De totstandkoming van de eenheidsstaat na de omwenteling van 1795 opende de mogelijkheid tot eenmaking van het recht en beindiging van de bestaande rechtsonzekerheid en -ongelijkheid. Het na lange voorbereidingen op 1 januari 1809 ingevoerde Crimineel Wetboek voor het Koninkrijk Holland bracht een voor die tijd zeer humaan en mild strafrecht en betekende een grote vooruitgang vergeleken met de tijd van vóór de omwenteling De doodstraf bleek weliswaar gehandhaafd, maar de wreedheid bij de tenuitvoerlegging werd zoveel mogelijk vermeden. Voor het eerst werd de gevangenisstraf in het zeer uitgebreide strafstelsel een plaats gegeven. Gevangenisstraf kon worden opgelegd voor een door de rechter te bepalen tijd, welke niet langer mocht zijn dan 20 jaar. Hoewel het slechts twee jaar van kracht is geweest, heeft het Crimineel Wetboek belangrijke invloed uitgeoefend op het nederlandse strafrecht en de strafwetgeving in de 19e eeuw.

Over de tenuitvoerlegging van de gevangenisstraf werden in het Crimineel Wetboek regels gegeven. Er waren drie mogelijkheden: 1. De veroordeelde werd geplaatst in een afzonderlijk vertrek, afgescheiden van de andere gevangenen. Dit was de eenzame, later cellulaire opsluiting. 2. De veroordeelde werd geplaatst in de gewone vertrekken van de tuchthuizen of andere daarvoor geschikte plaatsen. Dit betekende dat de oude tuchthuizen, nu als gevangenis, in gebruik bleven. 3. De veroordeelde werd geplaatst in een afzonderlijk vertrek met de mogelijkheid bezoekers te ontvangen, voor zover de goede orde en de veiligheid van het huis dit toestonden. Het betrof hier dus een geprivilegieerde wijze van tenuitvoerlegging voor bevoorrechte personen, moeilijk te rijmen met de leuze van gelijkheid en broederschap.

De tenuitvoerlegging van de straf bracht echter grote moeilijkheden met zich mee. Aan de bouw van nieuwe gevangenissen had men niet gedacht. Dit betekende enerzijds, dat als alternatief zeer vaak verbanning werd opgelegd, anderzijds dat de bestaande tuchthuizen overvol raakten, wat op zichzelf aanleiding gaf tot allerlei misstanden. Ten aanzien van de gevangenisstraf bleef er een diepe kloof tussen datgene wat in het Crimineel Wetboek was vastgelegd en datgene wat daar in de praktijk van terechtkwam. Bij dekreet van 6 januari 1811 werden de wetten en besluiten van het franse keizerrijk voor de ingelijfde nederlandse gewesten executoir verklaard. Daardoor werd in ons land de franse Code Pénal van 1810 van kracht in plaats van het Crimineel Wetboek. Deze vervanging betekende een grote achteruitgang. Het franse strafstelsel was zeer hard en de afschrikking speelde daarin een grote rol. In de Code Pénal waren drie vormen van vrijheidstraf voorzien: dwangarbeid, deportatie en plaatsing in een strafinrichting. De laatstgenoemde straf kon worden opgelegd door plaatsing in een tuchthuis voor bestraffing met tenminste vijf jaar en ten hoogste levenslang, plaatsing in een verbeterhuis voor bestraffing met tenminste zes dagen en ten hoogste vijf jaar en plaatsing in een gevangenis voor een straftijd van ten hoogste zes dagen.

