Vanaf april 1946 is de Afdeling Archief van het MG begonnen met het opslaan en ordenen van de archieven van het MG in de Julianakazerne te Breda. In december 1947 waren alle archieven, op een paar uitzonderingen na, in deze kazerne ondergebracht. Vervolgens zijn de archieven in 1957/1958 overgebracht naar het hulpdepot van het Algemeen Rijksarchief in Schaarsbergen. Begin 1980 zijn de bescheiden overgebracht naar het depot van het Algemeen Rijksarchief in Den Haag en bij die gelegenheid verpakt in nieuwe dozen. Omstreeks 1982 zijn de archieven van de Provinciale Militaire Commissarissen, de Districts Militaire Commissarissen, de Repatriëring en van de Grensvakken overgebracht naar de Rijksarchieven in de provincies *  .

De resterende archieven van het Militair Gezag werden in 1996 ter bewerking aangeboden aan de Centrale Archief Selectiedienst te Winschoten. Aan de bewerking van deze archieven werkten mee: J. Bertus, J. Hindriks, H. van der Meer en T.P. Reuderink-Kort (teamleider). Er is zo mogelijk een scheiding gemaakt tussen de archieven van het Bureau Londen (1943-1944) en de archieven van het Militair Gezag in Brussel en Nederland. Voor de indeling van de archieven werd op voorschrift van het Bureau Archief een code toegepast. De indeling van de archieven bij de bewerking is zoveel mogelijk gebaseerd op de originele code. Deze code is terug te vinden in de oorspronkelijke inventaris van deze aanvulling.

De archieven van de Chef-Staf Militair Gezag, de Souschefs, het Vrouwenhulpkorps (VHK) en het Bureau Geschiedschrijving blijven toegankelijk via de oude toegang en zijn raadpleegbaar bij het Nationaal Archief.

Aan de bewerking van deze archieven door de Centrale Archief Selectiedienst in Winschoten werkten mee: J. Bertus, J. Hindriks, H. van der Meer en T.P. Reuderink-Kort, als verantwoordelijk teamleider

Het archief van de Provinciale Militaire Commissaris is ingedeeld naar de secties, zoals deze onder de staf Militair Gezag waren ondergebracht. De secties komen overeen met voornaamste onderdelen van overheidszorg.
- Sectie I: Binnenlands Bestuur (zuivering, tijdelijke bestuursvoorziening, tijdelijk persbesluit, reconstructie bevolkingsboekhouding, vordering woonruimte, tijdelijk filmkeurings- en bioscoopbesluit)
- Sectie II: Juridische zaken (gezagsbevoegdheden, inbewaringstelling en internering e.d., zuivering, herstelmaatregelen op diverse gebieden, de verzorging van oorlogspleegkinderen, enz.)
- Sectie III: Politie
- Sectie IV: Brandweer en luchtbescherming
- Sectie V: Financiële aangelegenheden (waaronder oud en nieuw geld)
- Sectie VI: Economische zaken (waaronder het weer op orde krijgen van de voorziening van de eerste levensbehoeften van de bevolking)
- Sectie VII: Transportaangelegenheden (waaronder aanvoer van overzee en binnenlands transp
ort)
- Sectie VIII: Volksgezondheid (waaronder het voorkomen van epidemieën en het verbeteren van de slechte gezondheidstoestand van de bevolking)
- Sectie IX: Openbare werken (alle technische werken van openbaar belang)
- Sectie X: Arbeidszaken (arbeidsbemiddeling, herscholing, arbeidsovereenkomsten enz.)
- Sectie XI: Voorlichting (persbureau én persvoorlichting)
- Sectie XII: P.T.T. (post, telegraaf, telefoon en radiodistributie)
- Sectie XIII: Sociaal werk voor oorlogsgetroffenen (waaronder een aantal organen ressorteren, o.a. het Nederlands Rode Kruis, de Hulp Actie Rode Kruis (H.A.R.K.), Nationale Hulpverlening Nederland en Kinderuitzending naar Engeland)
- Sectie XIV: Onderwijs en culturele zaken (waaronder schoolgebouwen, zorg voor leerlingen en kunstbescherming).

De archieven van de Militaire Commissarissen in de districten en de Provinciale Militaire Commissaris zijn in 1985 aan het Rijksarchief in Utrecht overgedragen. In 1996 resp. 1997 zijn deze archieven beschreven in een tweetal plaatsingslijsten (oorspronkelijk de toegangen 321 en 320). In 2002 is daar nog een door de Centrale Archief Selectiedienst in Winschoten geïnventariseerde aanvulling aan toegevoegd. Deze aanvulling is in de voorliggende inventaris verwerkt.

Voor de beperking van de openbaarheid van de archiefbescheiden van het Militair Gezag is door de Staatssecretaris van O.C. en W. op 16 maart 1995 een regeling vastgesteld. Hierin is bepaald dat tot en met 2020 de archiefbescheiden slechts onder voorwaarden kunnen worden geraadpleegd. *  Het maken van reproducties van archiefbescheiden is slechts toegestaan met toestemming en onder de voorwaarden van de Rijksarchivaris.