De Johanniter orde is voortgekomen uit een hospitaalbroederschap die kort na 1063 in Jeruzalem was ontstaan. Pas in het tweede kwart van de 12e eeuw werd de orde omgevormd tot een geestelijke ridderorde. In 1187 werd de orde uit Jeruzalem verdreven en sindsdien is het hoofdkwartier achtereenvolgens gevestigd geweest in Acco (1191-1291), op Cyprus (tot 1309), op Rhodos (tot 1522) en op Malta (1530-1798). Na de verovering van Malta door Napoleon in 1798 verplaatste men tenslotte het hoofdkwartier naar Rome.

De Johanniter orde kende een zeer hiërarchische structuur. Aan het hoofd van de orde stond de grootmeester. Hij stond onder toezicht van het kapittel-generaal. De orde was verdeeld in acht tongen, een indeling naar taal. De ridders hadden hun onderkomen in het hoofdkwartier, ingedeeld per tong, onder leiding van een groot-baliër. Deze had zitting in het kapittel-generaal. De acht groot-baliërs vormden samen de centrale raad en kozen de grootmeester.

Elke tong was geografisch onderverdeeld in één of meer groot-prioraten die onder leiding stonden van een groot-prior die in het prioraat zelf woonde. Een groot-prior was eveneens lid van het kapittel-generaal en nam deel aan de vergaderingen daarvan die in principe eens in de vijf jaar plaats vonden op het hoofdkwartier van de orde. Een groot-prioraat was weer onderverdeeld in balijen of commanderijen. In Utrecht werd de titel baliër alleen gebruikt voor de commandeur van het S. Katharijneconvent; de aan Utrecht ondergeschikte commandeurs werden commandeur of preceptor genoemd.

Naast deze geografische indeling kende de Johanniter orde een indeling in drie klassen. namelijk de klasse van de ridders, die tot taak hadden het verrichten van krijgsdienst tegen Turken en heidenen; de klasse van de kapelaans, die de geestelijke en priesterlijke taken verrichtten, en de klasse van de servientes, die als ziekenbroeders werkten, huishoudelijk werk verrichtten of als schildknaap dienst deden bij de ridders.

Aan het hoofd van een balije of commanderij stond een ridder of een kapelaan. De ridder- commandeurs waren zoveel mogelijk op het hoofdkwartier of te velde; hun commanderij lieten ze door een rentmeester beheren. De opbrengst van hun commanderij was bestemd voor de ordebelastingen (o.a. het Turkengeld) en voor hun eigen onderhoud en uitrusting. De kapelaan-commandeurs resideerden meestal op hun commanderij; hun eerste taak was het opbrengen van de belastingen. Doordat de kapelaans resideerden waren ze beter in staat aandacht te schenken aan de tweede doelstelling van de orde, namelijk de ziekenverzorging. Binnen het bisdom Utrecht was alleen Arnhem, waaraan Nijmegen ondergeschikt was, een ridder-commanderij.

Utrecht en alle aan haar ondergeschikte commanderijen werden beheerd door kapelaans. Aan het hoofd van de balije van Utrecht stond de baliër, welke gekozen werd door de leden van het convent. Hij was tevens commandeur van het S. Katharijneconvent en stond onder de groot-prior van Duitsland, die de verkiezing van een nieuwe baliër moest goedkeuren. Aan Utrecht ondergeschikt waren de commanderijen van Haarlem, Oudewater, Waarder, Harmelen, Middelburg, Kerkwerve, Wemeldinge, Montfoort, Ermelo, Buren, Ingen en Sneek.

Van de geschiedenis van de Johanniter orde in het bisdom Utrecht is maar weinig bekend *  . Utrecht, als leidende commanderij, zal tevens wel de oudste geweest zijn. De oudste schriftelijke gegevens betreffende Utrecht dateren van 1241 en 1248; toen was er nog slechts sprake van een gasthuis *  . Bij opgravingen op het Vredenburg, de plaats waar oorspronkelijk het kloostercomplex van de Johanniters was gelegen, zijn echter fundamenten aangetroffen van een kerk die moet dateren uit de 12e eeuw. De alleroudste schriftelijke gegevens betreffen echter Sneek, waar in 1207 een commanderij, genaamd S. Jansberg, werd gesticht. Dit wordt ons meegedeeld door de 17e eeuwse auteur P. Winsemius; orginele stukken hieromtrent zijn overigens niet bewaard gebleven *  .

Veel commanderijen dateren uit het eind van de 13e of het eerste kwart van de 14e eeuw. In 1288 schonk Herman van Woerden het patronaatsrecht van de kerk van Harmelen aan het S. Katharijneconvent te Utrecht. Het is niet duidelijk of er toen ter plaatse al een commanderij bestond. Hetzelfde geldt voor Waarder in 1293 *  . S. Jansdaal te Ermelo wordt voor het eerst vermeld in 1307 als de hof te Loo; in 1325 is er voor 't eerst sprake van een commandeur *  . Haarlem werd in 1310 gesticht door Gerard van Tetrode, kanunnik van S. Marie te Utrecht. Middelburg en Ingen worden voor het eerst in 1317 vermeld; het patronaatsrecht van de kerk te Ingen werd echter al in 1248 aan het S. Katharijneconvent te Utrecht geschonken. Oudewater wordt voor het eerst in 1324 vermeld. De commanderijen van Arnhem en Nijmegen, die niet onder Utrecht vielen, waren ouder. Nijmegen is gesticht in 1196. Aangezien Nijmegen onder Arnhem viel, zal Arnhem nog ouder geweest zijn. In elk geval dateert zij van vóór 1214 *  .

