Tijdens de synode van de Christelijke Afgescheiden Gereformeerde Kerk, die in 1854 te Zwolle werd gehouden, kwam voor de eerste maal het archief van de kerk ter sprake. Door één van de synodeleden werd opgemerkt "dat de Kerk wel behoefte krijgt aan eenen Archivarius, tot bewaring der stukken, die der Kerk toebehooren". * 

De synode nam deze opmerking onmiddellijk ter harte en benoemde ds. S. van Velzen, een van de voormannen der Afscheiding, als archivaris. Over het werk van deze archivaris tasten we in het duister. In de synodehandelingen vinden we hierover niets vermeld. Dat de archivaris zich over meer zaken dan archiefstukken ontfermde, blijkt uit de handelingen van de synode van de Christelijke Gereformeerde Kerk te Zwolle (1882). Hieruit vernemen we dat "de Archivarius wordt belast met de zorg voor het Meublement dezer Synode; tevens wordt hij gemachtigd om het laken voor de tafel en den lessenaar der Curatorenzaal benoodigd, van hetzelve aftenemen". * 

Uit dit citaat wordt wel duidelijk dat aan de archiefzorg bij de kerken der Afscheiding niet bijster veel aandacht is besteed. Bij de Nederduitsche Gereformeerde Kerken (doleerende) werd reeds tijdens de (eerste) voorlopige synode over het bijhouden van het kerkelijk archief gesproken. In de synodezitting van 29 juni 1888 wees men de kerk van Amsterdam voorlopig als archiefbewarende kerk aan.

Na de vereniging van beide kerkgenootschappen werd de archiefzorg voor het eerst geregeld. De synode van Dordrecht (1893) besloot aan de kerk van Amsterdam definitief de synodale archieven in bewaring te geven. Deze kerk had als deputaat van de generale synode er tevens voor te zorgen dat het archief geordend werd. Tot archivaris benoemde de kerk ds. H.W. van Loon. Deze werd tevens belast met het opsporen van archivalia, die tot het synodearchief behoren, doch nog in particulier bezit waren. In 1899 meldde ds. H.W. van Loon dat het archief van de voormalige Christelijke Gereformeerde Kerk, dat in het gebouw van de Theologische School te Kampen werd bewaard, naar de nieuwe archiefbewaarplaats in het lokaal Kerkstraat 109 te Amsterdam was overgebracht. Een poging om het archief van de Gereformeerde Kerk onder het kruis in handen te krijgen, mislukte. * 

Reeds spoedig bleek dat de bewaarplaats aan de Kerkstraat niet zo veilig was, want in 1911 brak in dit gebouw brand uit. De behoefte aan een brandvrije archiefbergplaats werd door de synodeleden nu toch wel gevoeld. Besloten werd een kluis in het souterrain van de Keizersgrachtkerk te Amsterdam aan te brengen, waarin de archivalia brandvrij konden worden opgeborgen. In juni 1913 kon deze kluis in gebruik genomen worden. Helaas, in de loop der jaren bleek de ruimte wel brandvrij maar niet vochtvrij te zijn. Er werd dan ook in 1927 besloten om in de in aanbouw zijnde Nassaukerk te Amsterdam een gedeelte van een brandvrije kluis te huren. Ook deze kluis bleek niet vochtvrij. Het deputaatschap, dat met het toezicht op het archief was belast, rapporteerde in 1930 aan de synode dat op het tijdstip van zijn bezoek aan de kluis "een zekere schimmellucht duidelijk was waar te nemen en dat de verschillende archiefstukken zelfs min of meer vochtig aanvoelden". * 

Er moest nu opnieuw gezocht worden naar een betere oplossing voor de bewaring van het archief. En die oplossing zou buiten Amsterdam moeten liggen. Tijdens de synode van Middelburg (1933) werd de kerk van 's-Gravenhage-West als archiefbewarende kerk aangewezen. Zo kwam in mei 1936 het archief terecht in een kluis in de kelder van de Haagse Westduinkerk. Bijna twintig jaar zou het archief aldaar worden bewaard. Maar ook hier waren de moeilijkheden niet van de lucht. Tijdens de bezetting lag de Westduinkerk in het gebied dat in verband met de verdediging van de kust moest worden ontruimd. Gelukkig bleef het kerkgebouw in gebruik voor de wekelijkse godsdienstoefeningen. Zodoende kon ook het archief op zijn plaats blijven.

