Omstreeks 1585 dreven de oorlogsomstandigheden de gebroeders Andries en Daniel van der Muelen (ook: Meulen) ertoe hun geboortestad Antwerpen te verlaten, waar zij een bloeiende handelsfirma hadden. Ook hun moeder, zusters en andere familieleden verlieten de stad. Andries van der Muelen vertrok naar Bremen, maar verhuisde omstreeks 1608 naar Utrecht. Zijn jongere broer Daniel, wiens nakomelingen zich Van der Meulen noemden, vestigde zich te Leiden. Van hem is een uitvoerige handels- en familiecorrespondentie bewaard gebleven, thans bewaard op het gemeentearchief te Leiden. Van deze correspondentie is een uitgave in bewerking, waarvan het eerste deel in 1986 is verschenen als nr. 196, Grote Serie, van de Rijks Geschiedkundige Publicatiën. Het hier beschreven archief is dat van Andries van der Muelen en zijn nageslacht. Handelscorrespondentie treffen we er niet zoveel in aan, wel is het rijk aan familiebrieven uit de zeventiende en achttiende eeuw, waarin tal van bijzonderheden over het reilen en zeilen van Utrechts en Amsterdamse regentenfamilies aan het licht komen, zoals onder andere uit een recente publikatie gebleken is. * 

Andries senior was getrouwd met Susanna de Malapert en dreef handel samen met zijn zwager Nicolaas de Malapert. Zijn gelijknamige zoon, die leefde van 1591 tot 1654, trouwde met de Delftse regentendochter Machteld Catharina van Santen. Daarna vinden we voortdurend huwelijken tussen Van der Muelens en Amsterdamse regentenfamilies, zoals Huydecoper, Deutz en Coymans, afgewisseld met enkele De Geers, en, in de achttiende eeuw, weer een De Malapert. Met het handel drijven lijkt het dan afgelopen te zijn. De Van der Muelens zijn renteniers en regenten geworden en nemen deel aan het politieke leven als lid van een vroedschap of van de staten van Utrecht. Zij hebben dan onroerende goederen en heerlijkheden verworven en wonen 's zomers in fraaie buitenverblijven, zoals het landgoed Dennenburg te Driebergen, dat van 1723 tot 1889 in de familie is gebleven.

De politiek werd in de jaren 1785-1788 een struikelblok voor de goede verstandhouding tussen twee broers Van der Muelen, van wie de jongste, Pieter Jacob, in 1787 het land moest verlaten wegens zijn patriotse activiteiten, terwijl Jan Carel als lid van de vroedschap van Utrecht in de loop van 1786 zijn toevlucht zocht in Driebergen, van waar hij pas na de staatsgreep van het najaar 1787 kon terugkeren. Uitvoerig beschreef hij die woelige jaren in een dagboek, bijgehouden van 1786 tot 1789. Na die tijd schijnt hij zich wat uit de politiek te hebben teruggetrokken. Hij hield zich bezig met genealogie en met het ordenen van het familiearchief. Hij legde de ruim 2500 brieven in chronologische volgorde en voorzag ze van opschriften. Hetzelfde deed hij met de binnengekomen familieberichten, die hij liet inbinden en waarop hij bovendien een alfabetische index maakte. Ook vele andere familiepapieren zijn-vermoedelijk door hem-ingebonden, hetgeen heeft bevorderd dat het archief in goede staat is gebleven. Uit de negentiende eeuw zijn slechts incidenteel wat stukken bewaard.

In 1936 heeft jhr. Johan Carel Eliza van der Muelen te Zeist het archief in bewaring gegeven bij het rijksarchief in Utrecht. Na het overlijden van de eigenaar werd het archief eigendom van het Rijk krachtens een testamentaire beschikking. Het was al in 1936 voorlopig geïnventariseerd door de toenmalige chartermeester R. van Royen, maar deze heeft de banden met archiefstukken niet uit elkaar willen halen. In de loop der jaren bleek dit bij het raadplegen van het archief toch bezwaren op te leveren; bovendien bleken sommige banden materieel niet goed bestand tegen de herhaalde raadpleging, zodat de noodzakelijkheid van een herordening zich steeds meer deed gevoelen. In de onderhavige inventaris is een indeling aangebracht, die aansluit bij de tegenwoordig gevolgde praktijk van ordenen van familiearchieven, hetgeen pas kon worden geëffectueerd na het uiteennemen van de achttiende-eeuwse banden.

Het archief van het landgoed Dennenburg, dat ruim 150 jaar door leden van de familie Van der Muelen bewoond is geweest, is door latere eigenaren in het rijksarchief in Utrecht in bewaring gegeven, maar maakt geen onderdeel uit van het hier beschreven familiearchief Van der Muelen.