De andere commanderijen zijn van later datum, maar precieze stichtingsdata zijn niet bekend. Wemeldinge b.v. wordt in 1400 vermeld en is op dat moment nog geen zelfstandige commanderij, maar een uithof van het S. Katharijneconvent te Utrecht *  . Van de jongste commanderij, Montfoort, kennen we het stichtingsjaar wel, nl. 1544 *  .

De meeste commanderijen onder het S. Katharijneconvent waren geen echte conventen, maar louter vestigingen ingericht met het oog op het goederenbeheer ter plaatse. De commandeurs ervan bleven conventualen van het S. Katharijneconvent *  . De commanderijen van Ermelo, Kerkwerve, Sneek en Haarlem vormden hierop een uitzondering. De commanderij S. Jansdaal te Ermelo vormde een afzonderlijk convent, bestaande uit twee of drie broeders *  . Op het eind van de 14e eeuw onderging de commanderij een reorganisatie door toedoen van Rutger Pauwels, commandeur van het S. Katharijneconvent.

Deze herstelde de kloostertucht, bepaalde dat er voortaan acht of tien broeders zouden wonen en droeg zorg voor een uitbreiding van de inkomsten door de uithof Kallenbroek, gelegen tussen Hoevelaken en Voorthuizen, aan de commanderij ter beschikking te stellen. Rutger Pauwels overleed in 1399, waarschijnlijk kort na de door hem voorziene reorganisatie van de commanderij, waarvan de precieze datum niet bekend is. Misschien hangt hiermee samen dat in 1403 deze reorganisatie door Hesse Slagelholts, groot-prior van Duitsland, werd goedgekeurd en bevestigd *  . Bij de visitatie in 1495 bleken er zes conventualen in S. Jansdaal te wonen, met inbegrip van de commandeur.

De commanderij Kerkwerve, gelegen op Walcheren bij Domburg, had de supervisie over een Johanniter nonnenklooster. Oorspronkelijk was dit de benediktinessen-priorij Hemelpoort te Werendijke, gesticht vóór 1249. Ondanks schenkingen van de kant van de graven van Holland bleek het klooster niet levensvatbaar. Om die reden stond de graaf van Holland in 1318 de priorin en het convent toe om over te gaan naar de Johanniter orde. De commandeur van het S. Katharijneconvent nam hen in de orde op, beloofde het aantal van acht nonnen en twee lekezusters in stand te houden en er geen mannenklooster van te maken *  . Bij de visitatie van 1495 werd de commanderij van Kerkwerve bewoond door twaalf nonnen en twee Johanniters.

De commanderij S. Jansberg bij Sneek was één van de grootste commanderijen in het bisdom Utrecht. De commanderij had twee uithoven onder zich en bediende een achttal parochiekerken. Bij de visitatie van 1495 bestond het convent uit de commandeur en zes broeders. De conventualen kozen de commandeur, welke keuze door de baliër van Utrecht moest worden goedgekeurd. Naast de commanderij was er ook sprake van een gasthuis.

De commanderij van Haarlem is wat grootte betreft te vergelijken met die van Ermelo. Bij de visitatie van 1495 telde het convent vijf conventualen met inbegrip van de commandeur. De commanderij bediende vier parochiekerken. In 1469 wist het convent zich los te maken van Utrecht en ressorteerde sindsdien direkt onder de groot-prior van Duitsland.

Het gebouwencomplex van de Johanniters te Utrecht was oorspronkelijk gelegen tussen het Vredenburg en het Paardeveld. In 1529 werd het afgebroken voor de bouw van het kasteel Vredenburg. De Johanniters verhuisden naar het Carmelietenklooster aan de Lange Nieuwstraat. Jarenlange bouwactiviteiten waren nodig om hun nieuwe onderkomen, dat lang niet zo ruim was als het vorige, aan hun eisen aan te passen. Omstreeks 1562 waren klooster, kerk en gasthuis voltooid, maar de ruimte ontbrak om het gasthuis de vroegere omvang van 24 bedden te verschaffen.

Na de Hervorming gingen de Staten zich met het convent en zijn goederen bemoeien. In 1586 werd de commandeur Hendrik Barck van zijn administratie vervallen verklaard en benoemden de Staten een rentmeester. De conventualen die geen onderdak elders hadden, mochten in het klooster blijven wonen. Als één van de conventualen overleed werden diens inkomsten onder de naam van prebende door de Staten toegekend aan lieden van stand of verdienste. In 1602 overleed Hendrick Barck en de Staten verboden de keuze van een nieuwe baliër. In 1614 werd de gemene tafel van het convent opgeheven; het gasthuis echter werd in stand gehouden van de opbrengst van de commanderij-goederen.