Enige jaren na de oorlog, in 1949, drong grondwater in de kluis binnen. Vrijwel het gehele archief werd met een dikke laag schimmel bedekt. De toenmalige archivaris, dr. Th. Ruys, zag zich genoodzaakt de kluis leeg te halen en de stukken op het grasveld bij de kerk in de zon te drogen te leggen. Het valt licht te begrijpen dat, nadat de archivalia aldus waren uitgespreid, van een bepaalde orde in de stukken niet veel meer over was. Na de dood van dr. Ruys in 1953 werden enige veranderingen doorgevoerd. Voortaan zou er geen archiefbewarende kerk meer worden aangewezen, doch zou er een archivaris rechtstreeks door de synode worden benoemd. Deze kwam er in de persoon van H. Hoekstra, voormalig predikant van de kerk van Hoogvliet. Het werd ook hoog tijd dat het archief naar een andere en betere ruimte werd overgebracht. Een tijdelijke oplossing werd gevonden door de stukken onder te brengen in het Gemeentearchief van Rotterdam. Dit geschiedde op 10 november 1955. In deze bewaarplaats werden verschillende archivalia gerestaureerd. Hoekstra gaf in zijn eerste rapport aan de synode van Leeuwarden (1955) het volgende trieste beeld van de toestand waarin het archief verkeerde: "Het archief, zoals uw archivaris het aangetroffen heeft, is practisch ongeordend en onbeschreven. De laatste zwakke sporen van gedane inventarisatie dateren van circa 1911, terwijl het nog zeer de vraag is of de aangebrachte orde bewaard gebleven is; de later verkregen aanwinsten zijn niet meer beschreven. Het gevolg van dit alles is, dat er op het ogenblik in 't geheel niemand in onze kerken is, die weet wat het archief bevat, en welke leemten en hiaten er in zijn (vermoedelijk is er in de loop der jaren heel veel verloren gegaan)". * 

Zo zag Hoekstra zich geplaatst voor de omvangrijke arbeid van de inventarisatie van het gehele synodale archief, een arbeid die hij niet heeft kunnen voltooien. Na zijn vertrek in 1968 werd, onder meer om financiële redenen, geen nieuwe archivaris benoemd. Deputaten voor toezicht op het algemeen kerkelijk archief namen de taak van Hoekstra over. De uitvoerende werkzaamheden, zoals de afronding van de inventarisatie van de synodale archieven, werden opgedragen aan J.C. Okkema, verbonden aan de Gemeentelijke Archiefdienst te Rotterdam. De inventarisatie kwam in 1975 gereed. In dat jaar werd de inventaris van de synodale archieven in opdracht van de generale synode uitgegeven bij uitgeverij Kok te Kampen. Okkema nam het archivariaat waar tot 1980, toen de synode weer overging tot de benoeming van een fulltime archivaris in de persoon van C.J. de Kruijter. De synodale archieven hadden toen ook hun langste tijd in Rotterdam doorgebracht.

Op 22 januari 1981 werden ze overgebracht naar de bewaarplaats in het Dienstencentrum van de Gereformeerde Kerken in Nederland te Leusden. De archiefruimte in het Dienstencentrum kon vanwege de grote aanwas van archieven al spoedig de hoeveelheid materiaal niet meer bevatten. Vandaar dat deputaten voor de Archieven en het kerkelijk Kunstbezit besloten de synodale archieven en archieven van generale deputaatschappen in bewaring te geven bij het Rijksarchief in Utrecht.

In 1983 vond de overbrenging plaats. Inmiddels was er in de loop van de jaren zoveel ongeïnventariseerd materiaal aan de synodale archieven toegevoegd, dat het nodig was een nieuwe herziene en uitgebreide inventaris het licht te doen zien. De auteur nam de bewerking op zich met medewerking van P. van Beek, sinds 1983 assistent-archivaris van de Gereformeerde Kerken, onder verantwoordelijkheid van de rijksarchivaris in de provincie Utrecht. De in de inventaris beschreven archieven zijn de archieven van de achtereenvolgende synoden. Conform de structuur van de Gereformeerde Kerken in Nederland zijn de in deze inventaris beschreven archieven ingedeeld per synode. ledere synode met een nieuw gekozen bestuur is in feite een archiefvormend lichaam. Als regel is per synode de volgende indeling aangehouden: vergaderagenda, acta (met bijlagen), credentiebrieven en presentielijsten, ingekomen stukken en minuten van uitgegane stukken, rapporten, bijzondere onderwerpen (zoals leergeschillen, oecumenische aangelegenheden). Van verschillende synoden zijn gedrukte toespraken van de gebedsdienst en van de opening bewaard gebleven.

Deze stukken zijn voor de vergaderagenda geplaatst. De foto die in opdracht van de synode werd gemaakt, is telkens aan het eind opgenomen. De inventaris bevat tevens een beschrijving van het gedeponeerde archief van de Commissie tot het stichten van een Geuzenkerk te Brielle, gedeponeerde archivalia, alsmede een documentatie van boeken en brochures, die voor de geschiedenis van de Gereformeerde Kerken van belang zijn. Daarbij werd in hoofdzaak uitgegaan van drie criteria, te weten publicaties, die verschenen zijn onder verantwoordelijkheid van de synoden, die een directe relatie hebben met in de vergaderingen behandelde onderwerpen en bronnenpublicaties. Daar de stukken uit de in 1975 verschenen inventaris thans onder gewijzigde nummers zijn vermeld, is de oude inventaris voor het gebruik komen te vervallen. Ten behoeve van de onderzoeker is in de onderhavige inventaris een concordantie op de oude en nieuwe nummering opgenomen. Een lijst van alle moderamenleden van de synoden is als bijlage opgenomen.