Na het herstel van de onafhankelijkheid in 1813 werd de Code Pénal voorlopig gehandhaafd, maar het was te verwachten dat er direkt pogingen werden ondernomen om te komen tot een eigen nationale wetgeving. Politieke ontwikkelingen hebben de totstandkoming van een eigen wetboek van strafrecht echter vertraagd. Dit betekende niet dat de Code Pénal ongewijzigd bleef. De doodstraf bleef weliswaar gehandhaafd, maar de scherpe exekutie werd afgeschaft. De dwangarbeid voor het leven werd vervangen door tuchthuisstraf voor ten hoogste 20 jaar, de tijdelijke dwangarbeid door tuchthuisstraf van ten hoogste 15 jaar. Dit betekende dat in het strafstelsel meer plaatst werd ingeruimd voor de vrijheidsstraf, maar deze accentverschuiving werd niet opgevangen door een behoorlijke organisatie en voldoende outillage van het gevangeniswezen. De oude tuchthuizen bleven in gebruik. Men was van oordeel, dat de gevangenissen zo weinig mogelijk moesten kosten en dat de produktie van de gevangenen zo hoog mogelijk moest worden opgevoerd, zodat het gevangeniswezen zichzelf zou kunnen bedruipen en liefst nog winst maken ook.

Bij K.B. van 26 oktober 1821 werd een “Raad van administratie over de gevangenissen in het Koninkrijk” ingesteld. Bij K.B. van 4 november d.a.v. werd de aanwijzing van bepaalde gevangenissen voor bepaalde kategorieën van gedetineerden met de daarbij behorende gevangenisregimes geregeld. Het bleef echter te veel steken in het papieren stadium. De gevangenissen waren feitelijk staatsfabrieken en de gevangenisarbeid werd voor een groot deel benut om leger en vloot goedkoop te kleden en uit te rusten Omstreeks het midden van de 19e eeuw komt in Nederland de vraag aan de orde welk doel met de tenuitvoerlegging van de gevangenisstraf, die een belangrijke plaats in het strafstelsel had verworven, werd beoogd. Tot dusver had men op de vraag, welke de uitwerking van de strafoplegging op de delinkwenten was, geen antwoord kunnen geven. De daarmee samenhangende wijze van tenuitvoerlegging had men tot nu toe slechts getoetst aan de maatstaven van uniformiteit en produktiviteit. Denkbeelden over strafexecutie, speciaal in Amerika en in Engeland, zijn van grote betekenis geweest voor de ontwikkeling van de opvattingen hierover in Nederland. Men zag zich voor de vraag gesteld welk gevangenisstelsel voor ons land gekozen moest worden: het Pennsylvania-stelsel met zijn eenzame opsluiting, het Auburn-stelsel, waarbij de gevangenen niet volstrekte afzondering, maar wel een spreekverbod werd opgelegd, dan wel een van de progressieve stelsels, waarvan vooral het Ierse de meest aangewezen variant was.

Zowel het stelsel van de afzonderlijke opsluiting als het progressieve Ierse stelsel had in Nederland zijn verdedigers. Het eerstgenoemde stelsel ondermeer in het Genootschap tot zedelijke verbetering van gevangenen, de oudste reklasseringsvereniging, opgericht in 1823. Het uitgangspunt daarbij was, dat vóór alles de nadelen van de ongeselekteerde gemeenschap voorkomen moest worden. De zedelijke verbetering van de gevangenen werd immers belemmerd door de invloeden van de slechte elementen in een gemeenschap. Afzonderlijke opsluiting zou dit onderlinge bederf voorkomen en mogelijkheden tot belnvloeding ten goede scheppen. Het Ierse stelsel heeft het moeten afleggen tegen het cellulaire stelsel, waarin men de steen der wijzen meende gevonden te hebben, Daarin, dacht men, zouden alle aspekten, die bij de strafoplegging en strafexekutie tot gelding dienden te komen, tot hun recht komen. De cel werkte immers afschrikwekkend, maar voorkwam tegelijkertijd onderlinge besmetting en maakte het mogelijk de gedetineerden individueel te verbeteren. Bovendien was het mogelijk door de cellulaire opsluiting de strafmaat nauwkeurig in overeenstemming te brengen met de mate van schuld, die de delinkwent door zijn misdrijf op zich genomen had.