In 1633 verdeelden de Staten de inkomsten van het S. Katharijneconvent over de drie, in de Staten vertegenwoordigde, standen *  . De geëligeerden kregen de beschikking over de commanderijen van Oudewater en Wemeldinge; de ridderschap over die van Kerkwerve, Montfoort, Harmelen en Waarder; de stad Utrecht over die van Ingen en Ermelo. De prebenden werden eveneens over de drie standen verdeeld: de geëligeerden kregen de beschikking over zeven prebenden met een totale waarde van 1500 gld.; de ridderschap kreeg zeven prebenden met een waarde van 1700 gld. en de stad elf prebenden met een totale waarde van 1600 gld. Voortaan benoemde elke stand afzonderlijk nieuwe gegadigden voor de opengevallen prebenden, behalve de stad Utrecht, die de opbrengst van de prebenden ad pios usus, d.w.z. voor vrome doeleinden, aanwendde, o.a. ten behoeve van de Illustre School en de armenkamers. Bovendien verplichtte zij de commandeurs van Ingen en Ermelo tot een jaarlijkse betaling met hetzelfde doel.

In de 17e eeuw gingen de Staten steeds vaker ertoe over om goederen van het S. Katharijneklooster te verkopen om daarmee hun eigen tekorten te dekken. Het convent kreeg in de plaats van de goederen rentebrieven ten laste van de provincie. In 1699 werden de laatste conventsgoederen gelegen in het Sticht verkocht. Sindsdien verleenden de Staten het convent in plaats van de renten waar het op had een subsidie om zijn uitgaven te bestrijden. In 1741 werden ook de overgebleven goederen van de hand gedaan, waarna de inkomsten steeds harder achteruit liepen met als gevolg dat het gasthuis in 1812 gedwongen was zijn poorten te sluiten wegens gebrek aan inkomsten.

Het gasthuis was samen met het convent in 1581 onder beheer van de Staten gekomen. Het werd al spoedig als militair hospital gebruikt. In 1599 telde het ± 50 bedden. In 1603 waren er zoveel gewonden dat er op het plein bij de Driekoningenkapel (gelegen in de Brigittenstraat) tijdelijk een dependance, het Driekoningengasthuis genaamd, werd ingericht. Bovendien werd ook de Driekoningenkapel zelf als ziekenzaal gebruikt. Deze situatie duurde tot 1631 toen de bedden van het Driekoningengasthuis door het S. Katharijnegasthuis werden overgenomen. Al in de 14e eeuw was er sprake van controle van stadswege op de gang van zaken in het gasthuis. Jaarlijks werd het gevisiteerd door een commissie bestaande uit een lid van de oude raad en een lid van de nieuwe raad. In 1625 stelde de vroedschap een wekelijkse controle van de gasthuizen in. De belangrijkste functie in het gasthuis was die van hospitaalmeester, die door de Staten werd benoemd. In 1635 nam men het besluit om mannen en vrouwen apart te verplegen. Het S. Katharijnegasthuis was het eerste ziekenhuis waar klinisch onderwijs, d.w.z. onderwijs aan het ziekbed werd gegeven. Professor Stratenus begon daarmee in 1636. Met onderbrekingen is die vorm van onderwijs voortgezet tot de sluiting van het ziekenhuis in 1812.

In 1813 werd P.A. Beelaerts benoemd tot rentmeester over de laatste fondsen van het S. Katharijnegasthuis. De losrenten van het convent waren omgezet in inschrijvingen op het Grootboek der Nationale Schuld. In 1799 waren alle administraties van kloosters en van de gebeneficiëerde goederen verenigd tot een generaal domeinfonds onder beheer van het departement van financiën. Alleen de administratie van het S. Katharijneconvent bleef afzonderlijk gevoerd worden omdat het gasthuis viel onder de Agent van Opvoeding. In 1817 werd dit "comptoir" van S. Katharijne overgedragen aan de Vereenigde Gods- en Gasthuizen te Utrecht, op voorwaarde dat er opnieuw een ziekenhuis zou worden ingericht, dat tevens als academisch ziekenhuis moest dienen, en dat de S. Katharijnekerk onderhouden zou worden *  .

Bij de opening van het nieuwe ziekenhuis in de Jufferstraat in 1822 was het "comptoir" van het S. Katharijne, dankzij het beheer van Beelaerts, in staat om voor een bedrag van ruim f 50.000 bij te dragen. Het oude leegstaande hospitaal was in 1815 al door de stad verbouwd tot militair logement. De S. Katharijnekerk werd in 1840 definitief afgestaan aan de Rooms-katholieken; in 1853 werd het de kathedrale kerk van het nieuwe aartsbisdom Utrecht *  .

Beelaerts legde in 1853 voor de regenten van de Gods- en Gasthuizen verantwoording af van zijn financiële beheer. Hij had in 1851 de laatste aantekeningen gemaakt in zijn administratie, waarmee het archief van de balije van Utrecht van de Johanniter orde afgesloten werd.