In 2000 gaf het Universitair Medisch Centrum Utrecht (UMCU) aan DOXiS documentaire informatiespecialisten opdracht tot de bewerking van het (semi-) statisch bestuursarchief. Deze opdracht hield tevens de vervaardiging van een beschrijvende inventaris in. Met de opdracht werd medio 2001 begonnen. Sanering en inventarisatie werden begeleid door de heer R. Schoonebeek van het UMCU en mw. drs. M.J.G.A. Barthels van het Utrechts archief. Na voltooiing van de bewerking medio 2002 is het archief overgebracht naar Het Utrechts Archief.

Aan het begin van de bewerking bestond het statische bestuursarchief van ca. 15 strekkende meter uit twee onderdelen:
- archief over de periode ca. 1919-1946.
- archief over de periode ca. 1925-1980.
Van beide archiefdelen was een dossierinventaris vervaardigd.
Tijdens de bewerking bleken beide archieven de archieven van rechtsvoorgangers van de Raad van Bestuur van het AZU te bevatten en elkaar soms te overlappen.
Het was nodig een scheiding tussen de verschillende onderdelen aan te brengen, die recht zou doen aan zowel de oude orde van het archief als aan de opeenvolging van archiefvormers. Dit voornemen bleek niet in zijn geheel te realiseren.

De bestaande scheiding tussen de beide archiefonderdelen in een deel tot ca. 1945/1946 en een deel van na 1945 bleef gehandhaafd. Elk archiefdeel was geordend volgens een eigen rubriekenstelsel. In beide archiefdelen werden stukken aangetroffen die beter in het andere deel thuishoorden. Deze stukken zijn verplaatst. Dit betrof bijvoorbeeld de notulen van voor 1945, die bij de desbetreffende archiefonderdelen werden geplaatst. Dossiers die stukken bevatten die over de periodegrens heengingen zijn niet gesplitst, maar in het desbetreffende archiefdeel gelaten, met uitzondering van een enkel los stuk dat echt verkeerd op zijn plek zat.
In het archief over de (aanvankelijke) periode 1919-1945/1946 bleek het mogelijk de archieven van de verschillende archiefvormers van elkaar te scheiden, evenals dat in 1936 was gebeurd, maar met iets meer precisie. De verschillende archieven waren in de dossierinventaris wel als een geheel beschreven, maar fysiek bleken de stukken goed van elkaar te onderscheiden vanwege de aanwezigheid van andere stempels, omslagen en dergelijke.
Dit resulteerde in de volgende indeling:

Bestuursarchief:
archief van de stichting SAZU (1922) 1925-1931 (1933)
archief van de stichting SAZU (1925) 1932-1945 (1952)

Archieven rechtsvoorgangers:
archief van het college van regenten van de Verenigde Gods- en Gasthuizen te Utrecht 1903-1924.
archief van de Universitaire klinieken 1908-1930 (1931)
archief van de Tijdelijke Commissie van Beheer van de Heelkundige en vrouwenklinieken der Rijksuniversiteit te Utrecht 1929-1930 (1931)
archief van de Stichting Academische klinieken (1929) 1930-1931.

In het archief van de eerste stichting over de periode 1925-1932 was de oude orde verloren gegaan. Dit archief was voor een gedeelte opgenomen geweest in het archief 1932-1945, voor een ander deel bestond het uit losse omslagen en stukken. De stukken die een integraal onderdeel uitmaakten van het archief van de stichting 1932-1945 zijn niet daaruit verwijderd. Wel is in een bijlage een verwijzing opgenomen naar de rubrieken waarin deze stukken te vinden zijn. Het afgescheiden gedeelte is in zijn geheel herordend volgens dezelfde systematiek als de archieven van de universitaire klinieken.

De bulk van het eerste deel van het archief, namelijk het SAZU archief 1932-1945, was met uitzondering van de notulen, financiële stukken en enkele andere los aangetroffen stukken zonder enige rubrieksaanduiding geordend volgens een alfabetisch rubriekenstelsel. De alfabetische logica was niet voor 100% terug te vinden in de rubrieksaanduidingen, maar bleek wel -voor het overgrote deel- uit de letteraanduidingen op de vakken waarin de stukken in de dynamische fase werden geborgen *  . In de inventaris zijn de rubrieken voor het gemak van de gebruiker op alfabetische volgorde geplaatst. Dit betekende een enkele verplaatsing van een rubriek. De inwendige ordening van de dossiers in subdossiers is niet veranderd. Dit resulteert in een soms niet-chronologische opeenvolging van de beschrijvingen binnen de hoofdomschrijving. Hier heeft de oude orde geprevaleerd. Het handhaven van de oude orde betekende ook dat de jaarverslagen, die archivistisch bezien beter onder de kop 'stukken van algemeen aard' zouden thuishoren, toch binnen het rubriekenstelsel zijn gebleven. Ditzelfde geldt ook voor de rubriek 'algemene zaken -diversen', waaronder stukken van velerlei aard zijn opgeborgen, die voor de toenmalige registrator geen plaats konden vinden in een meer specifieke rubriek.
De notulen, die zoals gezegd geen deel uitmaakten van het rubriekenstelsel, zijn onder de kop algemeen aan het begin geplaatst. De overige stukken, die los waren aangetroffen en die ook geen deel uitmaakten van het rubriekenstelsel, zijn beschreven na het rubrieksdeel.

