Naar aanleiding van een circulaire van de archivaris van de Nederlandse Hervormde Kerk deelde toenmalige secretaris S.M. Holsteijn in 1964 mee dat het archief van de Raad voor het Verband met Andere Kerken zich bij hem thuis in De Bilt bevond. Het oudste gedeelte was per jaar in dossiermappen geordend en in kisten opgeborgen in diens garage, het lopend archief bevond zich op zijn kamer. Deze contacten hadden kennelijk tot resultaat dat periodiek gedeelten van het archief naar de archivaris werden overgebracht. Zo werd in 1970 het gedeelte uit de periode 1960-1964 en in 1972 de periode 1965-1969 overgedragen.

In 1984 werd zowel het archief van de Raad voor het Verband met Andere Kerken als dat van het Hervormd Romeberaad tot circa 1977 samen met vele andere archieven van de landelijke organen van de Nederlandse Hervormde Kerk in beheer gegeven bij het Algemeen Rijksarchief (ARA) te 's-Gravenhage. Van het archief van de Raad en diens voorgangers werd in 1988 door J.A.A. Bervoets een plaatsingslijst samengesteld.
Het archief van het Hervormd Romeberaad tot 1973 werd aangetroffen in het synodearchief, evenals de stukken in inv.nrs. 17-19, 29-30, 39 en 47 van de Raad. Begrotingen en jaarrekeningen zijn grotendeels afkomstig uit het archief van de Generale Financiële Raad. In 2005 werden de archieven vanuit het Nationaal Archief (als opvolger van het ARA) overgebracht naar het Landelijk Dienstencentrum van de Protestantse Kerk in Nederland te Utrecht.

Omstreeks 2010 heeft op een externe locatie een bewerking plaatsgevonden van het archieven van de Raad voor het Verband met Andere Kerken en van het Hervormd Romeberaad over de periode 1978-1998 waarbij de archieven door elkaar zijn geraakt en mogelijk ook stukken onterecht zijn vernietigd. Dit kan hiaten en onvolledigheid van de archieven verklaren. Bij de laatste inventarisatie in 2012-2013 kon de oorspronkelijke ordening en situatie van deze archieven niet meer achterhaald en hersteld worden en derhalve is er voor gekozen om een nieuwe ordening aan te brengen. De oorspronkelijke structuur en ordening van het oudste archiefgedeelte van de Raad is gehandhaafd en ingepast in het nieuwe archiefschema. Bij de inventarisatie in 2012-2013 werden vrijwel geen documenten (meer) vernietigd met uitzondering van dubbelen, concepten, diverse documentatie en (vergader-) stukken van andere organisaties zoals de (wereld) Raad van Kerken. In 2013 werd nog een aanvulling met stukken, voornamelijk uit 1998-1999, ontvangen en geïntegreerd.