Willem Andries Zeydner is geboren te Vollenhove op 4 december 1890. Hij was een zoon van Henricus Zeydner (predikant) en Barendina Cornelia Hoek. Na een studie theologie te Leiden werd hij in 1917 hulpprediker te Uithuizen en achtereenvolgens Hervormd predikant te 's-Heerenberg (1918), te Dedemsvaart (1927) en te Rotterdam (1932-1956). Daarna ging hij met emeritaat. Hij huwde op 7 december 1918 te 's-Gravenhage met Roeloffina Geertruida Harmsen (1896-1973).

In zijn eerste gemeente nam Zeydner al deel aan de ontmoetingen van de ethische richting, de latere Ethische Vereniging, en ging hij schrijven in hun periodieken en jaarboek. In de classis Zutphen leerde hij ook O. Noordmans kennen, sinds 1923 predikant te Laren. In Dedemsvaart groeide Zeydner’s belangstelling voor de organisatie van het gemeentelijk leven en voor de liturgie. Zo werd hij dadelijk bij zijn komst te Rotterdam beschouwd als vooruitstrevend ethisch predikant met liturgie als specialisme en met grote culturele openheid (de historicus-politicus F.C. Gerretson alias de dichter Geerten Gossaert was zijn oudste zwager).

In de jaren dertig liet Zeydner zich kennen als een voorstander van de reorganisatie van de Nederlandse Hervormde Kerk. Zijn streven deed hem in 1931 zitting nemen in het voorlopig moderamen van de Vereniging Kerkopbouw. Aan de vooravond van de algemene synode in januari 1938 kwam Zeydner’s vlammend geschreven brochure uit De Hervormde Kerk op den tweesprong. Kerk of genootschap?, waarin hij wees op het belang van het ontwerp-1938 van de Kerkorde. Het mocht niet baten; de synode verwierp het voorstel en de kerk moest tot na de Tweede Wereldoorlog wachten op kerkrechtelijke veranderingen. Intussen leidden het ontwerp-1938 en de afwijzing ervan door de synode in 1939 tot een breuk binnen Kerkopbouw. O.a. Noordmans en Zeydner bleven het reorganisatievoorstel verdedigen. Ondanks hun verschillende opvattingen inzake liturgie werd de vriendschap tussen beiden zeer hecht. Zeydner was-en bleef-zeer actief in de Liturgische Kring.

Na het bombardement van Rotterdam op 14 mei 1940 stond Zeydner vanaf het dak van het Diaconessenhuis, waarheen hij gevlucht was, te kijken naar de vuurzee in de binnenstad. Daar werden een enorm stuk van zijn wijk, zijn huis en de Zuider- en de Laurenskerk in de as gelegd. De zondag daarna preekte Zeydner in de Waalse kerk over 'Ik ben verzekerd..., nee niet van mijn bezit, niet van mijn vrijheid, maar daarvan, dat niets mij kan scheiden van de liefde Gods in Christus Jezus'. Als voorzitter van de kerkenraad moest Zeydner in juni 1941 met de bezetters overleggen inzake de arrestatie van zijn collega Rutgers. Zeydner bood daarbij aan de plaats van Rutgers in te nemen, maar het was de machthebbers juist om Rutgers begonnen. Deze werd op 2 april 1942 in Dachau omgebracht. Op zondag 10 mei preekte Zeydner te Hillegersberg en herdacht in deze dienst ook de gestorvenen. Na de dienst zongen de kerkgangers spontaan het Wilhelmus. Dit ‘incident’ werd Zeydner aangerekend bij een verhoor op 21 mei; hij werd gevangen gehouden van 13 juni tot 14 augustus, eerst te Rotterdam, naderhand in kamp Amersfoort. Terug in Rotterdam hervatte Zeydner zijn gewone werk. Toen in de hongerwinter duizenden mannen waren weggevoerd om te werken aan de Duitse linies langs de Rijn en berichten doorkwamen over hun erbarmelijke omstandigheden, wist Zeydner in opdracht van zijn kerkenraad nog in februari 1945 's-Heerenberg te bereiken en van daaruit werkkampen te bezoeken. Zijn rapportage over het kamp bij Rees leidde er waarschijnlijk toe dat dit kamp werd opgeheven.

Initiatieven om de kerk weer werkelijk Kerk te laten zijn, kregen in de oorlog nieuwe impulsen. Onder de bezielende leiding van H. Kraemer werd de Commissie voor Kerkelijk Overleg in het leven geroepen. Zeydner maakte deel uit van een van haar belangrijkste subgroepen, de Werkgroep Kerk en Gemeenteopbouw. Deze zag het opbouwen van de plaatselijke gemeente als kerntaak, ook voor de bloei van de gehele kerk. Het is kenmerkend voor Zeydner geweest, ook voor zijn latere werk in de Commissie voor de Kerkorde (1945-1950), dat hij vooral op grond van zijn pastorale betrokkenheid telkens het belang van de plaatselijke gemeente in het oog hield. Het werk van de reorganisatie der Nederlandse Hervormde Kerk werd na de oorlog hervat. Op 31 oktober 1945 kwam de Kerk voor het eerst in drie eeuwen weer in generale synode bijeen. Zeydner werd hiervan de eerste preses (tot 1948). Een hoogtepunt in zijn ambtsperiode beleefde hij toen hij in die functie in 1947 het Ontwerp voor een Kerkorde mocht ontvangen uit handen van S.F.H.J. Berkelbach van der Sprenkel. Samen met K.H.E. Gravemeijer, E. Emmen en F.H. Landsman moest Zeydner vorm geven aan de beleidstaken van de synode en het bemensen van raden en commissies. In de kerkordecommissie trof hij opnieuw Noordmans en bleken zij eensgeestes. Uit briefwisseling met Noordmans blijkt dat Zeydner en hij inzake liturgie bleven verschillen maar dat de onderlinge waardering daar niet onder leed. Zeydner leidde de rouwdienst voor Noordmans te Laren op 9 februari 1956.

Als synodepreses werd Zeydner uitgenodigd om naar Indonesië te komen. Hij kreeg een groot aandeel in de discussies over kerkorde en liturgie van de Protestantse Kerk aldaar. Tevens voerde hij er besprekingen in het zendingsconsulaat te Jakarta en gaf hij er colleges aan de Hogere Theologische School. Ook bemoedigde hij de daar uit Nederland gearriveerde militairen en veldpredikers. Van deze reis deed hij verslag in zijn boekje Een waaiende kipas (1948). Ook na zijn emeritaat in 1956 bleef Zeydner actief. Hij reisde bijvoorbeeld als bootpredikant met emigranten mee naar Australië.

Zeydner is werkzaam geweest in vele colleges en besturen. Zo was hij voorzitter van het bestuur van het Rotterdams Diaconessenhuis en van de regenten van de grote en kleine scholen der hervormde gemeente. Verder was hij voorzitter van de Verenigde Nederlandse Zendingscorporaties (de latere Raad voor de Zending), van het curatorium van de stichting Kerk en Wereld, van de Raad voor Kerk en Eredienst, alsook van het college van visitatoren-generaal. Deze laatste functie heeft hij tot zijn zeventigste jaar bekleed.

Willem Andries Zeydner overleed op 25 september 1965 te Rotterdam.