Het resultaat van de eerste inventarisatie werd neergelegd in de Inventaris archieven Van Boetzelaer door E.P. Polak-de Booy, Utrecht 1965 (gestencild). Deze thans vervallen inventaris bevatte 889 nummers. Een nieuwe ordening, wenselijk geworden door de aanwinsten die het archief in de loop der jaren had gekregen, gaf gelegenheid de tekortkomingen van de oude inventaris te herstellen. De beschrijvingen zijn gemoderniseerd en gebleken fouten zijn verbeterd. Ook is de volgorde van de bestanddelen gewijzigd, zodat de collectie De Groot nu achteraan is beschreven. Toen de archieven van Dubbeldam, Kijfhoek en Asperen in bewaring werden gegeven was de eerste inventarisatie al te ver gevorderd om wijzigingen in de volgorde aan te brengen. Ten behoeve van verwijzingen in de literatuur naar de thans vervallen inventaris is aan de nieuwe, die 1179 nummers bevat, een concordantie toegevoegd.

De wijze van scheiding tussen stukken van persoonlijke en van zakelijke aard is dezelfde gebleven als in de oude inventaris. Dat wil zeggen dat laatstgenoemde categorie alleen die stukken bevat welke de neerslag zijn van een administratie gevoerd door meer leden van de familie na elkaar. Andere stukken van zakelijke aard zoeke men bij de personen op wie ze betrekking hebben.

Twee zaken zal men in deze inventaris missen: een aantal genealogische tabellen en een regestenlijst. De genealogische tabellen waren grotendeels overbodig geworden sinds de publikatie van het hiervoor genoemde werk van Des Tombe (zie noot 2). Bovendien is nu in de kopjes van de hoofdstukken relevante genealogische informatie opgenomen. Alleen van de opvolging van Dubbeldam, Kijfhoek, Asperen en de kist van De Groot zijn tabellen gemaakt die men in de bijlagen 2 tot en met 4 kan raadplegen.

Aan een regestenlijst kleeft het bezwaar dat deze nogal willekeurig is. Sommige regesten zijn niet meer dan een herhaling van de beschrijving in de inventaris, andere, van meer inhoudrijke stukken, geven een selectie van gegevens, waarvan men zich altijd kan afvragen waarom het ene gegeven wel, het andere is niet opgenomen. Bovendien is het niet zeer consequent om alleen van stukken vóór een bepaald jaar regesten te maken en andere, misschien meer belangrijke stukken, daarbuiten te laten. Om die reden is hier naar een andere oplossing gezocht. Van de stukken waarvan in de oude inventaris regesten zijn gemaakt, zijn de beschrijvingen nu zo nodig iets uitgebreid. De beschrijvingen van afschriften van de middeleeuwse stukken zijn nu hetzij in een specificatie bij het betreffende nummer te vinden, hetzij in een afzonderlijke bijlage. Het laatste is het geval met de collectie afschriften die Zweder van den Boetzelaer in 1669 heeft vervaardigd. Dit heeft bovendien het voordeel dat men nu een duidelijker inzicht krijgt in de samenstelling van het indertijd op het slot Boetzelaer aanwezige archief, dan wanneer deze stukken verspreid in een regestenlijst beschreven zijn.