De inventaris van de O.B.C.-archieven door Bruggeman is zeer gedetailleerd en geeft toegang tot een schat aan informatie. Bruggeman verdient hierom veel lof. Maar helaas is de structuur van de inventaris niet erg gebruiksvriendelijk *  . Dit is mede het gevolg van het feit dat het fonds zeer omvangrijk en onoverzichtelijk is. Een groot nadeel is, dat de onderzoeker zowel de gedrukte inventaris van 1928 als het supplement van 1944 moet raadplegen. Het laatste bevat talloze doorhalingen en aanvullingen, die evenmin het zoeken vergemakkelijken.

Daarnaast wijkt Bruggemans wijze van inventariseren af van de gangbare eisen, ook voor zijn tijd. Bruggeman heeft in zijn inventaris een analytische structuur toegepast die is gebaseerd op een formeel-chronologische indeling naast een redactioneel-alfabetische beschrijving in rubrieken. Per persoon bracht hij alle stukken onder in drie afdelingen: 'Ingekomen stukken', 'Minuten van uitgaande stukken' en 'Kopieën' *  .

De drie afdelingen zijn weer onderverdeeld in rubrieken. Een groot deel van de archiefbescheiden is op chronologische volgorde ingebonden, meestal voorzien van een paginanummering. Per afdeling worden de in banden verzamelde stukken eerst chronologisch beschreven, vervolgens nog eens per rubriek in alfabetische en chronologische volgorde. Zo ook de laatste rubriek, de brieven, welke alfabetisch op schrijver, respectievelijk afzender zijn beschreven. Bij meerdere brieven van één persoon, zijn ze gesorteerd in chronologische volgorde. In de inventaris heeft Bruggeman de rubrieken direct na de beschrijving van een of meerdere bestanddelen opgenomen, soms vele pagina's achter elkaar. Hierdoor moest men steeds terugbladeren om het juiste inventarisnummer te herleiden.

In de afgelopen jaren is begonnen met een geleidelijke ontmanteling van Bruggemans inventaris uit 1928 en supplementinventaris uit 1944. Twee archiefonderdelen zijn al uit het grote geheel gelicht, geherinventariseerd en als afzonderlijke inventarissen in de inventarissenreeks van het Rijksarchief uitgegeven *  .

De hier gepresenteerde herinventarisatie van de archieven van de apostolische vicarissen en hun secretarissen vormen het derde project van deze herinventarisatie van Bruggemans levensarbeid. Omdat hierbij tweemaal een vernummering heeft plaats gevonden, eenmaal door Bruggeman zelf, en eenmaal ten behoeve van deze herinventarisatie, is niet alleen onder de bijlagen een concordantie van de oude en nieuwe nummers opgenomen, maar is onder aan de pagina de concordantie voor de op die pagina beschreven nummers afgedrukt.

Aangezien er geen aanwijzingen bestaan dat deze archieven ooit zijn gevormd of behandeld als het doorlopend archief van een instelling, moet hieraan het karakter worden toegekend van persoonlijke ambtsarchieven *  . Bij de herinventarisatie is dan ook besloten de ordening per apostolisch vicaris te handhaven, maar de archieven van hun secretarissen zijn in hun geheel naar achteren geplaatst.

Enkele archiefstukken, die door Bruggeman waren geplaatst bij de apostolische vicarissen zijn door Rikhof daaruit verwijderd, waarbij hij de volgende criteria hanteerde:
1. Alle originelen van vóór 1580, de - weliswaar arbitraire - datum van de ineenstorting van de oude katholieke hiërarchie in de Noordelijke Nederlanden, met een uitloop tot 1592, het jaar waarin de Hollandse Zending als nieuwe katholieke organisatie in de Republiek werd opgezet.
2. Afschriften van stukken van vóór 1592 zonder aanwijsbaar verband met de werkzaamheden of archieven van de apostolische vicarissen.
3. Stukken van ná 1592, waarvan duidelijk is, dat enige connectie met de activiteiten of archieven van de apostolische vicarissen nimmer heeft bestaan.

