De Nederlandse broedergemeenten buiten Zeist zijn nooit groot geweest. Kortstondig werd te Amsterdam en Haarlem een ledental van 100 of meer bereikt, maar meestentijds lag dit daar ruim onder. Wel werden de Hernhutter bijeenkomsten vaak door niet-broedergemeenteleden bezocht, zodat de invloed van de beweging zich uitstrekte tot buiten de eigen kring. De bestuursorganisatie is dan ook altijd, in tegenstelling tot die van de grotere gemeenten, eenvoudig geweest. Zeist, de moedergemeente in Nederland, en Herrnhut, waar de centrale organen van de Uniteit waren gevestigd, hadden een belangrijke stem in de besluitvorming bij belangrijke aangelegenheden. De rol van Herrnhut werd na 1947 overgenomen door de Direktion der Europäisch-Festländischen Brüder- Unität te Bad Boll (BRD).

De spil en drijfkracht van de kleinere gemeenten was de predikant, met zijn vrouw vaak als Gemein-Arbeiter aangeduid, die werd benoemd door de Uniteit. Qualitate qua was hij voorzitter van de oudstenraad (Ältestenrat), vergelijkbaar met het kerkbestuur bij de andere protestantse kerkgenootschappen. Er is niet altijd sprake van een oudstenraad. In Amsterdam bv. zijn wij deze alleen in het begin optreden, in Haarlem helemaal niet voor 1877. In dat geval werden de bestuurlijke zaken door andere kolleges of Conferenze (waarover later meer) behartigd. De meer algemene aangelegenheden werden besproken in de Gemeinrat, een soort algemene ledenvergadering, die ook in voorkomende gevallen uit haar midden de leden van de oudstenraad aanwees.

Van 1806 tot 1859 werd Haarlem, bij ontstentenis van een predikant, een dépendance van Zeist. Aanvankelijk werd vanuit Zeist een voorstander en een Gemeinhelfer (een lid dat kerkelijke bijeenkomsten leidde) aangewezen. In 1837 werd een nieuw bestuursorgaan in het leven geroepen, het Gemein-Komité. Dit kollege kreeg tot taak, onder supervisie van Zeist, alle plaatselijke aangelegenheden op geestelijk en materieel gebied te regelen. Het kreeg ook de armenzorg opgedragen. In 1859 werd dit komité met de komst van de predikant Hentschel weer opgeheven. In 1936 werd binnen de kring Amsterdam, vooruitlopend op de door haar verhoopte zelfstandigheid als gemeente, een "Comité tot behartiging van de belangen der Evangelische Broedergemeente te Amsterdam" opgericht, dat ressorteerde onder predikant en oudstenraad van Haarlem. Het aantal leden in Amsterdam groeide zodanig, dat vanaf 1947 een gemeenschappelijke oudstenraad van Haarlem en Amsterdam optreedt. Deze toestand werd door de Direktion der Europaïsch-Festländischen Brüder-Unität te Bad Boll in 1953 bevestigd.

Binnen de oudstenraad was de voorstander (Vorsteher) een belangrijke funktionaris. In Amsterdam is soms sprake van een kollege van voorstanders. Deze persoon of dit kollege regelde alle zakelijke aangelegenheden van de gemeente en hield de boekhouding bij. Ook het beheer van de gelden van de armenkas was aan hem opgedragen. Wanneer het ledental zodanig achteruit liep, dat de funktie van voorstander nauwelijks meer inhoud had, nam de predikant diens taak over.

Naast de predikant funktioneerden meerdere Conferenze, die vaak van gemeente tot gemeente van samenstelling en naam verschilden. Ook is door de verwarrende en dikwijls van betekenis wisselende benamingen niet altijd precies vast te stellen, wat hun taak was. In Haarlem trad in bepaalde gevallen een Beirat op, een kollege van bijstand voor de predikant; haar leden kunnen worden vergeleken met de ouderlingen bij de protestantse kerken. De Schwestern-Beirat hield zich onder leiding van de predikant vooral bezig met de opvang van meisjes uit Duitsland. In Amsterdam wordt in 1770 een kollege van Arbeiter ingesteld, dat vooral belast is met het geestelijk toezicht op de verschillende koren. Dit wordt later de taak van de Diener- of Helfer-Conferenz. De Diaconie-Conferenz-Diaconie in de betekenis van gemeentekas-hield toezicht op de inkomsten en uitgaven, de Haus-Conferenz op alles wat met het Gemeinhaus te maken had. Daarnaast hadden de Hernhutters de gewoonte om alle gelegenheden, waarbij over iets werd overlegd of beslist, een Conferenz te noemen.

In normale omstandigheden werd in de oudstenraad van een gemeente beslist over de opname van nieuwe leden. Voor de buiten Zeist gelegen gemeenten was de uiteindelijke beslissing hierover in handen van de oudstenraad van de moedergemeente. In de 18e eeuw was het echter in de Broedergemeente gebruikelijk om op allerlei terreinen, zoals bevestiging van benoemingen, het toelaten van leden, de aanwijzing van huwelijkspartners of de aankoop van gebouwen, vooraf Christus als General-Aelteste te raadplegen. Dit geschiedde door het werpen van het lot als de meest objektieve wijze Gods Wil te herkennen. De hierbij gebruikte Loswürfel konden de gestelde vraag bevestigen, ontkennend of onbeslist (ledig) beantwoorden, in welke laatste geval de beslissing na verloop van tijd opnieuw kon worden onderworpen aan het lot. In de 19e eeuw stapte men geleidelijk af van dit gebruik.

Kenmerkend voor de organisatie van de plaatselijke broedergemeenten was de indeling van de leden in de reeds eerder vermelde koren. Dit waren in de eerste plaats het koor van de gehuwde broeders en dat van de gehuwde zusters, de koren van de ongehuwde broeders en zusters, het koor van de weduwnaren en dat van de weduwen, en tenslotte de koren van de jongens en de meisjes. In de grotere gemeenten, zoals Zeist, bezaten de koren elk hun eigen koorhuis (behalve die der gehuwden en van de kinderen). In de kleinere werd een dergelijke indeling in koren wel aangehouden, maar alleen de gemeente te Amsterdam kende een broederhuis, dat veelvuldig van onderkomen wisselde, en tijdelijk ook een zusterhuis. De geestelijke leiding van de verschillende koren berustte bij de zgn. koorarbeiders, het financiële toezicht in de bestaande koorhuizen bij een aparte voorstander.

Organisatorisch vertoonden de veel kleinere gemeenten te Akkrum en Blokzijl weinig verschil met die van Amsterdam en Haarlem. Ook hier werden predikanten benoemd door de Uniteit en, hoewel geen stukken daarvan zijn bewaard gebleven, mogen wij aannemen, dat daar een kollege als oudstenraad is opgetreden. Van andere organen of functionarissen, zoals die in Zeist werden aangetroffen, is in de beide noordelijke gemeenten geen spoor te vinden.