In juni 1940, direct na de bezetting van Nederland door de Duitsers, is op initiatief van de Nederlandse Hervormde Kerk het Interkerkelijk Overleg (IKO) ontstaan. Geleidelijk aan is het aantal deelnemende kerken uitgebreid. Tijdens de Tweede Wereldoorlog namen de volgende kerkgenootschappen deel:
- Nederlandse Hervormde Kerk
- Rooms-Katholieke Kerk
- Gereformeerde Kerken in Nederland
- Gereformeerde Kerken in Hersteld Verband
- Christelijke Gereformeerde Kerken in Nederland
- Evangelisch Lutherse Kerk in het Koninkrijk der Nederlanden
- Hersteld Evangelisch Lutherse Kerk
- Algemene Doopsgezinde Sociëteit
- Remonstrantse Broederschap

In het begin was het doel van het IKO het gezamenlijk behartigen van de zaken van de kerk bij de overheid en op de bescherming van de kerkelijke belangen tegen de bezettende macht. Het IKO groeide al snel uit tot het centrum van het verzet tegen de Duitse overheersing. Het was een van de weinige bovengrondse vormen van verzet, hetgeen tot uiting kwam in kanselboodschappen, herderlijke brieven, getuigenissen en aan de hoogste Duitse gezagsdragers gerichte brieven. Duizenden predikanten en geestelijken hebben zondag aan zondag de boodschap van het Evangelie gebracht, te midden van de Duitse overheersing. In het laatst van de oorlog kwam de diaconale taak van de kerk op de voorgrond. De werkzaamheden van het IKO konden nu in drie groepen ondergebracht worden:
1. Het getuigen tegen het Nationaal Socialisme en wat daaruit voortvloeide: het verweer tegen de Jodenvervolging, de arbeidsdienst, de tewerkstelling in Duitsland, etc.
2. Het afweren van tegen de kerken gerichte maatregelen.
3. De zorg voor de door de Duitsers getroffen bevolkingsgroepen: Joden, onderduikers, kinderen, zieken, ouderen

Na de Tweede Wereldoorlog kreeg het IKO een andere taak, namelijk de behartiging van de belangen van de kerk bij de overheid. Verzet tegen een bezettende macht was niet meer nodig. In 1949 veranderde het IKO zijn naam in Interkerkelijk Contact in Overheidszaken (CIO), vermoedelijk om verwarring met organen als het Interkerkelijk Overleg in Radioaangelegenheden of het Interkerkelijk Overleg in Schoolzaken te vermijden.

In 2015 waren er 28 kerkgenootschappen bij het CIO aangesloten.

Voor de verzorging van een aantal taken of belangen heeft het CIO commissies ingesteld. In de periode 1942 tot 1995 waren dat (in elk geval) de volgende commissies:-Commissie voor de geestelijke verzorging in arbeiderskampen;
- Commissie voor de geestelijke verzorging bij inrichtingen van justitie;
- Interkerkelijke Commissie van Contact voor de geestelijke verzorging van de militairen (ICC), vanaf september 1951 voortgezet als Commissie voor de geestelijke verzorging in de krijgsmacht;
- Commissie voor de geestelijke en sociale verzorging van gerepatrieerden;
- Commissie voor de geestelijke verzorging van Ambonezen;
- Commissie voor de geestelijke verzorging van gerepatrieerden en Ambonezen;
- Commissie voor de geestelijke verzorging op de koopvaardijvloot;
- Commissie voor de kerkelijke gebouwen.