Hoe de ordening per apostolisch vicaris bij de archiefvorming geweest is, valt niet meer na te gaan. Volgens Bruggeman trof hij de archieven in een staat van wanorde aan *  . Voordat hij aan dit magnum opus begon waren de stukken al door vele handen gegaan. De aantekeningen en nummeringen op de stukken, door Dupac de Bellegarde en anderen aangebracht, vormen hiervoor het bewijs. Reconstructie van de oude ordening was hierdoor onmogelijk. Het grootste deel van de archieven bestond uit brieven. Via hun uitgebreide contacten stelden de apostolische vicarissen zich op de hoogte van de toestand in de Republiek, vooral in perioden dat zij zich niet overal konden vertonen. In de 18e eeuw werden deze brieven geordend op afzender en vervolgens ingebonden. Bruggeman heeft deze banden uit elkaar laten halen en alle stukken opnieuw geordend en beschreven. Verder bevatten de archieven zeer veel afschriften en veel ongetekende en ongedateerde stukken.

Er is zoveel mogelijk geprobeerd de indeling van de inventaris van Bruggeman te volgen. Anders dan bij Bruggeman zijn in de nieuwe inventaris de beschrijvingen van de inventarisnummers en de rubrieksgewijze specificaties niet als één beschrijving opgevat. Deze rubrieksgewijze nadere ontsluitingen zijn als specificaties opgenomen, alfabetisch geordend op correspondent met een opsomming van de data van de ingekomen of uitgegane brieven. Hierdoor is de raadpleegbaarheid van de eigenlijke inventaris sterk verbeterd. Bovendien zijn in de bijlagen bij de correspondenten die met een omvangrijk aantal brieven zijn vertegenwoordigd, de jaartallen vet gedrukt ter vergroting van de overzichtelijkheid.

In de inventaris worden eerst de archieven van de apostolische vicarissen beschreven, dan de archieven van hun secretarissen en tot slot het gedeponeerde persoonsarchief van Louis-Paul du Vaucel. De archivalia die de apostolische vicarissen ontvingen van hun agenten te Rome zijn als in de oude inventaris geplaatst bij het archief van de betreffende apostolisch vicaris, zoals de regels der archivistiek dat ook voorschrijven. Anders is gehandeld met het persoonsarchief van de agent Du Vaucel, dat waarschijnlijk later in het bezit is gekomen van de kerk.

De indeling, die per apostolische vicaris hetzelfde is, is afgestemd op de organisatie van de Hollandse Zending en de taakonderdelen van de apostolisch vicaris. Zij begint met de rubriek 'Correspondentie', waarin zich zowel stukken van algemene als van bijzondere aard bevinden. Ook de correspondentie met de agenten te Rome is in deze rubriek ondergebracht. Vervolgens is er een rubriek 'Benoeming en bevoegdheden'. Soms komen daar ook nog de instructies bij. De stukken die werden ontvangen of opgemaakt uit hoofde van de taken (voor zover niet ingebonden bij de correspondentie) voortkomend uit de door de paus gedelegeerde potestas iurisdictionis, de bestuursmacht, zijn in de rubriek 'Bestuur' ondergebracht, terwijl de uit de potestas ordinis, de wijdingsbevoegdheid, voortvloeiende stukken in de rubriek 'Uitoefening wijdingsmacht' zijn geplaatst. Bij enkele apostolische vicarissen komen ook nog stukken voor die hun toezicht op de kerkleer en de liturgie betreffen en/of de zielzorg. Daarvoor zijn aparte rubrieken ingericht. De persoonlijke stukken zijn beschreven in een apart hoofdstuk. De familiepapieren van Sasbout en Tilman Vosmeer zijn bij het archief van de laatste ondergebracht. Het is meer dan aannemelijk dat hij degene was die deze stukken beheerde.

De archieven van de laatste door Rome naar voren geschoven apostolische vicarissen, Theodorus de Cock, Adam Damen en Johannes van Bijlevelt, maken geen onderdeel uit van het fonds van de OBC, dat bij het Metropolitaan kapittel berustte. Het archief van Gerardus Potcamp is het laatste dat beschreven wordt. In het archief van J.C. van Erckel zijn wel stukken over De Cock en Damen te vinden *  , maar voor zover bewaard bevinden hun schriftelijk nalatenschap zich in rooms-katholieke archieven.

Bij de archieven van de secretarissen is zoveel mogelijk een gelijke indeling gevolgd als bij die van de apostolische vicarissen. Toegevoegd is de rubriek 'Organisatie' voor archiefstukken die handelen over benoeming en bevoegdheden van de apostolische vicarissen en de verdere organisatie van de Hollandse Zending.