De Vereniging van Vrijzinnige Hervormden in Nederland heeft over het land verdeeld ongeveer 7000 leden. Voor het allergrootste deel zijn deze georganiseerd in afdelingen, voor een klein gedeelte zijn zij verspreide leden verbonden aan de provinciale vereniging in het gewest van hun woonplaats. De afdelingen zijn in federatief verband georganiseerd in één van de 10 provinciale verenigingen. (Noord-Brabant en Limburg zijn in één provinciale vereniging ondergebracht). De 10 provinciale besturen vormen samen het hoofdbestuur in die zin dat door ieder provinciaal bestuur één lid van dit hoofdbestuur wordt benoemd, alsmede een vervanger.

Door de algemene vergadering wordt het dagelijks bestuur benoemd. Dit bestaat uit een eerste en tweede voorzitter, eerste en tweede secretaris, eerste en tweede penningmeester en maximaal 3 assessoren. De secretaris voor algemene zaken maakt als adviserend lid deel uit van het hoofdbestuur.

De vereniging kent voorts een aantal vaste commissies, te weten:
- de Perscommissie, wiens taak hoofdzakelijk de verzorging van het officiële orgaan Kerk en Wereld is.
- de Commissie voor de studiekas, een zelfstandige commissie die gelden verzamelt ten bate van subsidies aan studenten in de theologie van vrijzinnige modaliteit.
- de Commissie opbouwfonds-Propagandacommissie, eveneens een zelfstandig werkende commissie met de opdracht gelden in te zamelen voor het steunen van personen en verenigingen die op enigerlei wijze het vrijzinnig protestantisme bevorderen. Zij geeft financiële steun aan godsdienstprediking, godsdienstonderwijs, aanstellen van voorgangers, verkiezingsactie enz.
- de Vertrouwenscommissie inzake beroepingsaangelegenden, met de opdracht te bemiddelen tussen voorgangers en gemeenten of afdelingen in de ruimste zin van het woord, alsmede het geven van advies aan voorgangers, gemeenten of afdelingen inzake geestelijke verzorging.
- de Commissie voor geschillen, die geraadpleegd kan worden in geval van ernstig meningsverschil tussen voorganger en afdeling c.q. gemeente.
- de Financiële Commissie met opdracht de penningmeester bij te staan in geval van moeilijke beslissingen op financieel terrein; zij is tevens aangewezen jaarlijks controle uit te oefenen op het beheer en daarover verslag uit te brengen op de jaarvergadering.

De Vereniging kan voorts commissies instellen met een eenmalige opdracht. Bij de Vereniging staan als vrijzinnig te boek ongeveer 90 dienstdoende predikanten en omstreeks 150 emeriti, godsdienstonderwijzers en in beroepen buiten de kerkelijke gemeenten werkende theologen. De Vereniging is met drie afgevaardigden vertegenwoordigd in de Centrale Commissie voor het Vrijzinnig Protestantisme. In deze commissie werkt de Vereniging samen met de Nederlandse Protestanten Bond, de Remonstrantse Broederschap, de Doopsgezinde Sociëteit, de Vrijzinnige Luthersen, de Vrijzinnige Zondagschoolvereniging, de Vrijzinnig Christelijke Studentenbond en de Vrijzinnig Christelijke Jeugdcentrale. Behalve hierin is de Vereniging vertegenwoordigd in de Nederlandse Protestanten Bond, het Centraal Secretariaat van het Vrijzinnig Protestantisme, de Vrijzinnige Centrale voor Maatschappelijk Werk en de Commissie Nieuwe Gebieden. Nauw verwant aan de Vereniging is de Vrijzinnig Hervormde Vrouwenfederatie. Deze is opgebouwd uit de provinciale Vrijzinnig Hervormde Vrouwen Federaties, die op hun beurt weer gevormd worden door de plaatselijke verenigingen.