Ondanks het feit, dat de beide heerlijkheden nu in één hand waren, versmolten ze toch niet tot één geheel, daar ze niet aan dezelfde instantie leenroerig waren. Het Overeind was namelijk leenroerig aan het Huis van Loenersloot, het Nedereind aan de Staten van Utrechte Beide heerlijkheden hadden dan ook hun eigen schepenen. De schout en de secretaris hadden ze echter in de tijd van de Malaperts gemeenschappelijk, waarschijnlijk doordat de benoemingen daartoe ter beschikking van de ambachtsheer stonden, die nu voor belden dezelfde was. Het patronaatsrecht van de kerk van het dorp Jutphaas, gelegen in het Nedereind, behoorde aan de heer van Oudegein, sinds 1701 aan die van Rijnhuizen. De Vaartse Rijn was de scheiding tussen Over- en Nedereind, waarvan de grenzen waren als volgt. Voor het Overeind: in het Noorden vanaf de Vaartse Rijn de heerlijkheid Oost-Raven, in het Oosten de heerlijkheden Houten, Wulven en Waayen, in het Zuiden tot aan de Vaartse Rijn de hoge heerlijkheid Vrees
wijk; voor het Nedereind: in het Zuiden vanaf de Vaartse Rijn de hoge heerlijkheid Vreeswijk, in het Westen de baronie van IJsselstein en in het Noorden tot aan de Vaartse Rijn de heerlijkheden Heicop en Galecop. Daar de beide heerlijkheden zelfstandig waren, konden ze dus ook afzonderlijk vererven, zoals dat in 1688 gebeurde na het overlijden van Leonora d'Ablaing, de (op 8 October 1668 met Godfried Kriwitz von Tarnewitz hertrouwde) weduwe van Louis de Malapert (1615-1663). Toen viel het Overeind van Jutphaas ten deel aan de oudste zoon: Louis, het Nedereind aan Pieter.

Lang heeft deze splitsing overigens niet geduurd, want reeds in 1691 kwam door het overlijden van de ongehuwde Louis ook het Overeind aan Pieter. Daarna blijven de beide Einden steeds ongescheiden in handen van de oudste zoon, totdat ze in 1806 door Jan Jacob de Malapert, de laatste mannelijke afstammeling van het geslacht, als executeur-testamentair van zijn in dat jaar ongehuwd overleden broeder Pieter werden verkocht.