In 1847 begon men met de bouw van de eerste cellulaire strafinrichting te Amsterdam. De wettelijke bekrachtiging van het cellulaire stelsel volgde op 28 juni 1851. De positie van het celstelsel werd gekonsolideerd in het Wetboek van Strafrecht, dat in 1881 tot stand was gekomen en in 1886 werd ingevoerd. Onder invloed van nieuwe denkbeelden in de kriminologie (Lombroso, Manouvrier, Ferri en Aletrino) werd het celstelsel in het laatste kwart van de vorige eeuw steeds feller bekritiseerd. De cel stompte de gevangene af, de grauwe eentonigheid was de slechts denkbare sfeer om tot opvoeding te komen. Aletrino keerde zich niet alleen tegen de cel omdat die vervreemdt van het gewone leven, maar ook tegen de uniforme tenuitvoerlegging van de celstraf. In 1881 had men de cel juist aangeprezen wegens de mogelijkheden tot individuele verbetering der gevangenen. In de praktijk was daar echter weinig van terecht gekomen. Het celstelsel is tenslotte doorbroken in 1918. Het grote aantal tot vrijheidsstraf veroordeelden in de oorlogsjaren had een nijpend gebrek aan ruimte in de gevangenissen veroorzaakt. De wet van 22 november 1918, de zgn. Noodwet, bepaalde dat iedere gevangenisstraf in gemeenschap kon worden ondergaan.

In 1946 stelde de minister van justitie een “Commissie voor de verdere uitbouw van het gevangeniswezen” in onder voorzitterschap van W.A.J.M. Fick, ten einde na te gaan, welke organisatorische maatregelen op het terrein van het gevangeniswezen en de reklassering, voor zover deze laatste in de strafinrichtingen plaatsvond, voor een goede en doelmatige tenuitvoerlegging voor vrijheidsstraffen gewenst waren. Deze kommissie bracht in 1947 rapport uit. De grondslagen van de daarin uiteengezette nieuwe opzet van het gevangeniswezen zijn met enige wijzigingen in 1951 vastgelegd in de nieuwe Beginselenwet Gevangeniswezen. Deze beginselenwet is met de Gevangenismaatregel, waarin een aantal onderdelen uit de wet nader is uitgewerkt, in 1953 van kracht geworden. Het is de wettelijke basis waarop de huidige tenuitvoerlegging van vrijheidsstraffen berust.

De drie belangrijkste pijlers, waarop het huidige gevangenisstelsel is gebouwd, zijn: cel en gemeenschap, selektie en differentiatie, behoud van het karakter van de straf maar met gelijktijdige voorbereiding van de terugkeer in de samenleving. Het cellulaire stelsel wordt in de Beginselen wet niet aanvaard. Dit betekende echter niet, dat men terug wilde naar de nauwelijks geselekteerde gemeenschap met alle daaraan verbonden nadelen, Het ging om te komen tot een synthese. Artikel 11 van het wetboek van strafrecht zegt hierover: Gevangenisstraf wordt naar gelang van de persoonlijkheid van de veroordeelde in algehele of beperkte gemeenschap dan wel in afzondering ondergaan. De selektie van de gevangenen wordt na 1953 een essentieel punt. Degenen die storend of bedervend op de gemeenschap der gevangenen kunnen werken moeten daaruit verwijderd worden. Selektie, het onderbrengen der veroordeelden in verschillende kategorien, heeft alleen zin bij verschillende gevangenisregimes, waarbij elk regime is aangepast bij de kategorie gevangenen, bestemd voor die gevangenis. Naast de vraag “cel of gemeenschap” en het beginsel van “selektie en differentiatie” heeft de derde en wellicht belangrijkste pijler betrekking op het doel dat met de exekutie van de gevangenisstraf wordt beoogd. Artikel 26 van de Beginselenwet zegt: Met handhaving van het karakter van de straf of maatregel wordt hun tenuitvoerlegging mede dienstbaar gemaakt aan de voorbereiding van de terugkeer der gedetineerden in het maatschappelijk leven.