De oude orde van de fragmentarische oudere archieven van de rechtsvoorgangers van het toenmalige bestuur was niet meer als zodanig te herkennen. Deze archieven zijn herordend volgens het principe algemeen-bijzonder en daarbinnen volgens de onderverdeling organisme-personeel-taak.
In het archief vanaf 1945 was de cesuur van 1959, veroorzaakt door de oprichting van een nieuwe stichting door alleen het Rijk, niet terug te vinden. De meeste dossiers liepen gewoon door, met uitzondering van de serie notulen.
Ook het toekennen van rechtspersoonlijkheid aan het ziekenhuis in 1971 leidde wel tot een breuk in de serie notulen, maar niet in de overige archiefbestanddelen. Van het tijdens deze bewerking alsnog aanbrengen van cesuren in 1959 en 1971 is afgezien. Van enige meerwaarde voor de gebruiker zal immers geen sprake zijn. In de serie notulen is de scheiding tussen de verschillende besturen gehandhaafd.
Het bestuursarchief uit de periode 1945-1980 was geordend volgens een soort van numeriek rubriekenstelsel. De afzonderlijke rubrieksbenamingen waren niet altijd te herkennen. Tijdens de bewerking zijn de verschillende rubrieken van namen voorzien en in een enkel geval nader onderverdeeld. Binnen de rubrieken was oorspronkelijk geen nadere ordening te bespeuren, ook die is tijdens de inventarisatie aangebracht. De rubrieken werden daartoe waar nodig voorzien van subrubrieken. De stukken zijn vervolgens in chronologische volgorde onder die subrubrieken geplaatst. In enkele gevallen bleek het nodig bestaande omslagen op te splitsen, met name daar waar de onderwerpen van de stukken niet met elkaar in verband stonden.

Het aangetroffen deel van het archief van het Algemeen ziekenhuis onder het beheer van de regenten van de Gods- en Gasthuizen 1903-1924 zal gevoegd worden bij het reeds naar de archiefbewaarplaats van het Utrechts archief overgebrachte archief van de Gods- en Gasthuizen, waar het deel van uitmaakt. De beschrijvingen zijn vooralsnog opgenomen als bijlage bij deze inventaris.
Met het archief van de Universitaire klinieken zou hetzelfde kunnen gebeuren. Van het reeds naar het Utrechts archief overgebrachte deel is een plaatsingslijst voorhanden. Hieruit blijkt dat dit archief, dat voor het overgrote deel stukken van medische aard bevat en nauwelijks bestuursstukken, zich niets aantrekt van alle wisselingen in bestuursvorm: de registers lopen door van 1925 tot 1959 *  . In afwachting van een beslissing in relatie tot de bewerking van dit reeds overgebracht archiefdeel is het archief van de Universitaire klinieken geplaatst bij de andere rechtsvoorgangers.

Tot de aan DOXiS verstrekte opdracht behoorde ook de selectie van te vernietigen stukken. De selectie is op dossier/tabniveau uitgevoerd. Bij de selectie is gebruik gemaakt van de 'Lijst van te vernietigen archiefbescheiden uit de archieven van de academische ziekenhuizen, vastgesteld op 16 januari 1986'. Diverse te vernietigen stukken zijn vanwege hun historische waarde van vernietiging uitgezonderd.

De archiefbescheiden berusten in de archiefbewaarplaats van het Utrechts archief. Aldaar is het hier beschreven archief voor geïnteresseerden te raadplegen. Aan de openbaarheid zijn beperkende maatregelen gesteld om privacyredenen. Het gaat hierbij om archiefbescheiden die gegevens van nog levende personen bevatten conform AW 95 art. 15, lid 4. In het hiernavolgende overzicht zijn de inventarisnummers waarvoor deze openbaarheidsbeperking geldt opgenomen, met daarachter het jaar waarin de beperking zal zijn opgeheven.

Inv.nr. jaar
295 - 2010
296 - 2011
297 - 2012
298 - 2013
299 - 2013
300 - 2014
301 - 2014
302 - 2015
303 - 2015
304 - 2016
305 - 2017
306 - 2017
307 - 2018
308 - 2018
309 - 2019
310 - 2019
311 - 2019
312 - 2023
313 - 2033
349 - 2022
350 - 2024
351 - 2022
352 - 2022
353 - 2027
355 - 2028
356 - 2027
357 - 2026
358 - 2032
359 - 2032
360 - 2028
361 - 2029
362 - 2030
365 - 2008
382 - 2012
385 - 2022
389 - 2024
390 - 2026
391 - 2027
392 - 2028
394 - 2029
399 - 2031
401 - 2033
402 - 2033
403 - 2033
404 - 2033
405 - 2033
412 - 2030
544 - 2027
608 - 2017
609 - 2017
618 - 2012
619 - 2015
620 - 2019
621 - 2025
622 - 2032
626 - 2028
629 - 2029
639 - 2032