te beëindigen, en de plaats te Durban (Z.A.) wordt opgeheven.