Aanvankelijk (1890-1947) was 'Missie' een onderdeel van het geheel van het Bestuursarchief van de Nederlandse Minderbroedersprovincie. Een pater 'Procurator' zorgde voor allerlei zaken betreffende de Missie. Zijn archief was dus deel van het geheel. In 1947 werd een eigen Missiebureau opgericht. Eerst gevestigd in Weert, waar toen ook het Provincialaat gevestigd was, verhuisde het in 1959 naar Woerden, in 1977 naar Haarlem en in 1983 naar Leiden. Sinds oktober 1994 is het weer gevestigd in het Provincialaat, nu in Utrecht. Dit Missiebureau, 'de Procuur', had zijn eigen archief. Dit archief was niet direct opgezet naar de 'maatstaven van een archivaris', maar er werd bewaard wat nodig was. Pas in 1970 gaf J. Haakman, werkzaam op de administratie van het Provincialaat in Weert (later Utrecht), aanwijzingen voor een archiefopbouw aan het missiebureau in Woerden. Aan de hand van de taakverdeling ordende men enigszins het archief:
- van de directeur van het Missiebureau (Hoofdprocurator): contacten met personen en instituten; alg. leiding e.d.
- van de afdeling financiën;
- van de afdeling personeelszaken;
- van de afdeling passage, inkoop, verscheping, expeditie (materiële behoeften e.d.);
- van de afdeling ontwikkelingsprojecten;
- van de afdeling fondsverwerving en propaganda en publiciteit.

De missiegebieden werden daarbij per land onderscheiden. Er werd ook een scheiding gemaakt tussen statisch en dynamisch archief. Het lopend (dynamisch) archief werd regelmatig uitgedund en ondergebracht bij het statisch archief. Er was al in 1962 een lijst gemaakt (door Elzearius Bonke) waarop de inhoud van 87 archiefdozen werd vermeld (plaatsingslijst). Met het statisch archief werd feitelijk weinig gedaan. Heel af en toe moest er wel eens iets opgezocht worden, maar verder was het echt 'statisch'. Het 'Projectenarchief' bleef erg lang 'lopend archief', nog lang nadat een project afgehandeld was. Want er werd nogal eens navraag gedaan i.v.m. de financiering. De afdeling Propaganda vroeg af en toe een project op voor een of andere actie en dat werd dan uit dat archief opgezocht. Ook de afdeling Financiën kreeg nog wel eens een verzoek uit een missiegebied om het een en ander na te zoeken. In 1947 werd een aparte Missiesecretaris benoemd. Hij had tot taak de persoonlijke- en familie-aangelegenheden te behartigen, vakanties te regelen en dergelijke. Dat hij daardoor ook missiegebieden moest visiteren volgde vanzelfsprekend. Zijn archief is redelijk bewaard. In 1987 werd het laatste missiegebied (Irian Jaya) onafhankelijk van de Nederlandse Provincie. Al eerder hadden andere gebieden dit proces meegemaakt. Daardoor verminderde natuurlijk ook het aantal archiefstukken. Besloten werd om het geheel aan archivaria in Utrecht bij het Provinciaal Archief onder te brengen. De verschillende archieven van de Missie-procuur in Leiden, de archieven van de missie-secretarissen en alles uit het Bestuursarchief wat op de Missie betrekking had werden bij elkaar gevoegd. Voor zover dat mogelijk was is getracht de oude ordening van de Procuur - conform het herkomstbeginsel - te herstellen.

Een aparte vermelding geldt voor het China-archief. Omdat door politieke omstadigheden in 1946 alle archiefstukken in China verloren zijn gegaan, heeft de in Nederland teruggekeerde bisschop van Luanfu, Mgr. Kramer, opdracht gegeven dit archief te reconstrueren. Tot zijn dood in 1973 heeft pater Eric Uppenkamp, oud-missionaris, met veel succes deze opdracht vervuld. Mgr. Kramer liet het geheel overbrengen naar zijn kamer in Katwijk, om er het door hemzelf opgebouwde archief bij te voegen en er zo een geheel van te maken. Dit gereconstrueerde China-archief berust nog bij Mgr. Kramer in Katwijk. Er is een plaatsingslijst van gemaakt, die ter inzage ligt op het Provincialaat in Utrecht.

Het verdient aanbeveling bij een eventueel archiefonderzoek de persoonsarchieven van de missionarissen te raadplegen, daar zij correspondentie en verslagen bevatten aangaande de missie. Deze archiefbescheiden zijn op het Provincialaat in Utrecht te raadplegen. Het Provincialaat Franciscanen is gevestigd in de Deken Roesstraat 13 te Utrecht.