Tot 1965 is de generale synode van mening dat de vragen van oorlog en vrede niet in de synode, maar elders aan de orde horen te komen, namelijk in de politiek. De synode van Middelburg (1965-1966) stelt echter dat het oorlogsvraagstuk 'een religieus-zedelijk probleem van de eerste orde' is, en besluit daarom deputaten te benoemen voor de vragen van oorlog en vrede. De synode overweegt hierbij 'dat het van groot belang is dat de kerken nationaal en internationaal overleg plegen om zo mogelijk te komen tot één getuigenis tegenover overheden en volken, en tot één gedragslijn in de bevordering van vrede en gerechtigheid in de onderlinge verhouding der volken'. De deputaten krijgen daarom ook de opdracht zich in verbinding te stellen met andere Nederlandse kerken. Deze opdracht resulteert in de oprichting van het Interkerkelijk Vredesberaad (IKV) in 1966.
Deputaten rapporteren tot 1998 aan elke synode over de aan hen opgedragen taken. Hieronder volgt een selectie van de besluiten, die in de loop van de jaren zijn genomen aan de hand van de rapportages van het deputaatschap (zie inv.nr. 3).

Op de synode van Haarlem (1973-1975) komt vooral de structuur van de relatie met het IKV aan de orde. Dit resulteert in de instelling van een deputaatschap voor de begeleiding van de gereformeerde deelnemers in het IKV (zie inv.nr. 42). De synode van Zwolle (1977-1978) spreekt uit dat massavernietigingswapens en -methoden en de bewapeningswedloop in strijd zijn met Gods heil voor de wereld en dus uit den boze. Besloten wordt tot het aanstellen van twee parttime functionarissen, één voor de bestudering van het oorlogsvraagstuk en één voor bewustmaking en toerusting inzake de vragen van oorlog en vrede. In de plaatselijke kerken is onzekerheid en twijfel gegroeid over de in 1977 door het IKV gestarte campagne tegen de kernwapens en over de in 1978 gedane synode-uitspraken.

Over de plaats van het IKV binnen de gereformeerde kerken wil de synode een duidelijke uitspraak doen. Men formuleert daarom het volgende: 'De gereformeerde kerken participeren in het IKV en dragen voor hun deel bij aan de instandhouding daarvan. Zij doen dat inhoudelijk door bijdragen van een viertal door de synode benoemde gereformeerde deelnemers en materieel door een jaarlijkse financiële bijdrage. De synode is zelf niet verantwoordelijk voor wat het IKV zegt en doet, ook niet voor de bijdragen van de gereformeerde participanten. Zij acht zich echter verplicht tot beoordeling van essentiële zaken die het IKV haar ter toetsing voorlegt, zulks gehoord hebbende de betreffende deputaatschappen.' (zie voor de relatie tot het IKV inv.nrs. 41 t/m 45 en 60).

Omwille van de duidelijkheid binnen de kerken wordt op 24 april 1980 besloten het deputaatschap voor de bestudering van het oorlogsvraagstuk samen te voegen met het deputaatschap voor de begeleiding van de gereformeerde deelnemers in het IKV.
Voor het bewustmakings- en toerustingswerk wordt door het deputaatschap in samenwerking met de Gereformeerde Raad voor Samenlevingsaangelegenheden (GSA) een groep van contactpersonen gevormd, die kerkenraden en anderen kunnen verwijzen naar bruikbaar toerustingsmateriaal en naar deskundige informanten op het terrein van oorlog en vrede (zie inv.nr. 30). Na gesprekken met het Interkerkelijk Comité Tweezijdige Ontwapening (ICTO), een tegenhanger van het IKV, stellen deputaten voor om geen gevolg te geven aan de verzoeken van ICTO-zijde om 'erkenning op gelijke voet met het IKV binnen de gereformeerde kerken en om financiële steun van de synode, zoals het IKV die ook ontvangt.'

