De Vereniging had twee secretariaten, één voor het bestuur en één voor het curatorium. De archieven van het bestuur en het curatorium zijn tot 1932 op basis van het seriestelsel en na 1932 op basis van het dossierstelsel gevormd. De archiefvorming tot 1932 bestaat hoofdzakelijk uit de aanleg van een serie notulen en twee series (chronologische) correspondentie. De notulenserie bestaat uit verslagen van bestuursvergaderingen, aangevuld met verslagen van algemene ledenvergaderingen en van vergaderingen met het curatorium. De bestuurscorrespondentie werd tot 1911 doorlopend genummerd (nrs. 1-1120), waarna vervolgens tot 1915 registratuurkenmerken ontbreken. In 1916 werd een registratie ingevoerd op basis van de behandeling van de stukken in de vergaderingen. De registratie bestond uit het gebruik van een hoofdzakelijk alfabetische rangschikking, te herleiden tot de vergadering waarin de behandeling had plaatsgevonden. In de periode 1920-1922 ontbreken registratuurkenmerken. Op een gedeelte van de correspondentie is een register aanwezig.

Voor de correspondentie van de curatoren werden in de perioden 1897-1905 en 1912-1922 de stukken voor elke nieuwe cursus doorlopend genummerd. Tussen 1905 en 1912 en na 1922 ontbreken registratuurkenmerken.

Vanaf 1932 zijn de functies van secretaris van het bestuur en van het curatorium in handen van dezelfde persoon, met als gevolg dat de series correspondentie, met name vanaf 1945, geïntegreerd worden. De serie correspondentie van het curatorium vormde vanaf die tijd een onderdeel van de serie correspondentie van het bestuur. Bovendien werden er nu een afzonderlijke serie ingekomen stukken en een afzonderlijke serie minuten van uitgaande stukken gevormd. In de periode 1940-1945 is geen algemene serie correspondentie gevormd, maar werden de stukken verzameld in een dossier betreffende oorlog en bezetting. De serie correspondentie van 1957 is niet aangetroffen. De enige stukken die hiervan bewaard gebleven zijn, zijn de afschriften die gemaakt zijn ten behoeve van de administrateur.

De correspondentie is vanaf 1932 doorlopend genummerd. Deze registratie is vanaf die tijd gehandhaafd, maar werd in 1945 door de nieuwe secretaris enigszins gewijzigd. Het oplopende nummer werd vanaf die tijd gevolgd door de letter A (voor minuten) of B (voor ingekomen stukken) en door een jaarnummer (bijvoorbeeld 3673 A 7 of 1902 B 7 voor stukken opgemaakt en ontvangen in 1951). In 1932 is, tijdens het secretariaat van A.G.E. van Asch van Wijck, tevens een begin gemaakt met de dossiervorming als leidraad voor de archiefvorming. De dossiers werden tot 1945 gemerkt met een letteraanduiding conform hun inhoud, bijvoorbeeld dossier D (diverse), dossier G.O. (gebouw en onderhoud), dossier K (kelders), dossier S (subsidiëring) en het al eerder gememoreerde dossier O (oorlog en bezetting). De dossiervorming is tot 1971 voortgezet.

Het archief is in 1991 door de Vereniging voor Christelijk Voortgezet Onderwijs in bewaring gegeven aan het voormalige Gemeentearchief Utrecht. Bij overdracht bedroeg de omvang van het archief 10,5 m. De stukken waren beperkt toegankelijk door middel van een dozenlijst die ten behoeve van de overdracht door de archiefvormer was samengesteld.