De synode van Bentheim (1981-1982) besluit er bij de kerken op aan te dringen platforms te scheppen 'waarbinnen alle gemeenteleden de noodzakelijke discussie kunnen voeren ter verdieping van elkaars standpunt, ter voorkoming van heilloze polarisatie en om wegen te vinden die leiden naar vrede en gerechtigheid' (zie de inv.nrs. 32, 35 en 36). Deze synode besluit ook om het ICTO financieel te steunen en om de bijdrage aan het IKV anders te financieren. Dit laatste besluit brengt bij de kerkleden veel onrust teweeg (zie inv.nr. 31).

Tijdens de synode van Dokkum (1983-1984) spreekt de synode na langdurige discussie uit dat alle dreigen met wapens, die massale vernietiging van de bevolking bewerken in strijd is met een leven in navolging van Christus, en besluit zij het moderamen op te dragen regering en parlement te manen af te zien van elke nieuwe stap op de weg van de nucleaire bewapeningswedloop en haast te maken met het politieke proces van terugdringing van nucleaire wapensystemen. Ook concludeert de synode dat de stellingname van het ICTO op wezenlijke punten afwijkt van de door de generale synode in 1978 uitgezette koers en besluit, conform het meerderheidsstandpunt van deputaten aan het ICTO geen financiële steun te verlenen.

De synode van Gouda (1985-1986) geeft aan deputaten de opdracht om met deputaten voor Jeugd- en Jongerenwerk te overleggen hoe jongeren bij de bezinning op vragen van oorlog en vrede kunnen worden betrokken (zie inv.nr. 39). In verband met het Oost Europa-beleid van het IKV wordt aan deputaten opgedragen om met deputaten voor Zending en Werelddiaconaat en deputaten Oecumene te overleggen over de kerkelijke contacten in Oost-Europa (zie inv.nr. 40). In de hierna volgende jaren komt het werk van deputaten sterk in het teken te staan van het Conciliair Proces *  (zie inv.nr. 50).

Het eerste nummer van het informatieblad 'Vredesvragen' verschijnt en wordt voorjaar 1990 toegezonden aan alle kerkenraden (zie inv.nr. 61). Voor de subsidiëring van regionale en plaatselijke vredesorganisaties komt via de vredescollecte geld beschikbaar (zie de inv.nrs. 19-24 en de bijlage).
De synode van Mijdrecht (1991-1992) draagt deputaten op de kerken te blijven opwekken tot bezinning op de vragen van oorlog en vrede, mede door het aanbieden van informatie, onder andere over vredesopvoeding en ook om van de kerken de aandacht te blijven vragen voor gemeenteleden die dienstweigeraar of totaalweigeraar zijn.

Na de Koude Oorlog slaan deputaten een andere koers in. Tijdens de synode van Haren (1995-1996) wordt het studierapport 'Willen wij vredeskerk zijn?' besproken. Deputaten krijgen de opdracht om de bezinning over de theologische vragen inzake de rechtvaardige oorlog voort te zetten en te zoeken naar wegen om vragen rond nationalisme en fundamentalisme aan de orde te stellen. Ook wordt deputaten opgedragen om de ontwikkelingen in de internationale wapenhandel kritisch te blijven volgen.

In het kader van het Samen op Weg-proces is het de bedoeling dat het vredeswerk in de nieuwe kerkelijke structuur wordt ondergebracht bij een zogeheten Conciliair Beraad, dat ressorteert onder de toekomstige Generale Raad voor Missionair en Diaconaal werk en Oecumenische relaties (zie inv.nr. 57). Tijdens de synode van Goes (1997-1998, zitting van 25 november 1998) wordt besloten de taken van het deputaatschap over te dragen aan bovengenoemde raad. Op 22 januari 1999 houden deputaten hun laatste vergadering.

De geschiedenis van het deputaatschap is beschreven in het boek 'Geloof niet in oorlog, de discussie in de Gereformeerde Kerken over het oorlogsvraagstuk 1966-1998', door H.B. Gerritsma, J.J. Verdonk, H. Wesseling en H.J. Zeldenrust, uitgegeven in 2003 (zie inv.nr. 69). Het bovenstaande is grotendeels ontleend aan deze uitgave.